60年代初，林彪刚主持军委工作的时候，曾暗示军队高级干部撰文吹捧他，一些干部迫于形势写了“颂德信”，而杨勇却写了《作战中的四个问题》交卷，冒犯了林副统帅。
     1965年初，正当贺龙、罗瑞卿、杨勇他们把群众性练兵运动推向高潮时，躲在暗处窥视的林彪跳了出来，指使其妻叶群搞了一个广州军区红一连的所谓“调查”报告，全面否定这次练兵的成就，公然提出了“政治可以冲击其他”的谬论。面对这样的压力，从1月中旬到2月底，由杨勇主持召开了北京军区常委会、党委会和党代表大会，在杨勇和政委廖汉生等的坚持下，党代表大会的决议中写了：“1965年要更高地举起毛泽东思想伟大红旗，突出政治，保证生产、训练不退下来。”就是这句话，在“文化大革命”中，造反派反复批判杨勇对抗林彪指示，在北京军区以军事训练来冲击政治的所谓“一个突出，两个不退”的罪行。
     1966年初召开的全军政工会议，在林彪等人的阴谋活动下，给1964年的大比武定了“方向性错误”的结论。杨勇不但没有及时反省“错误”，而且在军区会议上婉转地否定了关于大比武的结论，同时告诫下面的同志要慎重对待肃清罗瑞卿同志的所谓“错误”的运动。
     不久，林彪放出风来：“其他军区的情况都了解一些，唯独北京军区的情况不了解。”这不阴不阳的话，暴露出林彪的一番用心。私下，林彪又让人劝杨勇去见他，表示一下态度。一打一拉的目的，是在逼迫杨勇就范。可是，他万万没想到，杨勇竟然对他一而再、再而三的“努力”无动于衷。
    面对当时大势所趋的压力，杨勇明知这样做是要冒极大政治风险的，但是他没有因此而退缩。
    林彪究竟要怎样利用“文化大革命”来解决杨勇这个使他不放心的人呢？
    他们终于向北京军区伸手了！
     1966年12月的一个上午，在一个月内“横扫”了沈阳、南京、兰州三大军区的所谓“星火燎原战斗队”，冲击了北京军区司令部大楼，扬言要查抄什么“华北党”，杨勇司令员毫不犹豫地请这群敢于冲击军事要地的狂徒“住”进了地下室。
     这个消息可是惊坏了“中央文革小组”的康生大顾问。他立刻尽其诬陷和奉迎之能事，在最高统帅面前狠狠地告了这个不听招呼的杨勇一状。
    毛泽东听了康生的报告，自然不会很高兴，他当即要通了杨勇的电话。
    当杨勇从激动难抑的秘书手中接过听筒时，心中已有所悟。
    “杨勇吗？听说你下令抓人了？”
     这开门见山的语气不禁使杨勇有些惊讶，他马上回答：“报告主席，今天上午军区门卫、内卫和值班室都向我报告，这伙人强行冲击军区司令部办公室，砸开了档案室，撬开了保险柜，威胁到核心军事秘密。当时我就在办公室，并没有接到任何通知。既然‘中央文革’没有通知我这是革命行动，我也就无法判断他们是革命左派。因此，我采取了适当防卫措施。……行！主席让我放人我坚决执行。不过，今后如再有无端冲击军区机关者，我建议仍应采取果断措施，以防泄密。”