然而实事求是地讲，目前的古史研究也存在若干突出的问题。其主要表现在以下几个方面：
    （一）缺乏实事求是的科学态度。古史研究同其它学科的研究一样，应有实事求是的科学态度，运用历史唯物主义的历史研究，必须反对“极其混乱和武断的见解”，而应“为一种极其完整严密的科学理论所代替”[19]（p443）。恩格斯也曾说：“即使只是在一个单独的历史实例上发展唯物主义的观点，也是一项要求多年冷静钻研的科学工作……说空话是无济于事的，只有靠大量的、批判地审查过的、充分地掌握了的历史资料，才能解决这样的任务”[20]（p118）。这告诉我们，古史研究必需在正确的理论指导下，凭客观存在的事实详细地占有材料，并注意对材料进行科学的批判。总之，古史研究应当具有实事求是的科学态度。
    我国古代作史，一向有着实事求是的优良传统。古人称司马迁“有良史之才，服其善叙事理，辨而不华，质而不俚，其文直，其事核，不虚美，不隐恶，故谓之实录”。[21]司马迁作《五帝本纪》时即深感材料不足，认为“百家言黄帝，其文不雅驯，荐绅先生难言之”[22]。在此种情况下，他根据其所掌握的材料，“择其言尤雅者”[22]并辅之以亲身的实地调查，勉强编写出《五帝本纪》。司马迁的本意是试图提供一些较为可靠的线索，甚至是自相矛盾的线索，供后人作实事求是的分析。司马迁的这种实事求是的科学态度显然是可取的。20世纪20年代，以顾颉刚为代表的古史辨派学者自觉运用科学批判的方法，给两千多年来的封建史学体系以致命的打击，这在中国近代学术史上确有划时代的意义。然而近年来古史研究中却存在一种流弊。有的以“古史专家”或“历史地理学家“自诩的所谓“名学者”，抱着将中国古代文明史极力向前拉的一腔“爱国热忱”，连司马迁都不相信的远古时代的传说人物，一概视为可靠的历史人物，对其族属、地望、世系、年代重新定位，并用大量晚出的甚至毫不相涉的材料去附会古史，轻易武断地提出黄帝、尧、舜、禹为女人，古秦、楚同源，夏族源于雅鲁藏布江等奇谈怪论。梁启超在论述史家的“四长”时曾将史家最常犯的毛病归纳为夸大、附会、武断三种。[9]（p157～159）以上三种毛病不仅以上那些同史学隔行如隔山的“名学者”容易犯，在学风浮躁的今天，在许多专业史学工作者身上也有体现。有的学者读到《史记·秦本纪》“女华生大费”，便断言：“大费在今山东费县。”读到《诗·商颂·长发》“相土烈烈，海外有截”，就断言“此时的海外，说不定就是辽东或朝鲜半岛”。更有学者无视已有的文献和考古材料，提出“禹都阳城即濮阳”，或武断地讲，“周公奔楚即周公居东，周公东征”。凡此均表明，目前的古史研究中的确尚存在缺乏实事求是的科学严肃态度。
    （二）治史方法过于单一。自从王国维倡导二重证据法之后，徐中舒自觉采用古史多重证法，将已有的文献材料和考古材料以及作为人类历史活化石的民族学材料有机地结合起来，从而大大提高了古史研究的科学性。然而就目前古史学界的研究状况看，这种古文多重证法并未受到学术界的普遍重视。有的考古工作者或根本不相信文献记载，认为只有考古材料才是真实可信的，或对晚出的文献材料不进行一番科学的分析，随便拿出乱用，凭想象地拿《禹贡》解释夏史，用《商颂》论证商史，用《周礼》解释西周时期的制度，用《管子》去套春秋时期的社会。与此相反，有的古史工作者则始终未能摆脱传统的从文献到文献的治史方法，甚或认为考古资料为哑材料，无法深入研究，或不顾考古发现的客观实际与古文字学的研究成果，不借鉴文化人类学、历史地理学等新兴学科的方法理论，执着于古史旧说，未敢向前迈出一步。如西周青铜器铭文资料表明，周初对齐、鲁、燕的分封当在周公东征之后的成王之世，有的学者由于对《史记·周本纪》及诸世家的记载深信不疑，或用徙封之说去加以附会，更有甚者则从根本上否定青铜器铭文的真实可靠性。如此由于人为地割裂古文献资料和考古学资料之间的有机联系，因而往往容易将复杂的历史问题简单化，从而大大降低了古史研究的科学性。
    （三）研究领域过于狭窄。新中国成立之初，中国古史学界集中讨论了一些理论性问题，与此同时，古史研究也多集中于古史分期、亚细亚生产方式、土地制度与阶级关系等几个狭窄的领域内，古史研究过程中重宏观研究忽略微观研究的不良倾向一直影响至今。就20世纪80年代以来古史研究的情况看，虽然中国文明起源、夏商周断代等问题以及作为古史分支学科的先秦礼俗史、民族史、社会史的研究已开始引起古史学界的重视，但从已有的研究成果看，其中诸多问题的研究才刚刚起步，且存在众多薄弱之处。同时还有更多研究领域如先秦科技史、灾害史、交通史、人口史等则几为空白，有待古史专家去积极地开拓。
    20世纪已经成为历史，新的世纪已经来临。在回顾20世纪中国古史研究的发展道路的基础上，探索新世纪中国古史研究的走向，这是众多历史学家所共同关心并值得认真思考的问题。在此略陈管见，分别述之如下：
    （一）微观研究更应受到重视。长期以来由于古史研究过程中形成的重宏观研究，轻微观研究的不良倾向，加上治史研究缺乏实事求是的科学严肃态度，古史学界对先秦史领域中诸多微观问题并未进行深入细致的研究，从史料分析到马克思主义理论的领会，见仁见智，莫衷一是。徐中舒曾指出，“如果能够把每一个局部的历史问题加以研究解决，一个全面的科学的古史体系才能建立在坚实的基础上”，并一再强调宏观研究与微观研究“二者并重，结合起来是十分必要的”。[23]尤其随着考古学不断获得突飞猛进的发展，大量新材料的出土不断丰富着颇为贫乏的古史资料，在此基础上古史专家倒真应回过头来冷静地思考和分析一些具体而细微的历史问题，扎扎实实地做一些基础性工作，必要的辨伪、考证工作应继续深入地进行下去，从而为建构起全新的古史体系作出贡献。