清是统一多民族国家，在保证国家司法权统一的前提下，清朝因地制宜、因俗制宜、因时 制宜地制定了蒙古地区的司法制度。
    1.理藩院是管理蒙古地区的中央官署，是与六部地位同等的机构，总揽治理蒙古事务的职 权。《会典》规定理藩院的职责为：“掌外藩之政令，制其爵禄，定其朝会，正其刑罚。” [1]《理藩院则例》中进一步申明：“臣院总理内外蒙古部落事务，凡蒙古王公台吉等袭职 、年班、朝觐、户口、仓粮、军政及人命盗案等事”，“均关紧要”（《则例·原奏》）[2] 。理藩院下设理刑清吏司，“承办内札萨克六盟、外札萨克各部落、察哈尔、归化城等处蒙 古命盗案件，兼核缉逃限期，咨行各处缉拿内外寺庙喇嘛并太仆寺牧丁逃逸等事”（《则例 ·通例》），专门审理蒙古人犯罪案件。
    由此看出，民、刑审判是理藩院的重要职责之一。在司法审判的程序上，理藩院是蒙古地 区的上诉审级。凡是蒙古地区的一般民、刑案件，经旗札萨克初审，盟长复审而难以决断的 ，需上报理藩院复核。“凡罪至遣者，令报于院，以会于刑部而决焉。死者，则会三法司以 定谳。”[1]三法司指刑部、都察院、大理寺。刑部是皇帝掌握下的全国最高司法审判机关 ，它主持全国最高级别的审判和管理全国性的司法行政事务。都察院是皇帝掌握下的法纪监 察机关，有弹劾权及审判权。大理寺为案件复核机关，刑部审理的案件不当有权驳回更审。 各地上报死刑等重大案件，刑部拟定谳语送都察院审核，再送大理寺复审。三法司核拟后， 再题报皇帝，由皇帝作出最后裁决。清朝前期的几位皇帝，如康熙、雍正、乾隆等都是勤政 的，各种各样的题本，皇帝都亲自裁决，包括死刑的最终裁决权也牢牢掌握在皇帝手中。蒙 古地区的案件虽由理藩院受理，但要会同刑部三法司审核。实际上，最终裁决权也掌握在皇 帝 手里。这样，蒙古地区的死、遣等重大案件、难以决断案件的司法审判程序，经旗札萨克、 盟到理藩院、三法司，直到皇帝，表现出了专制集权的特点，使中央的司法统辖权深入到蒙 古民族聚居的边陲地区。
    2.蒙古地区的地方审级与地方行政区划相一致，地方政权机关也就是审判机关。《会典》 中有一段详细而又具体的规定：“凡蒙古之狱，各以札萨克听之。不决，则盟长听之。不决 ，则报于院。驻司官者，司官会札萨克而听之。蒙古内属者，将军、都统、大臣各率其属而 听之。”[1]
    清朝将分布于我国北部和西北地区的广大蒙古人民分别编制于200多个旗内，又按蒙古部落 首领对清朝的政治态度，分为“外藩蒙古”与“内属蒙古”区别对待。外藩蒙古设札萨克， 有 一定的自治权力。它又分为内札萨克与外札萨克：漠南（内蒙古）6盟49旗为内札萨克，漠北 喀尔喀（外蒙古）4盟86旗、青海和硕特、土尔扈特等29旗、阿拉善、额济纳2旗等，均列 入外札萨克。各旗札萨克按照清廷颁布的政令、法规来处理旗内各项事务。旗札萨克既管地 方上的行政军事等事务，也兼管司法事务。旗既是地方行政建置，也是司法审判的第一审级 。发生在外藩蒙古地区的一般民事纠纷，如钱债、牲畜、水草牧地、户籍、婚姻等，以及一 般的 刑事案件，由旗札萨克进行初审，不能决断，上报盟长会同复审，仍不能决者，或判断不公 ， 再将全案上报理藩院审理。
    内属蒙古各旗是清朝的直辖领地，不设札萨克。这是对曾经反叛过清朝，后被平定，将原 封 建王公夺爵削权，重新建旗后，由清朝派总管进行管理。还有一些是因无功投诚，或部落小 、无领地，清朝给予牧地安置，组编建旗，由清朝委派总管、副总管掌旗。内属蒙古各旗“ 官不得世袭，事不得自专”[3]，在司法审判上，由将军、都统监督各旗总管审理。如归化 城土默特二旗，由绥远城将军监督管辖；察哈尔八旗，设察哈尔都统监督管辖；呼伦贝尔八 旗，设呼伦贝尔副都统监督管辖。
    驻有理藩院司官的地方，是指理藩院派出机构（人员）驻扎的地方，包括乌兰哈达（今赤峰市 ），三座塔驻扎司官，察哈尔游牧处理事员外郎，张家口、喜峰口、独石口、杀虎口、古北 口管理驿站员外郎，神木、宁夏理事司员，热河都统衙门理事司官等。在这些地方发生的民 、刑案件，由当地司官、员外郎会同就近札萨克一同审理，若不能决断，再上报理藩院审理 。
    可见，同是发生在蒙古地区的民、刑案件，却因外藩蒙古、内属蒙古、驻司官地方的区分 ，其第一审级也有所不同，表现出因地制宜的特点，以达到其“分而治之”的目的。
    同时，清朝严格规定，蒙古地区各项案件的审诉，必须严格遵守审判程序，严禁“越诉诬 告”。“蒙古等，凡有争控事件，先在该札萨克处呈控，倘负屈，许在该盟长处呈控。”（ 《 则例·首告》）如盟长等不秉公办理，许原告人将曾在该札萨克处呈控如何办理，复在该盟 长 处呈控如何判断之处开明，赴院呈控。（《则例·首告》）如原告人不遵循上述程序，“径 行来京具控者，照越诉例加重。台吉官员，於罚三九牲畜本例上，加罚一九牲畜；属下家奴 ，於鞭一百本例上，加枷号两个月。”（《则例·罪罚》）所控事件仍发回交该札萨克、盟长 办理。如札萨克、盟长办理不公，则将札萨克、盟长议处；如所控不实，按事之轻重将原告 人反坐其罪。凡呈控事件只准本人呈控，严禁他人代控，凡由他人代控者，概不受理”（《 则例·首告》）。
    3.在案件的审断过程中，保留了蒙古民族习惯法中“以罚代刑”及“入誓”等审判方式， 表现出因俗制宜的特点。“以罚代刑”就是用罚财产代替刑罚的执行。蒙古民族基本上以畜 牧业为主，因而罚财产就是罚牲畜。凡偷窃、诱卖及人命重案，均可罚畜；无论蒙古王公、 贫苦牧民都可罚。所以《会典》说：“凡蒙古犯罪皆论罚。”罚的数量按罪错大小定，最 常 的计算方式是“九”，也有罚“五”、罚“七”、罚“三”之法，均以牲畜头数计算。罪重 者可罚几个“九”，但最高不得超过九“九”。康乾以后，对任现职的蒙古王公有了罚俸、 降级、革职以抵罪的惩罚办法。罚俸以年月为差，分为三月、六月、九月、一年、二年至八 年 不等（《则例·罪罚》）。无俸的闲散王公仍实行罚畜抵罪的办法，不过可折银代罚，马每匹 折银三两。对一般平民，若罚畜缴不足，可折鞭打，缺一头牲畜折25鞭（《则例·罪罚》）。
    “以罚代刑”符合游牧的生活方式，如果应得处罚是徒（在一定期限内强制劳动）、流（遣送 到边远地区服劳役）之类，在地广人稀的草原上是没什么意义的。而罚牲畜却剥夺了犯罪者 的 财富或仅有的一点生活资料，的确是一种极大的惩罚。