抗日战争时期，国民党统治者为适应战争的需要，对其政府组织形式及人员进行了一系列调整。在中央，建立起高度集权化的权力结构，实行以军事为中心的党政军一元化领导；在地方，实行党政联合的原则，加强地方党政军一体化的领导。虽然这种权力构成有利于统一的综合决策，但其终究与民主潮流相背，与整个社会相对立，注定了国民党统治的失败。
    一、蒋介石集党政军三种权力于一身
    抗日战争开始后，中国处于战争状态，在战争中，国家权力需要高度的权威，迅速的集中，高度的灵活性。然而，国民党恰恰利用这个特殊的环境，借口“适应非常时期所需”，通过合法的手续将党政军三权集于一身，进一步强化了蒋介石的个人独裁。
    1.国民党内对蒋介石领袖地位的确认--国民党总裁制的建立
    1924年国民党第一次全国代表大会决定中央采取委员会制，即合议制，“兼用总理制”，总理一职是专为孙中山而设的。孙中山逝世后，国民党不再设总理，实行单一的委员会制。当时蒋介石在国民党内虽已取得了最高领导地位，常常实权超过职务，个人超越组织，但在制度上仍维系着委员合议制的形式。
    抗日战争开始后，客观上产生了集中指挥权能的要求。1938年春，国民党临时全国代表大会开始建构适应战争需要的高度集权体制，大会决议“确定领袖制度”为改进党务并调整党政关系的原则，“在制度上明确规定全党之领袖，俾此革命集团有一稳固之重心”（注：荣孟源主编：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下册，光明日报出版社，1985年，第476页。）。为此，大会修改党章，在总章第四章“总理”之后，加一章：“第五章总裁”。其中规定设总裁1人，副总裁1人，由全国代表大会选举。“总裁代行第四章所规定总理这职权”（注：荣孟源主编：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下册，光明日报出版社，1985年，第484页。）。大会选举蒋介石任总裁，汪精卫为副总裁。
    总裁具有孙中山所任总理的同等权力--对中央执行委员会的决策有最后决定权，成为凌驾于国民党中央之上的最高领袖。国民党“常务委员会，为本党决议党政大计之中央干部。在中央执行委员会全体会议闭会期间，执行职务，对总裁负其责任”，“中央执行委员会，设秘书长一人，为专任职，由总裁提经中央执行委员会任命之，承总裁之命令，与中央执行会或常务委员会之决议，总揽一切事务”（注：《革命文献》第793辑，第113页。）。常务委员会对总裁“负其责任”就成了秉承总裁意志行事的一个集体，而不象战前采取了以少数服从多数为原则的集体领导。这表明国民党中央不再是个人服从委员会集体，而相反，常委这个集体要服从作为最高领袖的总裁。并且，由于执委秘书长由总裁提名并“承总裁之命……总揽一切事务”，秘书长成为总裁之私人秘书，只对总裁个人负责；各部正副部长，委员会主任由总裁提名，使总裁可以合法安排班底。由此完全可以说，国民党中央实际上成了执行蒋总裁个人意志的合法工具。
    2.国民党中央授予军事委员长最高指挥之权
    早在1932年，蒋介石就担任全国最高军事机关国民政府军事委员会委员长的职务。抗日战争开始后，国民政府授权军事委员会执行国民政府组织法第三条规定的“统率陆海空军”的职权，并指挥全民，负国防全责。国民党中央“一面成立国防会议，以为战时最高决策机关，一面授权军事委员会委员长，对于党政统一指挥”。（注：荣孟源主编：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下册，光明日报出版社，1985年，第479页。）1937年八一三前一日，国防最高会议及党政联席会议决定报蒋介石为陆海空军总司令，以军事委员会为最高统帅部。8月27日，国民党中央常务委员会授权军事委员会委员长蒋介石组织大本营，以蒋介石为陆海空军大元帅。后因“蒋公不许可，谓未经宣战不必另设名目”（注：《陈布雷回忆录》第123页，台湾传记文学出版社，1967年。），大本营之议取消，改为由国民政府军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权委员长对于党政统一指挥，这样，军事委员会就成了完全按委员长个人意志行事的机构。
    随着军事委员会地位的变化，其权力也随之扩张。扩张后的军事委员会的实际权力掌握在作为委员长的蒋介石手中。若把战前和战后的军事委员会作一比较的话，很容易看出，军事委员会发生了三方面变化。第一，军事委员会委员长职权的加重。1932年成立的军事委员会设委员长1人，常务委员3人至5人。军令事项，由委员长负责执行。其他职掌事项，由委员长召集常务委会或委员以会议形式讨论决定后，交主管部办理。抗战开始后，军事委员会取消了常委，只设委员长1人，由陆海空军大元帅兼任，行使国民政府组织法第三条之职权，负国防全责。军事委员会委员赞襄委员长筹议国防军事事项，并非共同议事关系。第二，军事委员会下属机构的增多。战前军事委员会非常重要，享有与五院平等的地位，但其职能与机构是很有限度的，只有为执行其正常军事职责参议所需的机构。而参谋本部、训练总监部和军事参议院等虽受它监督，却是单独组织，不受其直接辖制，军政部则为行政院的一个部门。但抗日战争爆发后，军事委员会之下组织了几大行政部门，不仅有军令部、政训部、政治部，而且有新闻检查局、运输部和重、轻工业部，其机构较之国民政府其他直属机关都庞大。这表明军事委员会已包揽部分行政部门的基本权力，并且，军政部成为一个双重组织，既是军事委员会的一个部门，又是行政院的一个部门。同时军事委员会还有若干直属单位。这样，政府的行政权力受到了军事委员会的剥离，促成了国家权力的逐步集中，尤其是蒋介石个人权力的日益集中。第三，军事委员会职权范围的扩大。由全国军事最高机关，变为“统辖全国军民作战”的大本营，职掌军令、军训、军法、海军、后勤、空军、抚恤、全国陆海空军人事铨叙考绩及奖惩、部队政治训练、、政治宣传及民众的军事训练，兼掌军政（注：转引陈瑞云著：《现代中国政府》，吉林文史出版社，1998年版，第259页。）。蒋介石还设立了军事委员会委员长侍从室，分三个处。侍从室的核心第一处第二组和第二处第四组包揽了中央和地方党政军一切机要事务。前者的业务包括军事行政、作战指挥、军需后勤等有关军事的一切领域。后者“主管政治、党务、秘书业务”、管辖范围“包括行政院所属各部会署，国防最高委员会和国民党中央执行委员会……以及中统局特务组织等”，并负责处理各省市地方政府“向蒋请示汇报的文电”（注：鸿鸣：《蒋家王朝》，农村读物出版社，1988年版，第140页。）。侍从室俨然是皇帝的内廷。