福建是中国近代新式海军的发源地，闽系海军是旧中国海军的主要组成部分。抗战期间，中国海军驻闽舰只和陆战部队御敌于闽海海疆和闽江下游两岸地带作战甚力。虽未能阻遏日寇对马尾、厦门等港口要塞的侵入，但其奋勇抗敌的史事足可记述。
    （一）
     中国海军驻闽基地主要有马尾和厦门两处，民国九年（1920年），北京政府在马尾设立海军马尾要港司令部，十三年（1924年），又在厦门设立海军厦门要港司令部。到1937年抗战爆发前，马尾和厦门军港经过多年的建设与扩充，已具有一定规模，成为东南沿海各省的主要屏障。
     闽江下游自福州至闽江口的一段江域又称马江，马江两岸丘陵屹峙，江中岛屿罗列，便于设防，海军基地就设在马江边的马尾镇。抗战前夕，海军马尾要港司令部有少将阶级司令以下官兵八十三人，另有一个特务排。所辖单位有总台部（海岸炮兵指挥部）、礼台炮台、电光山炮台、划鳅炮台、烟台山炮台、金牌炮台、北岸炮台、崖石炮台、鱼雷台等；驻守海岸炮兵七百二十四名，配备有克虏伯式海岸要塞炮三十七尊及鱼雷炮两尊，这些炮台以划鳅为前卫，礼台为左翼，烟、金两台为右翼，电光山为中坚，北岸为后卫，崖面为侧卫，各台互为犄角，形势天成，控制了马江的咽喉地段。
     海军厦门要港司令部亦有少将阶级以下官兵七十四名，另有一个特务排。所辖单位有总台、胡里山炮台、磐石炮台、白石炮台、屿仔尾炮台和青屿鱼雷台等；驻守海岸炮兵二百五十八名。厦门要港各炮台以胡里山为主台，所有炮台共配备克式要塞炮九尊及鱼雷炮两尊。由于厦门地处沿海航路要冲，且直接面海，缺少屏障，水上设防极其不易。
     福建面对台湾，中日甲午战争中国战败后，清政府把台湾割与日本，日本的军事、经济势力逐渐侵入福建。“七·七”抗战爆发以前，日本海军军舰即在福建沿海活动频繁，日海军大将阿部来华视察，在厦门、汕头等地的日租界内设立海军陆战队出张所，福州、厦门等地的日本浪人也时常藉端滋事，扰乱社会治安。
     1937年7月7日卢沟桥事变爆发，全面抗战开始。国民党政府按照其1937年度作战计划，除留少数舰只扼守闽江口、珠江口和山东沿海外，其余三个舰队的49艘舰艇陆续全部开入长江，集中力量拱卫京畿。为了防止日舰由外海沿长江上溯，侵入我国腹地，中国海军实行了大规模的紧急阻敌计划，用沉舰、布放水雷和岸炮组成沿江数道阻塞线的办法，阻遏敌舰进入长江江域。在福建沿海，守闽的中国海军在闽江口也实施了大规模的军事措施，以阻止日舰侵入闽江。
    （二）
     1937年9月3日以后，即抗战爆发刚两个月，守闽的海军即征集了商轮、警艇、驳轮、帆船等六十多艘，各船均满载沙石，在闽江口长门外的福斗岛附近将舰只沉江，又将二百万立方米的石块倾入江中，建成一条水下阻塞线，以阻遏敌舰进入。驻守马尾的第二舰队旗舰“楚泰”号炮舰布防福州南港，“正宁”、“肃宁”、“抚宁”三艘炮舰在闽江口外阻塞线附近巡防。1938年5月后，海军在闽江口的福斗、梅花、乌猪、长门等处江面布施水雷数百枚。为了增强岸防火力，海军又在红山、东岐、牛道山、獭山等处，设置四座临时炮台，共装舰炮六尊。同时，加派海军陆战队一个团布防各要塞炮台。为了备战，海军还将马尾造船厂的重要机器设备转移到尤溪县山中隐蔽，并且将马尾海军学校搬迁到湖南湘潭。厦门要港还增设了五通和何厝两处炮台。
     1937年9月3日和9月14日，日本空军的大编队机群，由台湾起飞侵入厦门港上空，猛炸海军厦门基地，要港司令部、造船所、无线电台、医院、航空处等均被炸毁。中国海军官兵对入侵的敌机进行了英勇的抗击。10月26日，日本海军陆战队攻占金门岛，厦门于是失去了屏障，情况十分险恶。11月间，日本舰只企图侵入厦门，遭到胡里山、磐石、何厝、五通等炮台的阻击。之后，日本舰只复数度重袭厦门，均被我各炮台开炮击退。1938年5月10日，日本海军陆战队在军舰和飞机的掩护下，向厦门大举进犯，日军凭藉其海空优势，对我各炮台实行各个击破。我海岸炮兵在极为不利的形势下，冒着敌人猛烈的炮火，拼死抵抗，战况极为惨烈。随后何厝炮台完全被毁，五通炮台守军战斗到只剩下一个人。五通、何厝、江头、香山等地相继失守。当晚，中国陆军增援部队赶到，向敌人发起反攻，但敌焰甚炽，反攻无进展。5月11日早晨，日军另由黄厝、塔头登陆，围攻白石、胡里山、磐石各炮台，我海岸炮兵坚守战壕，与敌血战数小时，终因弹尽援绝而被攻陷。当天中午，日军进入厦门市内，四出放火。在日军攻占厦门岛时，厦门对岸的屿仔尾炮台仍在中国海军的孤守中，磐石炮台台长邓宝初组织各炮台零散官兵，组队冒着敌人的炮火渡海开赴屿仔尾，继续与敌作战。在日本陆、海、空军配合攻击下，我海军官兵冒死相抗，击退了敌人数次的进攻，坚守至13日下午，终因弹药库和炮位等设施全部被敌炮火摧毁，才不得不突围撤退。