一
    抗日战争时期，沦陷区处境异常险恶。陈垣身在敌后，亲历强敌压顶，他的史学思想 因时而变，产生了意义重大的飞跃。
    卢沟桥事变之后，北平的知识分子原以为当局对北平不会轻易放弃，可是“白天大家 还在谈论宋哲元打到哪里了，一到晚上，宋哲元一溜，日本鬼子就进了城。”（注：柴 德赓：《陈垣先生的学识》，《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49、2页，生活· 读书·新知三联书店1982版。）陈垣当时身为辅仁大学校长，仍然在艰难中主持校务。 眼见时局骤变，欲师生联袂南去，可是想到自己一介书生，离开自己熟悉的书库，做不 成学问，碌碌无为，于心不甘；同时又相信中国是一个大国，历史悠久，人民英勇，决 不会久陷敌手；加之学校一时之间确无可以替代之人，为了辅仁师生的工作与学习，终 于未能离开北平。
    1950年初，他在总结自己的史学思想时说：“九一八以前，为同学讲嘉定钱氏之学。 九一八以后，世变日亟，乃改顾氏《日知录》，注意事功，以为经世之学在是矣。北京 沦陷后，北方士气萎靡，乃讲全谢山之学以振之，谢山排斥降人，激发故国思想。所有 《辑覆》《佛考》《道考》《诤记》《表微》等，皆此时作品，以为报国之道止此矣。 所著已刊者数十万言，言道、言僧、言史、言考据，皆托词，其实斥汉奸、斥日寇、责 当政耳。”（注：刘乃和等：《陈垣年谱配图长编》，第546、460、462、461、491页， 辽海出版社2000版。）陈垣先生新的史学思想即发韧于抗战时期。其特点是把历史知识 与现实斗争紧密结合起来，以古讽今，古为今用，用史学作为特殊的战斗武器，抨击、 揭露汉奸的卖国行为，宣传、褒扬爱国之心，不屈之志，为国家、民族鼓与呼。这些思 想特点在抗战时期的著述中可以一一得到印证。
    《辑覆》即《旧五代史辑本发覆》一书。《旧五代史》是薛居正所撰，成书后80年， 欧阳修又写成《五代史记》，即后世所称《新五代史》。欧阳修是文章大家，文笔简要 。所以《新五代史》面世后，读《旧五代史》的人日渐减少，以至于此书日渐散佚，自 明中叶以后到清乾隆约200年间，很少有人提及见过此书。乾隆朝修《四库全书》时， 从《永乐大典》中辑录《旧五代史》材料得原书十之八九，又用《册府元龟》等书补阙 ，成为廿四史中今本《旧五代史》。严格意义来说，该本应名《旧五代史辑本》。清代 的“文字狱”非常厉害，乾隆朝的四库馆臣在辑录该书时怕犯时忌，例将书中胡虏、夷 狄、犬戎等易犯嫌忌的字句尽数删改，甚至不惜整段换易文字，以求平安。因此《辑本 》既非全文，又经篡夺删改，自然与原本相差甚多。
    为还《旧五代史》的本来面目，陈垣先生搜集《册府元龟》等书，与《辑本》对校， 校出当时因犯忌而篡改者几百条之多，选出其中194条，写成《旧五代史辑本发覆》。 全书共分为三卷，卷一包括：忌虏第一；卷二包括：忌戎第二、忌胡第三、忌夷狄第四 、忌犬戎第五；卷三包括：忌蕃忌酋第六、忌伪忌贼第七、忌犯阙第八、忌汉第九、杂 忌第十。陈垣用极大的功夫写这本书，的确与时局变化有关。北平沦陷后，7月30日就 成立了傀儡组织“北平维持会”。敌伪分子一直动陈垣的心事，想拉他出去做事，装潢 “中日亲善”的门面。一会儿要他参加“东洋史地学会”（名义上是学术团体，实际上 是汉奸组织），遭陈垣拒绝；一会儿又要他担任敌伪最高文化团体--大东亚文化同盟 会会长，也遭到陈垣坚拒。陈垣身为辅仁大学校长，却为自己立下“杜门谢客，不见生 人”的规矩。但是日伪接管了一切行政机构，出版审查制度专横森严，实事求是地撰文 写书，谈何容易！故《发覆》最后有《论》说“呜呼，四库馆之开，清之据中国百三十 年矣，士大夫之心理仍若此，此其故亦耐人寻思哉！”这是说怀念故国之心历久不息， 耐人思忖；同时也表达了“君子观人心之未亡，而知国事尚有可为”（注：陈垣：《励 耘书屋丛刻》（中），第1494页，北京师范大学出版社1982版。）的想法。日寇虽占领中 国，但中国人心未亡，地火奔突，国事恢复是肯定的。抗战八年，陈垣抱定这个念头， 坚持在敌后。这本书也是他抗战时期的第一部著作，“成于1937年，为表示此书是抗战 前所写，因此倒填年月，作1937年7月成书，盖亦为避‘时忌’之策”（注：刘乃和：《 陈垣先生在抗战时期》，《史学史研究》，1995年第3期。）。
    二
    《佛考》，即《明季滇黔佛教考》。在这本书中，“陈先生著作的文风开始有很大变 化。”（注：柴德赓：《陈垣先生的学识》，《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49 、2页，生活·读书·新知三联书店1982版。）前此，陈垣写《汤若望与木陈忞》时， 发现许多和尚的语录。这些和尚多为明末清初有爱国思想之人，大多到过西南，语录很 多都是记录明末清初西南抗清斗争的事，或是记政治，或是记与政治有关的人。当时中 国抗战的情形是蒋介石步步退让，从东南退到西南。陈垣觉得有必要，也有勇气来研究 这个问题。《佛考》分为六卷，卷一：明以前滇黔佛教第一、明季滇南高僧辈出第二、 明季黔南传灯鼎盛第三、滇黔僧多蜀籍第四；卷二：法门之纷争第五、静室之繁殖及僧 徒生活第六、藏经之遍布及僧徒撰述第七；卷三：僧徒之外学第八、读书僧寺之风习第 九、士大夫之惮悦及出家第十；卷四：僧徒拓殖本领第十一、僧徒开山神话第十二、深 山之禅迹与僧栖第十三；卷五：遗民之逃禅第十四、遗民之禅侣第十五；卷六：释氏之 有教无类第十六、乱世与宗教信仰第十七、永历时寺院之保护与修建之十八。内容主要 叙述明末清初云贵两省佛教的发展，及明末知识分子怀念故国，抗敌不仕的精神，全书 以第十、第十五两节份量最重。