秦汉史研究有悠久的渊源和长期的积累，近年来取得的进步亦有目共睹。然而，学术视野的扩展和研究方法的创新仍然有待于学者的进一步努力。应当说，秦汉史研究有继续拓进的宽广空间。有人认为，秦汉史研究的园地早经反复耕耘，久已精耕细作，题目已经基本做完。这样的意见，我们是不同意的。不要说新材料层出不穷，有待于整理和研究的出土文献数量浩繁，内容丰富，其中新鲜信息无穷无尽，就是人们熟读了的“前四史”等秦汉基本文献，未知的，或者说至今尚未真正准确理解的内涵还有很多。而从新的视角分析和理解秦汉史，还有无数新尝试的可能。此外，理论认识的深化，也被不少学者看做当前秦汉史研究科学水准提升的必要条件之一。
    有关秦汉史研究的理论认识，有不同的层次，包括对于秦汉时期理论成就的认识问题，对于秦汉时期执政思想的理论基础问题以及研究秦汉史的理论方向和理论方法问题等等。推进相关认识的深化，或许应当关注以下主题，即：(1)对秦政理论基础的判断；(2)对汉代学者整合先秦理论创造的理解；(3)对秦汉思想意识的理论说明；(4)秦汉史微观和中观考察的理论指导；(5)秦汉史宏观研究的理论总结；(6)有关秦汉史在整个中国历史和世界历史中的地位的理论思考。
    1.对秦政理论基础的判断
    秦王朝的行政理念是否以法家思想作为理论基础，对于相关理论的性质和影响，学界有不同的认识。有学者认为对秦政影响甚为深刻的法家学派“倡导的极权主义颇近于法西斯”（〔英〕李约瑟著，何兆武等译：《中国科学技术史》第2卷《科学思想史》，科学出版社、上海古籍出版社1990年版，第1页）。有的学者则认为应当“全面评价商鞅变法及商鞅与其后学所共同构成的商鞅之学体系的全部内容”，肯定“秦的法治精神与法治传统”，以为具有“进步的、足以为后世法又为前世所无、后世所不道不为的”历史积极意义。强调“秦于‘严刑峻法’之中贯彻着一种‘平等’的精神”，“一种公平原则”。“秦之末，便可以说是政府不顾常法原则而纯任政令，即为所欲为”（张金光：《秦制研究》，上海古籍出版社2004年版，第30～31页）。有学者提出否定秦王朝行政有理论指导或者理论支持的意见，以为秦代是一个“没有理论的时代”（邵勤：《秦王朝：一个没有理论的时代》，《华东师范大学学报》1985年第6期）。有的学者则从另一视角进行考察，以为影响秦政更重要的思想文化因素在于“秦人的价值观”（林剑鸣：《从秦人价值观看秦文化的特点》，《历史研究》1987年第3期；《秦人的价值观与中国的统一》，《人文杂志》1988年第2期）。
    相关讨论还有继续深入的必要。对秦王朝执政之理论基础或理论指导的判断得以明朗，有助于全面理解秦汉政治史，也有助于说明此后两千年帝制基本格局的政治文化基点。
    2.对汉代学者整合先秦理论创造的理解
    汉代对先秦原创文化的积累进行了追忆、收辑、整理。在这样的工作中，又实现了新的理论创造。现今我们所看到的先秦文献中，已经有汉代学者加工充实的内容。吕思勉先生曾经指出，《荀子》书就有这样的情形。“其书同《韩诗外传》、二戴《（礼）记》、《说苑》、《新序》处最多”，且有同《春秋繁露》等书处，不免汉代学者将自己时代的思想理论加入其中。他指出，“伪古文《尚书》一案，固眯学者之目千余年矣。然此特今人之学，仅能拣替魏晋人之伪品耳。若以史家之眼光，视古书为史料，则由此等而上之，别东汉人之所为于西汉人之外，别西汉人之所为于春秋战国时人以外，别春秋战国时人所为于西周以前人以外，其劳正未有艾”（吕思勉：《辨梁任公阴阳五行说之来历》，《东方杂志》第2卷第20号）。也许，对《荀子》等具体文献的判断还可以商榷，但是注意别汉代人之所为于先秦人之外的主张，是科学的认识。有论者肯定吕思勉先生“考辨两周至两汉的史料的新设想”，“‘拣剔’‘伪品’的新设想，是在他多年精研先秦两汉文献的基础上提出来的。我国先秦古籍，大多口耳相传，至汉代始著竹帛。其间辗转流传，自不免有后人特别是两汉学者之说羼入”，“自不免有汉人著述混入”（邹兆琦：《吕思勉先生与古代史料辨伪》，《蒿庐问学记》，生活·读书·新知三联书店1996年版，第55页）。我们也许并不赞同“我国先秦古籍，大多口耳相传，至汉代始著竹帛”的说法，也不赞同辨别汉代人与先秦人著述这一工作的意义只是“‘拣剔’‘伪品’”，而更为关注对于“羼入”“混入”先秦理论的所谓“两汉学者之说”，所谓“汉人著述”的理解和说明。
    熊铁基先生曾经论说“汉代对先秦典籍的全面改造”，“今之所谓‘传世文献’，主要是在汉代定型的……特别是‘群经’和几个大学派的‘诸子’。”（熊铁基：《汉代对先秦典籍的全面改造》，《光明日报》2005年7月19日；《再谈汉人改造先秦典籍--方法论问题》，《光明日报》2009年8月4日）李振宏先生提出“先秦学术体系的汉代生成说”（李振宏：《论“先秦学术体系”的汉代生成》，《河南大学学报》2008年第2期），他提示我们，应当看到“汉代对先秦诸子真实面貌的扭曲”，另一方面，也应当理解“汉代奠定了阐释先秦学术的思想方向”。“汉代是中国学术史上先秦诸子学体系的定型时期，后世人们对先秦诸子的认识，基本上是被框架在汉人的思想藩篱之内”。李振宏认为：“汉代人对先秦诸子学的解释和改造，已经先在地给予我们一个理解先秦诸子的思想文化平台，使我们只能在他们给定的思想框架之内来理解诸子思想。可以说，我们现在对先秦诸子的诸多看法，实际上是汉人所设定的。”论者指出：“我们所能见到的先秦诸子，大都是由汉人整理或由他们重新写定而流传下来的。在先秦战乱及秦火之后，汉代大规模地搜求、整理文化典籍，是值得称道的文化盛事，但其中也隐含着一个不容忽视的问题，这个重新整理与写定先秦典籍的过程，实际上也是按照汉代观念重新改造先秦学术思想的过程。而后人，则把汉人改造过的先秦诸子当成了先秦诸子本身，忽略了它们被改造的事实。所以，在今天提出重新认识先秦诸子学，通过剔除汉人在先秦诸子学说上附加的思想文化要素，也是汉代文化研究中一个不容忽视的大课题。”我们以为也许更应当强调的，是发现和总结汉代学者“在先秦诸子学说上附加的思想文化要素”的理论价值。李振宏先生还指出，“随着越来越多的战国简牍材料的发现，这种恢复先秦诸子真实面目的理想追求，也将逐步成为现实”（李振宏：《汉代文化研究需要引起新的重视》，《光明日报》2007年12月7日）。实际上也提醒了我们，发掘和理解汉代学者“改造”先秦诸子的工作中的理论创造，因出土文献资料的面世具备了新的条件。