3.可纠旧史所舛。清初，野史撰著成风，对明史特别是南明历史的编写，“不下千家”之数。但正如谢国桢先生所言，当时记载明代门户党祸者，自然各有所偏，即便“其他记明季史事之书，亦无不各有成见，若记南都时事者，魏党余孽则主拥护弘光，党社诸子则多非议之，惟李清之《南渡录》，较得其平。”官修《明史》，其底本虽经万斯同操刀，不少篇幅内容又经黄梨洲首肯，然经过后来两次修改，亦已非原貌。所以，有关晚明历史的书籍虽多，然而真正能做到直言、精详而足信的并不很多。因此全祖望在整理这段历史的过程中，对于史料不只以广集宏罗为能事，而且精细考证，纠舛驳讹，力求使其成为信史。历来学者之所以推崇《鲒埼亭集》，除了它史料广博这一点外，更重要的恐怕还是因为它的考核缜密。所以刘光汉在《全祖望传》中就说：“说者谓雍、乾以降，文网森严，偶表前朝，即膺显戮，致朝多佞臣，野无信史，其有直言无隐者，仅祖望一人！直笔昭垂，争光日月，可步南、董之后尘者矣。”
    二、对宋、元、明和清初学术史研究的贡献。
    全祖望对于宋、元、明及至清初的学术思想颇有研究，于各家各派之学术尤为精熟洞达，这也正是他生平学术的另一大特色。在他一生的最后十年，花费了极大的精力，对黄梨洲的《宋元学案》一书，重新发凡起例，加以撰著。同时，他还曾有心于修补黄氏的《明儒学案》，终因精力不济而作罢。从《鲒埼亭集》中，我们可以看到，有关宋、元、明、清学术方面的文章占了一个较大的比重，诸如《甬上证人书院记》、《槎湖书院记》、《城北镜川书院记》、《横溪南山书院记》、《泽山书院记》等篇，虽然仅是些记铭之文，但其中对于各家学派的源流、言论、宗旨等，无不旁推交合，使人读来便知其学术。《鲒埼亭集》中关于这方面的内容，全氏主要做了这么两件事：一是对宋、元、明各家学术流派的沿革、师承等关系作了详细考证，纠舛辨伪，理析出各派脉络；二是对各家学术宗旨进行了精详的辨析。
    1.对学术源流的考索。全祖望在《奉答临川先生序三汤学统源流札子》一文中，针对李临川所问鄱阳汤息庵、汤晦静和汤存斋及其从子汤东涧的学术源流，指出：“三汤子之学，并出于柴宪敏公中行，固朱学也，其后又并事真文忠公，亦朱学，而晚年则息存二老仍主朱学，称大小汤，而晦静别主陆学。东涧之学，肩随三从父而出，师友皆同，而晚亦独得于晦静，是时朱陆两家之学并行，而汤氏一门四魁儒，中分朱陆，各得其二”（同上书卷34）。关于他们的学术情况，历来学术界很少有人提及，《宋史》中虽有汤东涧的传记，但也没有讲明其学术、师友等情况。全祖望在这篇札子中通过这么寥寥数语，就把汤氏的学术源流、沿革、宗旨等表述得十分清楚。《鲒埼亭集》中诸如此类的文章很多，有些地方则更是发前人所未发。我们知道，宋代学术之盛，其大体沿革是以安定、泰山为其渊薮滥觞，至周敦颐、张载、二程而发展，到朱熹、张栻而完成的，然而黄梨洲在修撰《宋元学案》的当初，并没有把安定等人立于首卷。全祖望后来修补学案时，则列为卷一、卷二，其所以如此，他在《鲒埼亭集》中有很明白的表述。他认为，宋代真、仁二宗之际，濂、洛之学尚未广大发明，这时讲学的主要有戚（戚同文）、孙（孙复）、胡（胡瑗），以及韩忠献公、范文正公、欧阳文忠公等人，“左提右挈，于是学校遍于四方，师儒之道以立”（同上书外编卷16《庆历五先生书院记》）。认为他们实际上开了宋代学术的先河，因而尊之首卷。
    同时，他还针对旧史中错误的地方，细加辨析。如沈端宪之父沈签判，为二程私淑弟子，端宪受陆文达之传，其兄弟沈季文则师陆文安，“盖其兄弟分宗二陆”，而《宋史》却把沈端宪列于陆文安门下，全祖望在集中对诸如此类的错误都加以指出改正，使后来研究这段学术史的学者有信史可依。正如他自己所说，其所以如此热衷于撰叙各家沿革，乃为“使后之人有所考焉”。
    2.对各家学术宗旨加以判析。全祖望在叙述沿革的同时，对于各家学术的宗旨，也多有评论。如他论述朱、陆、吕三家学术时说：“予尝观朱子之学，出于龟山，其教人以穷理为始事，积集义理，久当自然有得，至其以所闻所知，必能见诸施行，乃不为玩物丧志，是即陆子践履之说也。陆子之学，近于上蔡，其教人以发明本心为始事，此心有主，然后可以应天地万物之变，至其戒束书不观，游谈无根，是即朱子讲明之说也。斯盖其从入之途，各有所重，至于圣学之全，则未尝得其一而遗其一也。是故中原文献之传，聚于金华。”（同上书外编卷14《淳熙四先生祠堂碑文》）。在《同谷三先生书院记》中，又说，宋乾淳以后，学派分而为三，即朱学、吕学、陆学。三家同时，但在学术上皆不甚合，“朱学以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而又以中原文献之统润之。”但从理学的最终思想来看，不管他们的分歧如何之大，其宗旨还是一致的，正如全祖望所说的，各家“门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也”（同上书外编卷16）。有的同志曾根据《宋元学案》中的一些事件发生年代次序的颠倒，就断定全氏是有心调和朱陆，其实，我们只要仔细分析一下《鲒埼亭集》中的这些论述就可以明白，全祖望对于朱陆学术的分析还是十分客观的，决无调和之意。
    此外，全祖望还对《明儒学案》所缺的一些明、清学术作了比较详细的叙述。
    我们知道，黄梨洲的《明儒学案》侧重在对姚江学派和增城学派的叙述上，对于同时期的其它学术，则颇有偏废之处。对此，全祖望认为，明代正嘉之交，阳明和甘泉之学盛行，两家虽微有不同，但其要旨则相近，当时学者不趋姚江王氏之学，则依增城甘泉之学，惟有罗文庄、吕文简、崔文敏、张文定四人，独有自得，不象其他学者阿附其中一派以求自大。故而他于《鲒埼亭集》中对他们的学术都作了简赅的反映。
    明初甬上学派，……至公（杨文懿）而始大，其学颇类吴草庐，兼收朱张吕陆之长，不墨守一家，要其胸中精思深造，以求自得，不随声依响，以为苟同。……南雷黄聘君作《学案》，称极博，竟不为公（杨文懿）立传，《明史》儒林，多取学案，故于公亦阙，良可惜也，不待予之多言，独认其理学之大者。（同上书外编卷16。《碧沚杨文元公书院记》）
    另外，他在集中对顾亭林、李二曲、陆桴亭、刘继庄、李绂等学者的生平、言论、学派宗旨、沿革等，也都细加阐述，对他们的学派、言论、宗旨等无不旁推交合，使人读来便知其学术。所以，《鲒埼亭集》中这部分文献内容，实足以补黄梨洲《明儒学案》之不足。有的同志把它作为《明儒学案》的续编来看待，虽有一定道理，但仅仅如此，还不足以言此集价值。我以为，《鲒埼亭集》在很大程度上可以说，它是研究宋、元、明乃至清初学术思想史的一部十分重要的史料和评论著作，应和《宋元学案》、《明儒学案》相辅而行。事实上，当王梓材等人修补出版《宋元学案》时，已得力此集不少，这从现在流行的《宋元学案》一书中可以看得十分清楚，其中许多地方都是摘编自《鲒埼亭集》的。