这样，国民政府军事委员会在抗战时期就发展成为国民政府中地位最高，权势最重的单位。规定它直属于国民政府，实际上权力比国民政府大得多。它的大权集中于蒋委员长手中。
    3.国民政府主席职权的加强
    1943年8月，位尊职虚，“恬静守法”的国民政府主席林森逝世，国民党中常委临时会议决定选任蒋介石代理国民政府主席。同年9月，五届十一中全会对《国民政府组织法》作了重大修改。规定国民政府主席为中华民国元首，对外代表中华民国，为陆海空军大元帅。将原组织法中主席“不负实际政治责任”、“不得兼其他官职”的规定删除。主席任期原为2年，得连任1次，改为主席任期3年，连选得连任，宪法实施后，总统就任时才行解职。同时还规定五院在国民政府主席领导下“分别行使”五种治权，五院院长、副院长由国民政府主席从国民政府委员中提请国民党中央执行委员会负责，五院长对国民政府主席负责，取消原组织法中五院“独立行使”五种治权、各自对国民党中央执行委员会负责的规定。此外，国民政府发布命令、公布法律，由国民政府主席署名，关系院院长副署。由于院长选任须主席“提请”，院长副署无实际意义。
    经过这次权力结构的调整，使担任国民政府主席的蒋介石不仅拥有对政府五院最高行政长官的实际任免权，而且有对政府法律、命令的公布生效权。其权力不亚于总统制国家的总统，却没有国会的制约。
    至此，国家党政军最高领导职务归于一人的最后一步宣告完成，蒋介石登上了三重权力金字塔的顶峰。
    二、国防最高委员会作为战时负有直接政治责任的最高统帅机构，融党政军大权为一体
    抗日战争时期，国家权力迅速集中，这种高度集权的中央权力结构体现在国家机关中是国防最高委员会的设置。国防最高委员会的设置及职权的规定，从法制上确立和保证了中中央党政军大权的高度集中和统一，从而也使蒋介石以手令指挥党、政、军这种权力行使的非程序化方式更加合法化，个人独裁达到最高峰。
    1.国防最高委员会的设置
    国防最高委员会是由最初的国防会议衍化而来的。1936年7月，在国民党五届二中全会上，为整顿国防，特设国防会议，制定了《国防会议条例》（注：《国防会议条例》，《革命文献》第79辑。）。实际上国防会议并未举行，仅是国民党表示抗日的一种姿态。
    1937年3月，国民党五届三中全会决议交由中政会参考前例，重设国防委员会。同年8月，中政会决定撤销国防会议和国防委员会，另行设立国防最高会议。国防最高会议以军事委员会委员长为主席，中政会主席为副主席，成员由党、政、军最高层主管组成。
    至此，国民党领袖已取得权力金字塔最高层的地位，但在制度上和法律程序上仍然没有一个能驾驭一切的机关。故1939年1月国民党五届五中全会决定改组国防最高会议为国防最高委员会。全会通过《国防最高委员会组织大纲》。其中规定：“中央执行委员会于抗战期间设置国防最高委员会，统一党政军之指挥，并代行中央政治会议之职权。”（注：杭州党史学会编《中国国民党历次会议宣言及决议案》，第2册，第475页。）国防最高委员会设委员长1人，由国民党总裁即蒋介石担任。委员以国民党中央执行委员会常委、中央监察委员会常委、国民政府五院正副院长、军事委员会及由国防最高委员会委员长提出经国民党中常会通过的人员组成。由委员长从委员中指定11人为常委。
    国防最高委员会除设委员、常委以外，还设若干执行委员，其人选为国民党中央党部秘书长，各部、会长；国民政府文官长，行政院秘书长和各部、会长；军事委员会正副参谋总长，各部、会主管；战地党政委员会和总动员委员会正副主任。执行委员在各自职责范围内负责执行国防最高委员会的决议。由此可见，国防最高委员会不仅是一个决策机关，而且还是一个执行机关，是决策与执行相统一的机关。
    2.国防最高委员会的职权
    1）国防最高委员会代行中央政治会议的职权
    国民党对国民政府的最高指导机关是中央政治委员会。中政会的职权具体包括：第一，讨论、决议建国纲领，决定训政的根本大计。国民党第三次全国代表大会通过的《确定训政时期党、政府、人民行使权、治权之分际及方略案》中规定：“决定县自治制度之一切原则，及训政之根本政策与大计，由中国国民党中央执行委员会政治会议行之。”第二，讨论、决议施政方针。如内政、外交、司法、教育、实业等，由中政会决定方针，交国民政府执行。第三，讨论、决议军事大计。如国防建设，重要军事策略，军事实施方针等。第四，讨论、决议财政计划。如发行公债，确定税率，国家总概算核定及其他财政政策等。第五，政府重要官吏人选的讨论和决议。其范围主要有国民政府主席及委员，各院院长、副院长及委员，及特任、特派官吏之人选。第六，讨论、决议立法原则。国民政府最高立法机关立法院，根据中政会决议的立法原则起草法规条文。立法院不能变更中政会通过的立法原则：中政会对立法院通过的法律案，可用决议的方式提出修正或复议。除立法原则外，中政会还可直接提出和通过法律案。抗战爆发后，这一机关由于“组织庞大，事实上已不召集”（注：钱端升等《民国政制史》上册，第210页。），而国防最高会议成员中则包括了“中政会”的主要委员，于是国民党中常委在1937年11月的第59次会议议决政治委员会停止开会，其职权交国防最高会议代行。国防最高委员会成立后，《国防最高委员会组织大纲》中明确规定“中央执行委员会于抗战期间设置国防最高委员会，统一党政军之指挥，并代行中央政治会议之职权。”这样，国防最高委员会就具有了中政会指导、监督国民政府的最高权力。