建安元年(196年)，随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安(今陕西西安西北)返回洛阳(今河南洛阳东北)。在要不要奉迎天子建都许昌的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是“山东未平，韩逼、杨奉新将天子到洛阳，北连张杨，未可卒制”(《三国志·魏书·荀彧传》)。唯荀彧、程昱坚持同意。荀彧还以古事为例劝说曹操，曹操终于奉迎献帝迁都许昌(今河南许昌东)。曹操被封为大将军、武平侯，程昱也封为尚书。从此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争(参见曹操统一北方的战争)的顺利实施，奠定了基础。

因兖州尚未安抚，曹操又以程昱为东中郎将，领济阴太守，都兖州事。

同年，刘备为吕布所败，失徐州，来归曹操。程昱对曹操说：“观刘备有雄才而甚得觽心，终不为人下，不如早图之。”曹操说：“方今收英雄时也，杀一人而失天下之心，不可”(《三国志·魏书·武帝纪》)。未听其言，并给刘备增兵增粮，派其至小沛，收集散兵以对付吕布。

曹操奉迎汉献帝迁都许昌(今河南许昌东)后，独掌军政大权，总揽朝政，皇帝成为傀儡。建安四年(199年)，车骑将军董承接受皇帝衣带诏，与刘备及长水校尉种辑、将军吴子兰、王服等，密谋除掉曹操。刘备恐曹操猜忌，欲伺机脱离曹操控制，趁右将军袁术溃败，主动请求跟大将朱灵前去截击。程昱与郭嘉说：“公前日不图备，昱等诚不及也。今借之以兵，必有异心”(《三国志·魏书·程昱传》)。曹操后悔，立即派人去追，已然不及。后袁术南逃寿春(今安徽寿县)，病死，朱灵班师回朝。十二月，刘备乘曹操部署对袁绍作战之时，袭斩徐州(治下邳，今江苏睢宁西北)刺史车胄，又击败曹操派去讨伐的司马长史刘岱军，据有徐州、下邳(今江苏睢宁西北)等地，背叛曹操，响应袁绍。

不久，程昱升为振威将军。

建安五年(200年)，袁绍在黎阳，将率军南渡与曹操决战。时程昱只有700士兵守鄄城，曹操闻后，派人告诉程昱，想给他增兵2000。程昱不肯，说：“袁绍拥十万众，自以所向无前。今见昱兵少，必轻易，不来攻。若益昱兵，过则不可不攻，攻之必克，徒两损其势。愿公无疑”(《三国志·魏书·程昱传》)!曹操从之。后袁绍闻鄄城兵少，果然未去攻打。曹操对程昱胆略、智慧大为赞赏，对贾诩说：“程昱之胆，过于贲、育”(《三国志·魏书·程昱传》)。

袁绍死后，程昱又收集亡命之徒数千与曹操会于黎阳，破袁谭、袁尚，被封为奋武将军，封安国亭侯。

建安十三年(208年)，曹操南征荆州，刘备逃奔孙权。当时曹军都认为孙权会杀刘备，唯程昱认为：“孙权新在位，未为海内所惮。曹公无敌于天下，初举荆州，威震江表，权虽有谋，不能独当也。刘备有英名，关羽、张飞皆万人敌也，权必资之以御我。难解势分，备资以成，又不可得而杀也”(《三国志·魏书·程昱传》)。孙权果然与刘备合兵，在赤壁之战中击败曹操。

曹操统一北方后，抚程昱背而说：“兖州之败，不用君言，吾何以至此”(《三国志·魏书·程昱传》)

建安十六年(211年)，以骁将马超、韩遂为首的十部联军，聚集10余万人马，据守潼关抗曹(参见渭南之战)。曹操亲率大军出征，留程昱辅佐曹丕。建安十七年(212年)正月，河间人田银、苏伯煽动幽州、冀州的民众起事，引起州郡震恐。曹丕派遣将军贾信率军前往讨伐。贾信歼灭了田银、苏伯的大部力量，还有1000余人被包围，请求投降。按照曹操亲自订立的“围而后降者不赦”的军令，将被全部处斩。程昱建议说：“诛降者，谓在扰攘之时，天下云起，故围而后降者不赦，以示威天下，开其利路，使不至于围也。今天下略定，且在邦域之中，此必降之贼，杀之无所威惧，非前日诛降之意。臣以为不可诛也;纵诛之，宜先启闻。”众人说：“军事有专，无请。”曹丕对程昱说：“君有所不尽邪?”程昱说：“凡专命者，谓有临时之急，呼吸之间者耳。今此贼制在贾信之手，无朝夕之变。故老臣不愿将军行之也”(裴松之注《三国志·魏书·程昱传》)。曹丕同意，报请曹操处理，曹操果然赦免了这批人的死罪。曹操回军后，对程昱说：“君非徒明于军计，又善处人父子之间”(裴松之注《三国志·魏书·程昱传》)。

后程昱对宗人说：“知足不辱，吾可以退矣”(《三国志·魏书·程昱传》)。于是自表归兵，从此闭门不出。

程昱性格刚戾，常与人意见相佐。有人告其谋反，但曹操反而待其更为优厚。曹丕称帝后，程昱为卫尉进封安乡侯，增邑三百户，前后共计八百户。封幼子程延及孙程晓为列侯。当准备封其为为三公时，程昱不幸去世。曹丕为之流泪，追赠程昱为车骑将军，谥肃侯，子程武嗣。

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