在当时的政坛上，与李鸿章同为朝野瞩目的另一位重要人物是翁同龢。1994年5月，“甲午战争与翁同龢学术研讨会”在江苏常熟市举行，会后编辑出版了《甲午战争与翁同龢》（中国人民大学出版社，1995）一书，共收论文29篇。与会学者对翁同龢的评价基本上是肯定的，认为他作为帝党领袖，在甲午战争中主战，而且赞成迁都，倾向于与敌久持，并不错。“说主战误国实属本末颠倒，甲午战败原因不在主战，而在战而不力，决策者没有把战争打到底的决心”（该书第319页）。争论的问题主要有二：第一，如何看翁同龢的操守？一种意见肯定了“翁同龢为官四十多年操守廉洁的品质”；另一种意见则认为他在与外国人洽谈借款过程中有受贿的嫌疑。事实上，至今仍查不到翁氏受贿的确证。相反，从俄国档案记载可知，翁氏与外国人打交道时是很警惕的。如称：“户部尚书翁同龢拒绝秘密会面，他怕引起怀疑，因为他与外国人根本没有私人来往。”（注：《红档杂志有关中国交涉史料选译》，206页。）第二，翁同龢开缺的原因是什么？对此，意见极其纷纭，也提出不少新见。一种意见认为，翁氏罢官是出自慈禧的决定，其中起主要作用的则是刚毅。有论者强调这是后党破坏维新变法的重大步骤。另一种意见认为，翁同龢开缺的原因是由多种因素构成，翁氏与光绪之间的裂痕形成冲突，而御史参劾翁氏与张荫桓朋谋纳贿，使光绪态度明显变化。有的学者提出，翁同龢开缺与康有为有关，康氏想取而代之，充当太傅。也有的学者认为，翁氏罢官，本人似有求去之意（该书第320页）。看来，对此问题还需要做进一步的深入研究。
    1991年9月在福州市举行的“甲午战争中之方伯谦问题学术研讨会”，亦颇为学术界注意。会后编辑出版了《中国甲午海战中方伯谦问题研讨集》（知识出版社，1993）一书，共收论文31篇。方伯谦之被军前正法，究竟是否冤案，一百年来聚讼不断。方氏死后不久，就有署名冤海述闻客者，撰有《冤海述闻》一书，为方氏辨冤，发出鸣冤之第一声。以后为方氏翻案者，多以该书为主要依据。到80年代，卢毓英《卢氏甲午前后杂记》稿本公布，又成为翻案论者的另一重要依据。于是，对方伯谦评价问题的争论形成高潮。福州的研讨会就是在这种情况下召开的。据会议综述，绝大多数与会者认为，方伯谦被杀是“历史上的一桩冤案，应该为之剖白辨冤”，并且“一致认为，方伯谦是中国近代最早的海军人才之一，是具有爱国心的海军将领”。在会议的“致辞”中，有些话说得十分肯定：“大量中外史料证实方伯谦是中国近代海军杰出的人才，在捍卫祖国抗击外侮的甲午海战中，是英勇善战的指战员，绝非逃兵，他蒙冤被害是清政府腐败没落所致。国内外的观点已基本取得一致，这也是学术研讨上的一大新闻。”还有的论者评价更高：“方伯谦不仅在战略思想上是伟大的，高出中日双方的战争指导者，令人难望他的项背。”事实上，会议上也还有另一种声音。如称：“（方氏）未经允准而‘擅离部位’，中途退避，是违犯军纪军令的，‘仍当治以应得之罪’。”有论者针对翻案论指称：“如果没有可靠的史料证实其非，仅靠推论也同样无法得出‘方伯谦被冤杀’的结论。”（注：《中日甲午海战中方伯谦问题研讨集》，626、631、579、606、43、74页。）可见，与会者在根本问题上仍然存在着对立的观点，并不像“致辞”和“综述”说得那样轻松：“观点已基本取得一致”，“不少问题已经取得共识”。故有论者撰文称：“学术讨论应该贯彻‘百家争鸣’的精神，让各方都能够充分发表见解，不必、也没有必要匆忙做出结论。参加讨论者谁也没有资格自己宣布自己是胜利的一方。”（注：柯平、海莹：《也谈为方伯谦翻案问题》，《齐鲁学刊》1999年1期。）笔者认为，就目前情况看，双方的争论主要集中于两个问题：其一，《冤海述闻》、《卢氏甲午前后杂记》两书在关键问题上的记述有多大程度是可信的？其二，方伯谦在黄海海战中是否首先驶逃？如果这两个问题弄清楚，对方氏的评价问题也就迎刃而解了。所以，这场争论估计还会时断时续地进行下去。
    学术活动如此之活跃，给甲午战争研究增添了活力，从而将研究工作大大地推向前进。据粗略统计，在这个阶段中，已发表的有关甲午战争的论文为1000篇左右。据笔者涉猎所及，出版有关甲午战争的著作主要有：韩俊英等编著《甲午战争研究备要》（中央民族大学出版，1997），戴逸、杨东梁、华立著《甲午战争与东亚政治》（中国社会科学出版社，1994），石泉著《甲午战争前后之晚清政局》（三联书店，1997），王如绘著《近代中日关系与朝鲜问题》（人民出版社，1999），孙克复著《甲午中日战争外交史》（辽宁大学出版社，1989），杨惠萍、穆景元、郑学元编著《从甲午战争至甲辰战争》（中央民族大学出版社，1997），关捷著《甲午风云与近代中国》（中央民族大学出版社，1997），戚其章著《甲午战争国际关系史》（人民出版社，1994）、《北洋舰队》（山东人民出版社，1981）、《中日甲午战争史论丛》（山东教育出版社，1983）、《甲午战争史》（人民出版社，1990）、《甲午战争与近代社会》（山东教育出版社，1990），孙克复、关捷著《甲午中日海战史》（黑龙江人民出版社，1981）、《甲午中日陆战史》（黑龙江人民出版社，1984）、主编《甲午中日战争人物传》（黑龙江人民出版社，1984），孙洁池等主编《甲午英烈》（山东大学出版社，1994），郭铁椿著《甲午大连之战》（中央民族大学出版社，1997），杨念群主编《甲午百年祭：多元视野下的中日战争》（知识出版社，1995），辽宁鞍山市政协文史委编印《中日甲午陆战辽海战事纪》（1997），陈伟芳著《台湾乙未战纪》（广西人民出版社，1981）等。从近代军事史方面研究的著作有：张玉田、陈崇桥等编著《中国近代军事史》（辽宁人民出版社，1983），张墨、程嘉禾著《中国近代海军史略》（海军出版社，1989），吴杰章、苏小东、程志发主编《中国近代海军史》（解放军出版社，1989），胡立人、王振华主编《中国近代海军史》（大连出版社，1990），姜鸣著《龙旗飘扬的舰队--中国近代海军兴衰史》（上海交通大学出版社，1991），海军司令部《近代中国海军》编辑部编著《近代中国海军》（海潮出版社，1994），戚其章著《晚清海军兴衰史》（人民出版社，1998），鲍中行著《中国海防的反思--近代帝国主义从海上入侵史》（国防大学出版社，1990），朱来常著《淮军始末》（黄山书社，1984），樊百川著《淮军史》（四川人民出版社，1994）等。有关人物研究的著作有：孙孝恩著《光绪评传》（辽宁教育出版社，1895），徐彻著《慈禧大传》（辽沈书社，1994），谢俊美著《翁同龢传》（中华书局，1994），苑书义著《李鸿章评传》（人民出版社，1991），董守义著《李鸿章》（哈尔滨出版社，1996），刘成功著《李鸿章与甲午战争》（大连出版社，1994），成晓军著《李鸿章传》（四川人民出版社，1995），马昌华主编《淮系人物列传--李鸿章家族成员、武职》、《淮系人物列传--文职、北洋海军、洋员》（黄山书社，1995），安徽肥西县政协文史委编《肥西淮军人物》（黄山书社，1992），冯天瑜著《张之洞评传》（河南教育出版社，1985），马东玉著《张之洞大传》（辽宁人民出版社，1989），刘敬坤著《丁汝昌》（新蕾出版社，1993），萨本仁著《萨镇冰传》（海潮出版社，1994），廉成灿等主编《民族英雄左宝贵》（陕西人民出版社，1994）、山东威海市政协文史委编《邓世昌》（1990），杨万秀、吴志轩著《刘永福评传》（河南教育出版社，1985），徐博东、黄志平著《丘逢甲传》（时事出版社，1996）等。其他有关著作亦甚多，如王晓秋著《近代中日关系史研究》（中国社会科学出版社，1997），王振坤、张颖著《日特祸华史--日本帝国主义侵华谋略谍报活动史实》1卷（群众出版社，1988），李生辉、刘镇传《甲午战争诗歌选注》（大连出版社，1994），关捷、刘志超编著《沉沦与抗争--甲午中日战争》图片集（文物出版社，1991），曲传林等编《旅顺万忠墓》（文物出版社，1986），柯平编《威海甲午战争遗址》（文物出版社，1991）等，难以一一列举。