1934年，先生辞去教职到家乡河南编纂《河南通志》。不久，仍返回北京图书馆，任金石部主任。除继续研究明清史外，他还留意两汉碑刻、石画拓片的收采与整理。随着研究的深入，先生对清初东北满族的兴起日益发生兴趣。并溯源探流，寻求契丹、金源，以至汉代乌桓、鲜卑的事迹，撰成《记辽陵石刻及其关于时论辽陵之文字》、《东北史稿跋》等文，他还着手准备撰写一部《东北史略》，以寄托对沦陷于日寇铁蹄下东北河山的怀念情感，但是时局动荡，风云变幻，1937年爆发了“泸沟桥事变”，华北平原竟难以安放一张宁静的书桌。先生的计划顿成泡影，他不禁有“可惜前朝玄菟郡，积骸成莽阵云深”的感叹。后来先生亡命南下长沙，服务于西南联大图书馆。第二年北返，典守北京图书馆文献。以后一度应邀执教于北京大学。
    （五）
    1946年，经周扬同志介绍，先生通过解放区返乡省亲。一路上他观看儿童表演秧歌，听老乡介绍八路军抗日壮举，深为解放区的革命气氛所感动。在邯郸，先生又见到范文澜、杨秀峰等同志，更受到殷勤接待。范老虽与先生萍水相逢，却以赤诚相见，请先生为解放区教育事业献计献策，还为先生治好疾病，使他终生难忘。受范老委托，先生到上海为北方大学购置图书，后转交伍云甫同志运回解放区。以后先生滞留上海，给大中银行司笔札，间或为开明书店编写文稿，藉以谋生。他常与郑振铎、冯贞群等研讨学问，见到许多被爱国人士从日寇炮火中抢救出来的碑刻拓片与明清文献，尔后伏处小楼，撰成《汉代绘画考》、《清初东北流人考》，以对十年前未完成的研究工作做些弥补。
    《清初东北流人考》是先生继《明清之际党社运动考》后又一部较有影响的专著，也是先生信奉古人“读书有间”格言而结下的一个硕果。清初东北的流人，一直是湮没不彰而被忽视的问题。先生阅读大量的方志、诗文、发潜彰幽，对清初谪戍东北的文士张缙彦、吴兆骞、陈梦雷等的活动作了详尽的考察，撰成《清初东北流人考》。书中一方面揭露了清初统治者实行残酷思想统治的事实，另方面颂扬了流人们为开发东北学术文化、促进各族文化交流所作出的贡献，全书史料翔实、文笔酣畅，言之有物，持之成理，从而填补了清史研究中关于东北流人问题的空白，使这渗透着深深的痛苦和悲哀、蓄蕴着壮烈而不屈的一幕历史不被忘却。
    先生这种勇于开拓新领域的研究精神，和善于从被人们忽视的历史事件中寻找新问题的研究方法，受到范文澜先生的赞扬。范老读了《清初东北流人考》后，把这部书视作史学佳作的典范，并说：“这本小册子，能说明清初统治者所施行统治人民思想的政策，大兴文字狱的一个侧面。”（注：谢国桢：《明末清初的学风·清初东北流人考》，1982年人民出版社版，第181页。）
    1948年，应云南大学之聘，先生赴昆明执教。不久，欣闻北平解放，他乃由昆明绕道北上，于1949年2月从镇江潜渡长江， 毅然投奔解放区，经范老介绍，入华北大学政治研究所学习。
    （六）
    “天安门上彩云飘，灿烂红旗气象饶。正是人民初建国，群呼万岁震云霄。”（注：谢国桢：《悔余诗集》（稿本）卷1。 ）先生在华北大学学习时，适逢新中国成立，他参加了开国大典的庆祝游行，心潮起伏，发笔吟咏，以表达自己对新中国的热爱。这一年冬天，先生学习结业后，即被分配到天津南开大学历史系任教，为培养社会主义建设人才而贡献力量。
    先生是个大半生在旧社会中度过的知识分子，所受旧学影响较深，但他并不是一个抱残守缺、固步自封的学者。解放后在党的教育下，先生力求以无产阶级的立场和观点去进行历史教学与研究。授课余暇，他对农民起义作了专门的研究，改变了过去把农民起义当作“流寇”、“土匪”的看法，先后写出《关于李自成》、《农民起义与张献忠》等论文，对农民起义的历史作用进行实事求是的评价。先生一向主张治史必须要掌握翔实的史料，这是一项不可缺少的基本功，为了追随时代的前进潮流，他还从一些罕见的野史笔记中搜集资料，去粗取精，编辑成《清初农民起义资料辑录》，以供同行们参考。
    南明史的研究是先生课余的又一项科研题目。清末民初以来，文化人对南明史的研究曾是个热门，但很多研究是出于影射时局的政治目的，因而有失之偏颇或先入之见的弊端。并且随着时局的改观，人们对南明史研究的兴趣亦遽然淡漠，这种即兴而发的研究，往往是各取所需，缺乏学术的严肃性和科学的完整性，时过境迁，影响亦随之消失，所以虽然南明史的研究曾几度起落，却始终没有一部较完整的关于南明史的学术专著问世。
    先生从三十年代起就从事南明史资料的搜采与研究，解放后安宁的社会环境给他带来了有利的著述条件，乃锐意写出一部能反映客观历史的南明史学术专著。经过多年的不懈努力，先生于1957年撰成《南明史略》。这部书主要论述和评介了南明弘光、鲁王、隆武、绍武、永历诸政权的兴亡变迁，兼及荆襄巴东的农民起义、韩王政权和北方各族人民的反清斗争，因此是一部较完整的明清变革政治史。书中本着“具体问题具体分析”的马列主义原则，尽可能利用明清之际的文集、笔记、档案等第一手史料，如实地反映当时的社会政治状况，向读者提供这段鼎革时期的客观历史，全书“简单平实，没有任何哗众取宠的东西，把棼如乱丝的抗清斗争历史，整理得有条不紊，做出完整的介绍”，（注：何龄修：《悼念谢国桢先生》，见《清史论丛》第5辑，1984 年中华书局版，第1～9页。）因而它“直至今天仍是研究南明史的值得称道的专著”。（注：商传：《谢国桢》，见《中国历史学年鉴（1985年）》“现代已故史学家”专栏，1986年人民出版社版，第267～268页。）