陈垣在学术界朋友甚多，他的著作在日本的学术界也很有声望。日本研究元史的学者 ，对陈垣钦佩得很，他们承认《元西域人华化考》《元也里可温考》两本书日本人是搞 不出来的。但是抗战一爆发，陈垣立即与他们断绝往来，态度坚决。日本的报纸曾提出 这样的问题：“听说北京秩序已经恢复，我们在那里与支那人关系很密切，合作得很好 ，但是，为什么像陈垣这种人不和我们合作呢？”（注：柴德赓：《陈垣先生的学识》， 《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49、2页，生活·读书·新知三联书店1982版。） 陈垣一直认为宗教与政治不能无关。《佛考》“之着眼处不在佛教本身，而在佛教与 士大夫遗民之关系，及佛教与地方开辟、文化发展之关系。若专就佛教言佛教，则不好 佛者无读此书之必要。惟不专言佛教，故凡读史者皆不可不一读此文也。”（注：陈智 超：《陈垣来往书信集》，第655页，上海古籍出版社1990版。）作为一本史学名著，19 57年重印时，陈垣先生为它写了《重印后记》，再次阐明此书“所言虽系明季滇黔佛教 之盛，遗民逃禅之众，及僧徒拓殖本领，其实所欲表彰者乃明末遗民之爱国精神、民族 气节，不徒佛教史迹而已”。作为陈垣的知音，陈寅恪在该书初版序中就精辟地指出： “虽曰宗教史，未尝不可作政治史读也。”
    《诤记》即《清初僧诤记》。1941年1月发表于《辅仁学志》第九卷第二期，这也是一 部宗教史著作，实际上是写清初东南一带人民抗清斗争的历史。全书分为三卷，卷一“ 济洞之诤”包括：五灯严统诤、晦山天王碑诤、五灯全书诤；卷二“天童派之诤”包括 ：天童塔铭诤、密云弥布扁诤、灵岩树泉集诤、牧云五论诤；卷三“新旧势力之诤”包 括：云门雪峤塔诤、平阳御书楼诤、善权常住诤。全书着力叙述东南法门中故国派与新 潮派之间的矛盾，虽为“门户之争”，实际上是民族斗争在宗教内部宗派斗争上的反映 ，是不同的政治趋向之争。书中借抨击明亡后变节仕敌之僧人，影射沦陷区媚事“新朝 ”的汉奸，和《明季滇黔佛教考》一书中表彰明末遗民民族气节之意旨恰形成鲜明对照 。
    书中解决的两个重要问题对生活在日寇统治下的人民很有教育意义。一是弄清了黄宗 羲为什么不愿意做和尚的原因。在清初，有很多人为了不愿做清朝的顺民，宁可为做和 尚而剃头。但黄宗羲坚持不出家，不做和尚，这是为什么呢？原来当时庙中都保存有一 块牌子，上面写着“当今皇上万岁万万岁”。和尚每天都必须对此朝拜。而当今皇上就 是清朝统治者，这岂不是天天要向清朝统治者叩头吗？这就是黄宗羲不愿做和尚的原因 。过去一直不清楚，到抗战时候那就看得很清楚了。
    二是解决了什么是“投降”的问题。清初，清廷统治者规定人人剃头，做它的顺民。 这样剃了头是否就算是投降了敌人呢？不能算！因为这是被迫的，虽然也是耻辱，但还可 以原谅。如果出去做官，那就是主动向清廷投降，是汉奸。这问题是为在抗战时期沦陷 区要划清界限而提出来的。在沦陷区中受耻辱的事很多，如打手印、领良民证等，但这 些都是被迫的，不能算是投降。凡是在敌伪大学教书、在敌伪机关工作的，那就是汉奸 。《清初僧诤记》不仅解决了历史上的问题，也解决了现实中的问题（注：柴德赓：《 陈垣先生的学识》，《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49、2页，生活·读书·新 知三联书店1982版。）。
    陈垣看到1941年6月以汉奸头子汪精卫为首，带领南北伪政权高级汉奸组成的朝拜团， “结队渡海”赴侵略国日本朝拜天皇，乞求日本订立了《共同声明》，乞求天皇“援助 、贷款”的消息。敌伪的报纸对诸汉奸此行大肆鼓噪宣传、吹嘘“成功！”汪精卫等人 自然不以为耻，反以为荣，对外卖国，对沦陷区内的百姓更加巧取豪夺，有恃无恐。陈 垣气愤已极，有感于古今汉奸的嘴脸何其相似乃尔！遂写成《诤记》一书，教育人民以 史为鉴，爱国抗日。
    《道考》即《南宋初河北新道教考》一书，共四卷。卷一“全真篇上”包括：全真教 之起源第一、教徒之制行第二、杀盗之消除第三、士流之结纳第四、藏经之刊行第五、 教史之编纂第六；卷二“全真教篇下”包括：人民之信服第七、妇女之归依第八、官府 之猜疑第九、焚经之厄运第十、末流之贵盛第十一、元遗山之批评第十二；卷三“大道 篇”包括：大道教之起源及戒目第一、五祖郦希成八祖岳德文之道行第二、九祖张清志 之高风第三、九祖十一祖迭出之稽疑第四、大道教宫观一斑第五；卷四“太一篇”包括 ：太一教之起源第一、二祖萧道熙三祖萧志冲之道行第二、四祖萧辅道之重望第三、五 祖李居寿之宠遇第四、六七祖传授之推测第五、太一教人物一斑第六。1941年底作为《 辅仁大学丛书》第八种，首次出版。
    陈垣早在30年前就开始积蓄道教方面的材料。他除了备有《道藏》外，还收集到道家 碑拓千余通，写过《道家金石略》，此书自汉迄明，按朝代编纂，有百卷之多，是重要 的道教史料。抗战开始，身处铁蹄之下的陈垣想到：我们生活在异族统治下，思想很苦 闷，简直活不下去。那么宋亡于金后，淮水以北的人民是如何生活的？他们的思想又是 如何？（注：柴德赓：《陈垣先生的学识》，《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49、 2页，生活·读书·新知三联书店1982版。）这段历史过去少有人注意，及“河北各地相 继沦陷，作者亦备受迫害。有感于宋金及宋元时事，觉此所谓道家者皆类抗节不仕之遗 民，岂可以其为道教而忽之也。因发愤为著此书，阐明其隐。”（注：刘乃和等：《陈 垣年谱配图长编》，第546、460、462、461、491页，辽海出版社2000版。）根据收集的 材料，陈垣发现南宋北方有四种道教：一是江西龙虎山的正一教，这是张天师传下来的 老牌道教。另外在三个地区产生了三种新道教：全真教、大道教、太一教。这都是在北 宋末、南宋初先后形成的。三教教主原来是北宋的一班读书人，为反抗金人统治，宁可 自谋生活，也不愿做金人的官。他们以出外讲学的方式反抗金朝，流布学问思想之际， 还医病济世，很受北方群众欢迎，亡国的时间一长，息息相通者“团结训练”，有了气 象，便逐渐形成了三种新道教。
    《道考》与《佛考》《诤记》是陈垣先生在国难期间撰写的“宗教三书”，历久弥新 ，誉满史坛。撰写《道考》时，陈垣已经61岁，三月份开题后随即生病，至六月底书稿 过半，虽目力不济，感叹“不耐久视，最苦人也”。然而并不松懈，仍不避酷暑，计日 程功。“盖作者目击事变之方殷，不觉有感于中，乃发愤而抒发前人幽隐之衷曲，表暴 当时不白之心情”的缘故。陈垣深知“历史家之责任，贵在叙述正确之事实，而尤贵传 达真切之心情；内在心理之真盖尤重于外表事实之真。真实为过去陈迹，心理则现前活 在，永远流动于吾民族血脉之中，此历史之可贵也。”（注：刘乃和等：《陈垣年谱配 图长编》，第546、460、462、461、491页，辽海出版社2000版。）
    陈垣先生是著名的宗教史专家，“他对于中国宗教史研究开拓了新的领域。”（注：柴 德赓：《陈垣先生的学识》，《励耘书屋问学记》，第40-43、48、49、2页，生活· 读书·新知三联书店1982版。）《道考》书出，当时学人即有定评：认为“三道教有史 ，自先生始。”并称是书有不可及者三：“一曰真积力久，二曰心解神契，三曰诠叙有 方。”真积力久是指长期积累，考订史料之功力；心解神契，指知人论世，善解古人之 意；诠叙有方是说全书结构匀称，材料驾驭得当。又“尤服先生议论之正也。真积力久 是学，心解神契是识，诠叙有方是才，议论正则德也。”（注：刘乃和等：《陈垣年谱 配图长编》，第546、460、462、461、491页，辽海出版社2000版。）陈垣先生的学、识 、才、德在治宗教史时确实得到了充分地反映。