后来王平才知道,邓国清在前一天从供给处要了100块现洋,跑回湖南老家做买卖去了,时间不长就混不下去了。西安事变后他又到南京去找叶剑英介绍他回延安,在陕北公学学习了一段时间分配到山东军区罗荣桓处工作,不久又跑到国民党那边当特务,1950年镇压反革命时被处决了。邓国清叛逃这件事情影响太大,红4师对红11团领导班子进行了调整,政委王平调任师政治副主任兼组织科长,遗缺由政治部组织科长李志民接任,罗开桂任团长,后来军团又派郭林祥来红11团任总支书记。
     周科长是被处死的代表。据黄克诚回忆:当时有一位姓周的管理科长,以前在战斗中被敌人打断了一条胳膊,因为在过草地时丢掉了几名伤兵,这时也被抓起来审判。黄克诚实在不忍心,就去找纵队司令员彭雪枫讲情。恰巧碰到政治部门的两位领导在场,把讲情的黄克诚狠狠地训斥了一顿,还说:“你还当过师政治委员呢,连这点小事都处理不了,真不中用!”而周科长也被保卫部门给处死了。
     在这种形势下,原红3军团干部一度处于恐慌的情绪当中。据王平回忆:到达吴起镇时,通信科长谢嵩见到他时,神情懊丧地说:“你这里有什么好吃的,给我弄点来,而今晚上脱了鞋袜,第二天能不能穿上还是个问题。”谢嵩还对王平说,到甘肃来的路上,有些人不明不白地被保卫局逮捕处决了,死在自己人手里,真还不如在前线被敌人杀了好。
     不过在这场整编中,原红1军团派来工作的干部也有因为误解而受委屈的,这就是曾经在原红3军团所属第二纵队担任过政治部主任的罗瑞卿。在延安整风时,有人说罗瑞卿在第2纵队乱杀人,其实这也是冤枉。据王平回忆:罗瑞卿在第2纵队当政治部主任,掌握政策基本上还是稳的,审判处刑的事都是由保卫局或保卫分局负责的。当时的保卫机关相当神秘的,它是独立单位,不属于政治部管辖,政治部也不能过问。当时说罗瑞卿乱杀人,还举出了两个例子,一个是曾当过红3军团管理科长的胡宝全,一个是曾当过团政委的胡正国。其实这两个人并没有被杀。胡宝全是在受到敌人骑兵追击时实在走不动,又没有担架,王平给了他10块大洋把他送到后山逃命去了,以后他在老百姓家教书,王平到延安后还收到过他的感谢信。胡正国活到解放以后,原红3军团的张震上将到平江视察时还见过他。