在家世源流问题上，孙中山的祖籍究竟在何地？1949年以前即存在“紫金”与“东莞”两说。有论者以大量可靠的文物资料证明罗香林的“紫金”说不能成立，认定翠亨孙氏是源出于东莞（注：邱捷、李伯新：《关于孙中山的祖籍问题》，《中山大学学报》1986年第4期。）。 至于孙中山是否客家人，也是一个长期以来颇有争议又迄今尚未完全认识一致的问题。肯定者与否定者各抒己见，进行了专题深入的探讨，发表了一些针锋相对的文章。应该说，有的论者根据各种资料考证所得出孙不是客家人的结论，符合历史真实，是可信的（注：邱捷、李伯新：《关于孙中山的祖籍问题》，《中山大学学报》1986年第4期。）。
    这一阶段的论文，还探讨了过去尚未论及或论述较少的孙中山的三大政策、军事思想、法制思想、经济思想、教育思想、妇女解放思想等，并提出了一些新问题、新观点。
    在编纂出版《孙中山全集》和有关各种资料方面，研究者也给了很大的重视、将其放在重要的位置上，作了相当大的努力。《孙中山全集》十一卷，共五百多万字，是迄今为止国内内容最丰富、规模最大的一部文集。它吸收了已有各种版本的孙中山著作的成果，集过去者之大成，而又有许多新的补充和发掘；并为了能更好地反映孙中山生平思想和革命活动的发展过程，改变了以往分门别类的编排方法，而一律按写作或发表时间先后顺序排列；还在底本选择、考证辨伪、文字校勘、注释、题解、翻译诸方面，精心斟酌，花费了相当大的功夫。此外其他如《临时政府公报》、《陆海军大元帅大本营公报选编》、《中国国民党“一大”史料专辑》、《孙中山生平事业追忆录》等有关孙中山的研究资料，也先后整理、出版，这些均对孙中山的深入研究起到了推动作用。
    在这段时间中，随着与孙中山研究相关的学术机构在全国各地陆续恢复和增设，一支孙中山研究队伍已经初步形成，其中一批中青年研究工作者正在迅速成长，并崭露头角，他们的新颖观点为开展着的学术争鸣增添了生气。而且，统一祖国的号召也使各界人士更加关注孙中山的研究，从而促使一些从事教学、统战或文艺工作者也越来越热心地投入这方面的研究工作中。通过几年中连续举办的多次学术讨论会、报告会等活动的相互切磋和促进，这支孙中山研究队伍的政治和业务素质已在发生明显变化。
    此外，孙中山研究工作者的海内外学术交流，自1979年在广州召开“孙中山和辛亥革命学术讨论会”后连绵不断，热潮迭起。先后举行过十多次有关孙中山和国民党“一大”等的学术讨论会，平均每年有一次。其中影响大者如1984年广州“孙中山研究学术讨论会”，1985年3 月涿县“孙中山研究述评国际学术讨论会”，1986年11月中山市“孙中山和他的时代国际学术讨论会”等，论题涉及面广，专题研究色彩颇浓，且采用系统分析和比较研究等方法，使一些理论问题得以突破和深化；又总结了研究的现状，对深入研究提出了导向性的建议，促使孙中山研究更上一层楼，呈现出一片生气勃勃的新气象。与此同时，孙中山研究者出国讲学、访问或合作研究、翻译出版外国学者的孙中山著作等，也日渐增多，日趋活跃。这些学术交流，对沟通信息，交流资料，相互切磋，取长补短，推动和促进研究工作发挥了积极作用，从而使研究领域不断拓展，研究方法有所更新，研究成果增多，并且学术论著开始出现了规模化的方式。
    持续发展与前进阶段（1990～1999年）
    1990年8月， 在孙中山故乡翠亨村举行的“孙中山与亚洲国际学术研讨会”，提交论文近百篇，选题广泛，涉及面大。这次会议，实现了海峡两岸学者的面对面交流，共同秉着相互尊重的精神，切磋学问，增进理解。会议揭开了新阶段孙中山研究的序幕。
    90年代后的阶段，孙中山研究的发展势头持续高涨，向前推进。对于孙中山历史地位和作用的评价，较上阶段更为具体细致；将孙中山思想置于更为广阔的背景下进行论述，视野不断拓展，题材广泛，一些专题研究有所深化，研究难点开始突破；学术氛围也宽松，不同观点能相互切磋。因之，成果显著，取得了可喜的成就。在这一阶段的热点及论争有下述诸方面：
    1.关于“大亚洲主义”与亚洲观。
    孙中山鼓吹的“大亚洲主义”，早就有论者认为它的主要趋向是反对帝国主义，提倡一种与西方列强的“霸道文化”相对立的观念，实质上并不具有狭隘的地域性和种族性，其缺陷是未认清日本帝国主义的本性，对其抱有幻想（注：张磊：《论孙中山的民族主义》，《北京大学学报》1957年第4期。）。新的论者， 有人将其誉为“孙文学说关于东西文化和亚洲问题的总纲”，“实质上是亚洲民族解放运动和帝国主义世界殖民体系的矛盾、冲突和斗争问题”（注：唐上意：《孙中山的“大亚洲主义”论纲》，载《“孙中山与亚洲”国际学术研讨会论文集》，中山大学出版社1994年出版。）。对其持异议者则认为：“这是一个有争议的遗产，既有积极意义又带消极意义”，它是孙中山兴亚思想的核心，其本质有别于日本国权主义者的观点，但其本身并非一个严密完整的反对帝国主义的理论体系（注：李吉奎：《试论孙中山的兴亚思想与日本的关系》，载《“孙中山与亚洲”国际学术研讨会论文集》。）。至于孙中山的亚洲观，其内涵应包括亚洲的复兴是必然趋势、振兴亚洲是亚洲人的责任、解决中国问题是复兴亚洲的第一步和特别注重“中日合作”与“中日联盟”四个方面。
    2.孙中山与中国近代化。
    1996年广东召开了“孙中山与中国近代化国际学术讨论会”，与此同时北京、上海、南京等地也都召开了与这一主题类似的研讨会。将孙中山与中国近代化结合起来研究，成为90年代一个热点。研究者指出，三民主义是当时中国最完整的近代化思想，它既表现出与欧美各国近代化常规“从同”，创建民族国家的认识，又包含在社会发展上迎头赶上但避免其弊端的“超越”思想（注：刘学照：《“从同”和“超越”：孙中山近代化思想的特色》，载《孙中山与中国近代化》上册，人民出版社1999年出版。）。有的论文指出：近代化的基本目标，就是“建立独立、统一、民主和富强的新中国。”孙中山毕生的革命活动，都是围绕着民族解放与实现近代化，他的近代化思想“是他同时代的大多数人中最先进的，没有或很少有人超过他。”（注：刘大年：《关于研究孙中山与中国近代化问题--在“孙中山与中国近代化”国际学术研讨会开幕式的讲话》，载《孙中山与中国近代化》上册。）研究者还从近代化这一角度，具体探讨了孙中山在政治、经济、社会、农业、教育、法律、科学、军事等方面的思想。