《明季奴变考》系谢氏25岁时撰成的一部重要论著。文章指出，“奴变一事是在吾国社会史上，很重要的问题”。“明季奴变有索卖身契，和只许一代相流的事，这显然含有民族阶级运动的意味的”。以阶级斗争的观点对奴变的地位和性质作了一个初步的科学规定。并对明清蓄奴之风转盛的原因及其奴变的种种史实作了分析和叙述，呼吁历史学家不仅要注意庙堂，而且要研究社会。这在当时是一种带有方向性的意见。
    《明清之际党社运动考》一书，是谢国桢具有代表性的学术著作之一。鲁迅先生曾在《且介亭杂文二集·题未定草九》中赞扬该书“钩索文籍，用力甚勤”。该书详尽地分析了党社运动的因果，叙述了各地党社活动的历史情况，着重表彰了正直的士大夫和老百姓对黑暗的专制势力的抗争。谈到写作宗旨时，谢国桢说：“我觉得明亡虽由于党争；可是吾国民族不挠的精神却表现于结社。其间又可以看到明季社会的状况和士大夫的风气，是研究吾国社会史上很重要的问题。所以我写这篇文字，就以党争和结社为背景，来叙述明清之际的历史，以唤起民族之精神。”
    《清初东北流人考》是谢氏以前的学者未曾措意的问题。作者钩玄发微，揭露了清初许多淹没不彰的实行残酷思想统治的历史事实，论述了当时许多谪戍东北的地主文人对发展东北文化事业的作用。
    由于谢国桢曾较长时期在图书馆工作，因此于版本、目录学及史料学情有独钟，成为他毕生研究的着力点之一，贡献也颇多。
    他承继了朱希祖的治学传统，特别重视野史笔记稗乘的史料价值。他认为：“研究明清以及近代史迹，从这些野史稗乘的记载中，可以揭露历史上各方面的情况，丰富历史的内容。这种资料的价值，也就如研究殷商时期之有甲骨文字，研究两周历史之有铜器铭文，研究两汉之有西北出土的简牍和汉代石画，有同等的重要性。”谢氏数十年孜孜不倦地在野史稗乘之林中发掘、爬梳、整理、研究，获得了累累史学硕果。
    谢国桢年轻时便写出《清开国史料考》，著录已知和未见清开国史料约230种（中外近人著作除外），后研究清开国史所使用的资料，很少越出该书范围。其后编纂的《北京图书馆善本丛书》第一集，收录明代边防史乘12种，也是颇受研究者重视的目录学著述。影响最大的还是《增订晚明史籍考》，该书的出版奠定了谢氏在目录学史上的地位，是谢国桢对明清史研究的重大贡献。书中著录各种有关明末清初史事的书目1140余种，未见书目620余种，标举其书名，确定其作者，罗列其版本，开载其庋藏，说明其内容，疏证其源流，辨别其异同，评介其价值。凡研究明末清初的党社活动、农民起义、抗清斗争、郑氏、三藩、史狱、文学、人物和南明诸政权，都可以按图索骥，获得所需要的资料，为研究明清史必不可少的参考书。柳亚子先生在《怀旧集·续忆劫中灰的南明史料》一文中曾评价此书道：“这部书，我叫它是研究南明史料的一个钥匙。”新中国成立后，谢国桢陆续完成了《明清笔记谈丛》、《明清笔记稗乘所见录》、《江浙访书记》等论著，为明清史研究提供了一把又一把新钥匙。此外，谢国桢还在搜集和整理明清社会经济史资料、明清农民起义资料等方面，以及保存明清史籍、汉魏拓片方面，有着卓越功绩。
    谢国桢一生曾编撰了大量资料辑刊和史学专著，并发表了上百篇文章，可谓著作等身。他在《自述》一文中，对自己的治学方法做过一个概述，包括三个要点：一是治史应有灵魂。他说：“我认为历史是一门科学，它与政治有联系又有区别，而总的说是与政治分不开的。因此，要研究历史必须掌握马列主义、毛泽东思想，对具体事物作具体分析。”二是论从史出。他说：“又因为历史是一门科学，那就要有一套研究的程序和方法。‘论从史出’，掌握了足够而可靠的资料和证据，然后才能得出符合客观事实的结论。所谓研究的程序和方法，首先要具备某些历史学的基本常识，所谓‘胸有成竹’然后才能识竹，这样才能具有对搜集到的资料进行考证、鉴别、辑佚和辨伪的功夫。也就是说，对史料要‘去伪存真，去粗取精’，得出正确的结论，才能供史学界探讨。”三是要学习运用唯物辩证法研究历史。他说：“我认为光是运用这些形式逻辑的方法还是不够的。还要采用辩证唯物论的方法进行分析研究，古人说得好，‘读书得间’就是从空隙间看出它的事实来，从反面可以看出正面的问题，读正史外，还要从稗官野史中搜集资料从事补订考证，这犹如阳光从树林中照在青苔上，斑驳的光亮可以多少反映出客观的现象，从而可以得出事实的一个侧面，然后取得内在的联系。积累了许多的专题研究，然后才能写出不是陈陈相因、抄撮成书的作品。”
    谢国桢一生勤奋治学，始终随着时代在前进，不抱残守缺，固步自封。早年，他接受了五四运动以来新思潮的影响，解放后，也能比较自觉地学习和应用马克思列宁主义。正如他自己所说：“我从25岁一直到年垂八十，风里来，雨里去，不怕跌跟斗，头上跌了包，抚摩着伤痕，爬起来再往前走。”这正是他一生真实的写照。谢国桢正是以这种顽强的精神和严谨的治学态度，给学界留下了一部部力作，推动了明清史的研究，也影响和培养了一批优秀史学人才。