在哲学思想方面，研究者较为一致的认识是，孙中山的哲学思想庞杂而又充满矛盾，含有不同程度的辩证唯物主义因素。但是它究竟是以唯物主义、还是以唯心主义为主的问题上，观点则不一。有的论者认为，其“紧紧接近于唯物主义，虽有唯心主义成分毕竟是次要的。”（注：侯外庐：《孙中山的哲学思想及其同政治思想的关系》，《历史研究》1957年第2期。）这鲜明地体现在它的方法论、自然观和认识论上， 以及社会历史观--民生史观。而有的论者则说，它的唯物主义思想和辩证法因素并未占到主导地位，这体现在世界观是二元论的，或者说是在唯物主义和唯心主义之间摇摆，“时常倾向于唯物主义的发挥”（注：郑鹤声：《试论孙中山思想的发展道路》，《文史哲》1954年第4期。 ）。应该说，这方面的研究还只是刚刚开始，还有待于进一步开展讨论。
    上述三方面的研究和探讨，相对地说比较深入，也提出了一些很能发人深思的问题，从而为学者们以后的继续深入研究开辟了航道，奠定了基础。
    复苏与发展阶段（1976～1989年）
    在1966～1976年“文化大革命”的十年浩劫中，一切正常的学术活动都受到破坏，孙中山的研究也随之横遭压抑，完全处于停滞状态，而无所作为。在这十年间仅有6篇有关孙中山的文章，6篇中除了宋庆龄的《孙中山--坚定不移、百折不挠的革命家》一文之外，其余的大多没有正确的论述，更缺乏学术性。
    “文革”结束，特别是中共十一届三中全会之后，中国大陆正式进入改革开放的新时期，广大研究工作者精神上获得很大的解放，从而开创了史学研究的新局面，对孙中山的研究也开始从省思走向复苏和发展。
    以1979年的“孙中山和辛亥革命学术讨论会”为契机，继之受1981年“纪念辛亥革命七十周年学术讨论会”的推动，孙中山研究枯木逢春，并日渐升温，逐步高涨，一个研究孙中山的热潮随之出现在神州大地上。专著如尚明轩的《孙中山传》、张磊的《孙中山论》、刘兴华的《孙中山先生思想论稿》、李时岳和赵矢元的《孙中山与中国民主革命》、肖万源的《孙中山的哲学思想》、韦杰廷的《孙中山哲学思想研究》等相继问世，大量的论文、档案资料、回忆录等纷纷发表。据不完全统计，十几年中出版专著近30部，为过去二十几年总和的十倍；发表的论文达一千二百余篇，为过去总和的六倍。孙中山的研究出现了热烈的气氛，呈现出空前高潮的新景象。
    从已出版的专著和发表的论文中可以看出，对孙中山的思想和活动的许多方面都有新的开拓和新的进展，质量有很大的提高，研究的广度和深度也有明显的扩大和加深，凡此都超过了以前的二十余年。例如，注意到了研究孙中山辛亥革命后所进行的二次革命、护国运动、护法斗争，以及他把旧三民主义发展为新三民主义等方面的问题；对孙中山倡导的“社会革命”和实业建设，对他在中华革命党时期的表现和历史作用，特别是原来异常薄弱或过去没有注意到的课题，如第一次国共合作时期的许多重要问题，都进行了有益的探讨，取得了比较丰硕的成果，填补了一些空白。中外学者对此多有赞誉之词。研究者还撰文论述了孙中山与共产国际、中共的关系，以及有关的事件和人物，并作出较过去具体细致与深入的个案研究，且敢于畅抒己见，展开讨论，使孙中山晚年的思想发展脉络比较清楚地呈现出来。又如，随着国内外学者对中国资产阶级研究的逐步深入，关于孙中山和他代表的阶级的研究，也较以前有明显的进展。至于有关孙中山和他同时代一些重要人物的研究，像黄兴、宋庆龄、廖仲恺、章太炎、宋教仁、邓演达、胡汉民、汪精卫等，以及日本人宫崎寅藏、梅屋庄吉等，都进行了程度不同的探讨；对孙中山活动的对立面，像清政府、立宪派、南北军阀、帝国主义等课题研究，也有加强的趋势。无疑，这将大大有利于研究孙中山活动的社会历史环境，进而客观地、公正地论述和评价孙中山，从而就打破了长期存在的“孙中山中心”的陈旧框架，清除了正统史观的束缚。
    在孙中山思想研究方面，表现得更为系统和深入，课题也较过去广泛，其中特别是孙中山哲学思想的研究出现了新的气象。学者写出了许多探讨孙中山哲学思想的学术论文和专著，在一些问题上开展讨论，取得许多有益的成果。研究的重心已从辨析其属性，拓展到具体内容的探析。研究者较过去进一步探讨了“生元说”、物质和精神的关系、知行观以及民生史观。对其中的唯物和辩证因素作了更多的发掘，提出了有异于传统观念的新见解。过去，比较流行的占统治地位的观点认为，孙中山的自然观、认识论是二元论或唯心论的，历史观是唯心主义的。出版的几本哲学著作则主张唯物主义在孙中山哲学思想中占主导地位，认为孙中山的自然观、认识论基本上是唯物主义的，历史观是二元论的。这一新观点在争论中占了优势。应该说，这种观点是比较符合孙中山的思想实际的。对孙中山的社会历史观，即民生史观，有的研究者认为它的“基本倾向是唯心主义的，但却具有明显的唯物主义因素和辩证法思想”，不能简单地加以否定，而要具体分析。其实，“民生史观”中包括有正确的、合理的方面，它反映出孙中山这位伟大的先驱者探索复杂的社会问题所表现的理论勇气，以及对人民生活的热诚关注。哲学思想的研究，从一个侧面反映出对孙中山学术研究工作的深化。
    在三民主义的研究上，也有了新进展。研究者在对三民主义做了个案研究后，又把它摆在特定的历史范畴里进行宏观的研究。探究了它来源于何种文化思想的问题。有的文章强调其“主要是用西欧、美国、日本资产阶级思想革新了传统的华夏民族意识而形成的。”而新三民主义的民族主义，则是“吸收了列宁的民族理论和中共当时的民族纲领”，加以改造而成的。有的研究者阐释三民主义承上启下的关系，分析孙中山如何对中国传统文化和西方资产阶级文化进行铸新淘旧的工作，指出是继承了传统文化思想和吸收了外来文化思想，对中西文化思想皆有继承，并有所批判、改造和创新，进而独创出自己的思想体系。并且，较前详细地探究了三民主义的具体内容，从而说明了三民主义是当时最先进、最科学的思想。这种实事求是的研究，有助于人们真实地认识孙中山的思想。