从以上几段日记删改的情形来看，内容主要涉及翁同龢的思想及有关人际关系，张元济、翁之熹删改这些文字完全是出于为“师讳”，为“祖讳”。除此之外，日记的删改还有其他原因。
    戊戌年（光绪二十四年，1898年）。影印本日记第三十七册第110～112页比原稿少了十月十六日至十月二十三日全部日记。查原稿十月十六日至十月二十三日日记内容是：
    （十月）十六日。将往沪上，先往苏州。景子侍行。辰正开船，张帆行，过湖荡则逆风矣。摇橹抵阊门，戊初泊大子码头。
    十七日。阴，暖甚，无风。景子上岸，余留舟中。未正移泊青阳地，写小轮票五元三角，孙庚船。酉初三刻轮船带行，洋关小驻，月出展轮。
    十八日。黎明抵上海，辰正泊义袋角，下距大王庙里许。景子上岸，住寅臣处。晚寅偕景来。此行为斌孙南归，欲乎此一见，期十八必到，乃新裕船在津滞留须二十一方到，只得待之，闷甚。午后小雨晚有声。二更大风起。得江西十二函，即覆之。发鹿信。
    十九日。雨止，风仍大。寒。景子来，缉夫来，同饭。申正风止有晴色，稍暖，行人计在黑水洋矣。市楼吃面。写扇七柄。缉、寅皆送黄花鱼，日日如此。
    二十日。睛。风止。舟中写扇十余，尚能细楷。缉、寅、景先后来，皆送点心。稍寒，待新裕船不止。口占三绝。
    二十一日。阴。午睛。寒甚。辰正闻笏至，急欲诣而彼已来，一见悲慰兼集。云海中无风甚安稳。缉、寅、景皆来。余偕笏同车诣酱园弄，二侄妇感冒卧床，未见。而吴子备、本家印若过访。子备谈时事，闻所未闻。诊余脉云：肝阳下陷须升提，处一方乃去。晚饭后下船。缉、寅固请留一日，允之。得江西十三日函，答之。发常熟信。印若以苏斋手提响榻化度见示。孙幼谷物，五百金。
    二十二日，晴。西北风晚止。晨起摹化度题跋，其正本则一点一拂皆苏斋精心考核。此苏斋自藏真本，非从前所见集诸家藏本可比。忙中不及摹，亦不能摹也。巳刻寅以马车来迎，看旧藏书画，为之品题，即在彼饭，笏同坐。王新之来，未见。沈白凤女士，仲复之女也，求见，却之。回船，笏与寅先后别去。缉来船略谈。以苏斋摹本还印若。吴子备、许楚卿来送，酉初始去。子备真可感。曛黑小轮始至，戴生昌。带至昆山，四元五角，酉正开，余船在第六，最后尚有一船。山东张仆随笏来，因携回常。
    二十三日。晴。五更带至昆山解缆。野水苍茫，摇橹行。天明过昆山城，巴澄湖水浅滩露，非二十年前光景。午后风大，酉初抵小东门。鹿侄来。
    从以上未影印的日记来看，并无什么特别重要的内容，如果说有的话，那就是连得江西十二日、十三日函和笏斋从北京回来在沪上与他见面两件事。江西函指侄儿翁曾桂（字筱珊）给他的来信，其时翁曾桂任江西布政使，护理巡抚，与京中大吏保持联系，可探听到“京师消息”。笏斋指翁斌孙，是翁同书之孙，翁曾源之子，进士出身，时任翰林院侍读学士。翁同龢开缺回籍后，其住宅租给太常寺卿袁昶居住。翁斌孙与袁昶及孙家鼐、廖寿恒、钱应溥等仍有往来接触，了解到“朝内动态”。翁斌孙二十一日到上海前，先已打电报给上海的翁顺孙、翁熙孙。翁同龢得知后，急于想了解他离京后的“京师情形”，所以提前坐船由常熟赶到上海。不期因海上大风，由天津开往上海的“新裕”轮三天后才到沪。日记中对此说得很清楚：“此行为斌孙南归，欲于此一见。”可见翁斌孙由京南回，肯定带回京中重要消息，这个消息就是有关北京戊戌政变的内容。因为这些消息直接关系到翁氏本人的政治前程，所以他急于想要知道，故来沪与斌孙见面。但祖孙见面所讲内容，日记中只字未提。至于从苏州医生吴子备（从前在京为翁同龢看过病）那里听到“闻所未闻”的时事，也只是冷冷一说。所以，无论从哪一点来说，日记影印时没有必要将这些内容删削不印。依笔者之见，显然是翁之熹与张元济在影印时的重大遗漏。这是一种猜测。不过有一点是很值得我们注意的，那就是二十四日的日记。这天的日记写道：“二十四日。晴。已初赴西山先谒墓，后看工，饭罢归。酉初抵家。鹿侄、景子以新闻报传二十一日严旨臣种种罪状，革职永不叙用，并交地方官严加管束，不准滋生事端等因。伏读感涕而已。发沪信、江西信。”虽然内心痛苦万分，犹说“感涕而已”。这是久惯政治风云、老练的政治家心态。联系这天的日记内容，上述八天日记内容之所以未能影印，又或许与翁同龢改削原稿有关。很可能十月十六日至二十三日的日记原稿中载有不少重要内容，并涉及有关人物，但因二十四日得知自己被革职编管，又有“不准滋生事端”的谕旨，若再将十六日至二十三日日记所记内容（推测与戊戌政变有关）留下来实在有些“危险”，于是进行删改。但这些删改后的日记翁同龢当时可能并未放到戊戌十月的日记里。事实上他在听到革职编管的消息后，已是“方寸已乱，书不成句”（致廖寿恒密函语）了。以致日记影印时，这部分内容翁之熹未能找到，故无法影印，只好阙如。
    翁同龢癸卯年（光绪二十九年，1903年）日记，影印本第四十册第80～88页（即十一月十六日至十二月十六日）的日记内容，原稿中根本没有。查影印本，这一个月的日记字体粗疏，比以往所写的字要来的大，与以往的记法也有很大的不同。依笔者推测分析，似乎有以下几种可能：一、从内容上看，翁同龢本月生病，所记多关请医吃药的事。很有可能就未写日记，所以，原稿中无这一月的日记。二、影印本的日记内容很可能是翁同龢病后补记的，不过不是他本人书写，而是由翁斌孙代笔的。翁斌孙晚年书法酷似翁同龢。为了保持日记的完整连贯，由翁斌孙根据翁同龢的大概活动做了粗线条的纪录。三、翁同龢戊戌以后日记整理誊抄非出自他一人之手，诸多孙辈帮他誊抄过。这一部分原稿中未见的内容很可能是孙辈们誊抄后未放进原稿，但在日记影印时却被意外的发现。总之，上述三种情况均有可能。由于负责日记影印的当事人翁之熹在“文革”中去世，已作古多年，此中曲折缘由实无从得知，只好存此疑问。
    以上是日记影印时删削改篡的大致情况。至于影印时所提供的日记原稿本身删削改篡情况则比较复杂。但有一点是肯定的，那就是日记原稿确实经过改篡，尤其是戊戌年这一年日记删削改篡最多，而改篡最多的又是与戊戌变法期间与康梁等维新派往来方面的文字。金梁在《四朝佚闻》一书中以翁同龢删改荐康的内容，进而对翁氏日记的真实性提出怀疑，不是说毫无道理。翁氏在日记中有两处否定自己与康氏有往来：
    甲午年（光绪二十年，1894年）日记。影印本第三十三册第44页初五日，“答康长素，未见。”