在五帝与五德的互有关系上，传统说法认为阴阳五行说的依据是《尚书》的《甘誓》和《洪范》。《史记·历书》中记载：“黄帝考定星历，建立五行，起消息。”自此，五行为黄帝所建之说深入人心，两汉时期五德终始说更加系统完备，极为盛行。崔述则力斥其妄：“帝王之兴果以五德终始，则此乃天下之大事也，二帝之典，三王之誓诰必有言之者。即不言，若《易》、《春秋传》穷阴阳之变，征黄、炎之事，述神怪之说，详矣，亦何得不置一言也？下至《国语》、《大戴记》，所称五帝事最为荒唐，然犹绝无一言及之。然则是战国以前原无此说也明矣……五德终始之说起于邹衍；而其施诸朝廷政令则在秦并天下之初……然衍虽有五德终始之说，而初不以母传子，固未尝以木、火、土、金、水为五帝相承之次第也。以母传子之说，始于刘氏向、歆父子；而其施诸朝廷政令，革故说，从新制，则在王莽篡汉之时。”[4]（P49-50）其实，五行本是自然物质，五行相胜相生是自然界物质演化的规律；而邹衍利用五德终始说解释上古帝王更迭的社会历史现象，不过是附会古史，意欲“显于诸侯”；后来的野心家更是利用它谋求私利，甚至作为窃取政权的借口。崔述的剖析十分深刻有据，尤其是明确指出了刘歆创立五行相生论，为王莽篡汉设计理论依据，直接把批判的矛头指向刘歆，这是我国学术界首次提出刘歆以学术干政的观点，显示了崔述的慧思和胆识，成为他廓除旧的古史体系上的一个创新。
    此外，崔述还否定了一些神话传说，如对“太昊伏羲氏、炎帝神农氏”之说的否定。对于战国以来盛传的“河图、洛书”之说，崔述也进行了考证。《易·系辞》云：“河出图，洛出书，圣人则之”。《汉书·天文志》引：“刘歆以为虑羲氏继天而王，受河图，则而画之，八卦是也。”[8]（P1315）历代儒家学者，包括朱熹，大都相信此说，崔述却考证出它出自纬书，其内容无历史根据而且荒诞不经。[4]（P29）现在我们已经知道，伏羲并无其人，八卦也决非某人所造。可是在崔述时代，伏羲画八卦之说深入人心，破除这种迷信实属不易，显现了崔述疑古辨伪的非凡胆识。
    三、对崔述古史辨伪学说的现代审视
    在我国自清朝以来，就不断有人怀疑揭露上古文献的虚伪，如刘逢禄（1776-1829年）作《左氏春秋考证》，断《左传》为刘歆伪作。实际上，正是这种怀疑精神开启了近代疑古思想的先河。其中，不畏艰险、勇敢搏击的，崔述是首当其冲的一人。他通过考辨古史，指出：“古者本无皇称，而帝亦不以五限”，[4]（P27）“羲，农以前未有书契，所谓三皇、十纪帝王之名号，后人何由知之？”[4]（P28）这动摇了千百年来人们心目中的传统偶像--三皇五帝；他还揭露了封建政权维护统治的政治理论思想--“五德终始说”形成的过程和本质，为廓除旧的古史体系，拨开自汉以来的古史迷雾作出了重要的贡献。崔述具有的这种反传统思想也是中国思想史自身内部的一种新发展，突出地体现了传统史学中孕育着近代的因素，并为近代疑古思潮提供了养料。基于此种原因，生前湮没不彰的崔述到了20世纪初，首先受到东方史学近代化更早的日本学界之重视，那珂通世称《崔东壁遗书》是日本东洋史学家不可缺之良书也”，其“著者议论高明精确”，[9]（P1077）并将其点校出版，此后才引起我国学术界的注意。“五四”新文化运动时期，崔述的古史辨伪学说更显示出其反对传统、合乎新的学术潮流的价值，深得胡适、顾颉刚等人的重视和推崇。胡适曾说：“这样一个伟大的学者，这样一部伟大的著作，竟被时代埋没了一百年，究竟不能不算是中国学术界的奇耻！”[10]（P953）而顾颉刚更是花费十多年的时间整理、点校、出版《崔东壁遗书》，并深受其学说的启发，掀起了探索可信古史体系的古史辨运动。
    崔述治史善于发现古书、古史中的矛盾和可疑之处，有自觉追求证据确凿、逻辑严密的朴素理性主义精神。如他在《古文尚书辨伪》中颇有见地地指出：“所谓《古文尚书》者，非孔壁之《古文尚书》，乃齐、梁以来江左之《伪尚书》；所谓《今文尚书》者，乃孔壁之《古文尚书》也。”这揭示出了今、古文《尚书》的源流和真伪。关于《古文尚书》的辨伪，自宋明学者揭发，到清初阎若璩那部全面系统的《古文尚书疏证》，揭示其伪文来源，确定其伪书性质已成定案。崔述虽然未见阎著，却与之结论相同，尤其指出了今本《尚书》非汉之今文，乃汉之古文，更是独到之见，其“识力所至，暗与古合，更有发前人所未发者。”[11]（P608）可以说在探讨33篇《今文尚书》源于何本的问题上，崔述解决了自唐代以降至乾嘉时期学术界从未弄清的一个疑难点。崔述还溯流穷源，以“六证”、“六驳”从《古文尚书》的篇数、文体、流传情况、被他书引证等方面究作伪之由，述异真之故，辨析论证《古文尚书》之伪，又用四点答疑阐明己见，证据确凿、条理清晰、考辨简洁明了，虽然不如阎氏著作那样精深丰富，但体现出崔述辨伪的科学态度和非凡的历史洞察力。难怪胡适将崔述誉为“科学的古史家”，其“‘考信’态度是道地的科学精神，也正是道地的科学方法。”[12]（P1046）这正是中国传统史学中可以与近代“科学精神”相容的部分。具体地说，崔述的“科学性”在于他重证据，不轻信、讲逻辑，这与德国的兰克学派重事实、讲证据颇为相似，可见崔述学术思想中蕴含着朴素的理性主义精神。
    此外，崔述进行古史辨伪自出机杼，十分重视史学方法的总结，他有专门提炼出来讲方法的著述《考信录提要》，它有条理地列出历史知识流传中的种种情形和辨伪祛疑的方法，颇具理论色彩。胡适认为《考信录提要》提供了很有现代眼光的文献学方法论，有的学者视其为“清代第一部讲史学方法的书。”[13]（P344）中国传统史学往往缺乏对理论和方法的系统探讨，尤其在文献学领域，理论与方法皆隐伏于实践背后；而崔述考史注意知识和方法的结合，其《考信录提要》在辨伪实践中进行方法的概括和总结，从方法论的层次上探讨问题，系统地归纳出一些辨伪的原则，这在传统史学中无疑是空谷足音。前文提到阎若璩对《古文尚书》的辨伪比崔述细致、广博，却显得凌乱无章，缺乏崔述那种钩玄提要的功力，由此可以看出后者在学术研究中运用史学方法的自觉性。在考证方法的具体运用中，崔述也有技高一筹之处；他多以演绎法分析、推断，有时也用归纳法、类比法进行推理，而汉学家则侧重于用归纳法进行考据。如清代学者惠栋辨析《尧典》分篇时，主要用大量证据归纳出《尚书》本无《尧典》的结论，阎若璩考证《古文尚书》也多次运用归纳法。崔述则以演绎法推出三条论证，说明《尚书》之《尧典》和《舜典》本为一篇。[14]（P52-53）总之，清代汉学家多用归纳法考证，力求从许多实例中导出结论，取材广泛，但也颇为繁琐，往往难以得其要领。而崔述对古书古史有着敏锐的洞察力，并灵活地运用演绎法提出己见，其逻辑推理严密，条理清晰，使《考信录》在考据方面颇有见地，与当时学术界的信古风气形成鲜明的对比。