在以明治维新为发端的日本近代文化运动初期，儒学尽管遭到了维新政治家和思想家的大力批判，但是并未因此而全面崩溃。相反，西方文化思想的蜂拥而至，极大地刺激了一批极力维护皇权的知识分子，使得国粹主义情感在他们内心日益膨胀。另一方面，日本的近代文化运动是一场自上而下的运动，从一开始就是在天皇制政体下进行的，而且借用了天皇制度下的政治力量，因此，其出发点首先是维护皇权而不是民权。随着日本近代文化运动的发展，对自由民权的追求已经危及到这个根本的出发点。这时，在本质上与天皇利益保持一致的国粹主义者再度把曾经遭到鞭笞的儒学抬升为国家意识形态，使之作为御用思想重新发挥巩固天皇神权的作用。1879年（明治12年），明治天皇颁布《教学大旨》，将儒学作为立身之本，将科学知识作为器用之末，号召以仁义忠孝作为国民道德的核心。1890年（明治23年），明治天皇再次颁布了被尊为“圣旨”的《教育敕语》，明确要求恢复传统日本儒学的价值观念和道德伦理，目的就是要加强统治、巩固皇权。这样，近代日本儒学在天皇制政体的扶植下，与国粹主义直接合流，并进而服务于为谋求皇权与国权的最大利益而产生的“扩张国权”的政治、军事欲求。严绍{K5R518.JPG}教授曾经指出：“日本儒学在近代化中的复苏和发达，是日本自明治维新起80年间，未能建成近代民主型国家的重要的根由，并且架起了在20世纪初迅速向法西斯军国主义发展的桥梁。”[9]
    日本的战败成为对天皇神权的最严重的打击。1946年1月“万世一系”的第124代天皇裕仁发表《人间宣言》，在日本历史上首次放弃了神格而承认人格。但是，天皇的绝对权威并未受到根本的撼动，皇国史观也从未受到彻底的清理。即使有了天皇本人的自白，即使仅以科学常识也能断言天皇是人而不是神，却仍然有身为大学教授的日本学者把树立了天皇神权的神话传说看作信史。[10] 甚至有很长时间大学里为了不亵渎“神国”的国体而不准讲授神话学。[11] 而且，日本的投降从严格意义上讲并不是完全无条件的，而是在不追究天皇战争罪责和保留“象征天皇制”条件下的投降。实际上，“象征天皇制”在战后仍然实行着有效的政治统治。日本内阁成员参拜靖国神社也是皇国史观沉渣泛起的标志，因为“支撑象征天皇制的情感结构的其实就是靖国神社”[12] 1945年11月，裕仁天皇在宣布脱离神格之前参拜了靖国神社，把自“九一八事变”到日本投降期间战死的250万日本人一起作为“英灵”加以祭祀，通过这一行为，“把250万死者的遗属的悲哀转化成似乎沐浴着神的光辉的欣悦”，“换来了战后日本的象征天皇制的权威性”。[13]
    第二，日本儒学进一步抑制了中国儒学中本来就不甚发达的抽象的理性思维，吸取并拓展了社会实用功能。因此，比之中国儒学，日本儒学具有非理性且重实用的特点，其哲理思辨色彩十分淡薄，而政治伦理色彩却更加浓重，与国家政治的结合也尤为紧密。这就为日本历史上国家政权的操控者最大限度地利用儒学中的尊卑秩序来控制民意、推行国策，打下了牢固的基础，提供了便利的条件。
    儒家思想进入日本社会后，首先参与了日本的政治，成为日本古代律令制国家体制建设中的活跃因子。公元604年，圣德太子（574-622）制定了日本历史上最早的成文法《十七条宪法》，列出朝廷大臣应遵守的规则共计21项，其中有19项都源自中国的儒家典籍。日本早期儒学的影响集中于立国治民的政治理论层面，主要为统治阶级的皇室成员和贵族知识分子所接纳和提倡。可以说，日本儒学自始至终都承担着发挥政治功能的作用。而神道思想的现实功能性，又进一步使得与之结合的日本儒学与国家的现实利益之间，保持着极为紧密的关系，最终沦为民族主义和国家主义的代言理论。
    日本儒学的政治伦理性质在武士阶层统治的时代得到了极大发展。镰仓幕府的成立，标志着武士作为重要的社会阶级的崛起和自立。此后一直到江户时代的漫长历史阶段，国家的政权和意识形态的统治权都掌握在武士阶层手中。武家统治者在想方设法巩固自己统治地位的过程中，从中国儒家的朱子学说那里挖掘出了符合武士本位的理论--严格的阶位等级制度。中国儒学所强调的长幼尊卑的秩序，恰好符合了武家政权的利益，所以被日本儒学全面接受并严格落实为社会制度和行为规范，最充分地发挥着实用功能。德川幕府时代，朱子学说已被尊为“国家学术”、“官方哲学”，因为德川幕府本来就是在将军武士的征伐之中建立起来的政权，它必然要借助阶位等级制度来维护下不犯上的统治秩序。藤原惺窝就曾以宋明理学的“理一分殊”理论来说明封建等级制度的合理性，提倡君臣各尽其责、各守其职。毕生服务于幕藩统治的林罗山则模仿朱熹的《资治通鉴纲目》编撰了《本朝编年》，宣扬“上下定分而君有君道，父有父道。为臣而忠，为子而孝，其尊卑贵贱之位，古今不可乱”。[14] 时至今日，日本国民仍普遍承认自己处于“纵向社会”（たて社会）当中[15]，即亲子、师徒、领导与下属、前辈与后辈等纵向关系重于兄弟姐妹和朋友等横向关系。这种上下有别、内外有别、先后有别的等级意识正是从武士时代的等级制度延续下来的。
    近代日本儒学以儒家道德礼义为旗帜，试图建立一种理想的人伦秩序，其最终指向乃是天皇与臣民的上下关系，这样最有利于国民团结一致，共同拥护并倾力扩张至高无上的皇权与国权。1882年，明治天皇亲自向军卿颁布了《军人敕语》，宣称“我国军队世世代代均由天皇统帅”，“朕为汝等军人大元帅，故朕赖汝等为股肱，汝等仰联为首脑”。自神武天皇以来的日本军队宣扬这些说教都是在强调天皇与军人的主从关系和上下等级，其直接结论就是军人必须绝对服从天皇的命令。脱胎于中国儒学的等级制度，在服务于武士阶层之后，又开始服务于军国主义。
    第三，日本儒学不同于中国儒学以“孝”为本、扩而为“忠”的基本道德，它按照自身需要将中国儒学变异成为以“忠”为本的武士道德，提倡观念上的绝对忠诚，使“忠”远远凌驾于“孝”之上。