中国文明的成熟早于日本，中国儒学是建立在氏族社会的血缘根基之上的，因此，它十分重视以血缘为纽带的实质的“家”，由此产生了对“孝”的推崇。而日本更重视以主从为基础的名分的“家”，因此更强调社会集团内部人为的等级秩序。所以，日本从古至今由非血缘关系的“养子”来继承家业的情况司空见惯。在中国，“孝”是“忠”的基础，也是“仁政”思想的渊源。《论语》云：“其为人也孝弟，而好犯上者鲜矣……君子务本，本立而道生。孝弟也者，其为仁之本与？”[16] 《孟子》道：“舜尽事亲之道，而瞽瞍底豫。瞽瞍底豫而天下化。”[17] 汉代“求忠臣于孝子之门”的“举孝廉”制度以及中国老百姓普遍认同的“百善孝为先”等等，都充分证明了“孝”的核心地位。
    但是，日本儒学把“忠”提升为一种绝对的行为准则，“孝”则滑落为“忠”的延伸，在这一点上与中国儒学的忠孝伦理观存在显著的差别。日本儒学号召人们在忠孝不可两全时舍孝而取忠。林罗山曾以战场的“阵勇”与“偷生”作比喻，指出为主人而奋战至死则大忠，亦大孝，若苟且偷生，则忠孝俱灭。[18] 这是典型的以“忠”为本的观念，它成为武家精神的理论支柱和武士道德的核心内容。正因如此，古代的武士才会“把生命看作臣事主君的手段”，[19] 为效忠主人而拼上身家性命，如今的职员也才会为公司的利益而不顾妻儿老小决绝自杀。了解了这样的思想根源，我们也就不难理解为什么二战期间许多日本军人把奔赴战场看作是无上荣耀的生命终结，不难理解为什么会出现神风敢死队的疯狂的自杀式进攻。就连日本最后的投降，也是奉天皇的“玉音放送”之命才举国接受。“忠”本身已成为价值和意义所在，成为人生目标和道德义务，因而是无条件的、绝对的。但在中国，人们认为“王侯将相宁有种乎”、“彼可取而代之”，对帝王的“忠”是有条件的、相对的。中国人伦关系的核心是“孝亲”，而日本社会秩序的基础却是“忠君”。日本学者武内义雄（1886-1966）指出：“相对于中国的五伦以家庭本位重孝，日本的五伦不同的是用国家主义来提倡忠孝一致，忠比孝更处其正”。[20] 在日本的历史进程中，无论朝代怎样更迭，从原始社会直到物质高度发达的现代社会，作为天照大神子孙的天皇系统却始终得以延续，中间未有异族异姓的介入，这其实与日本发达的忠君思想渊源甚深，同时又反过来加强了日本人对皇权神授的笃信。
    在战争认识问题上成为人们关注焦点的靖国神社，实际上是一个凝聚着日本忠君思想的重要标志。靖国神社建于1869年（明治2年），其目的就是为了追悼为天皇献身的军人（当时称“招魂社”）。因此，它不同于一般的承载传统文化的宗教设施，而是一个肩负着政治目的、宣扬忠于天皇思想的国家神道设施。
    以“忠”为本的武士道精神教育，在近代以来确立起了不以一己生命为重而以天皇国家为重的帝国军人的思想观念。东条英机等战犯在就刑前大喊“天皇陛下万岁”，就鲜明地反映出他们透彻骨髓的忠君思想。
    日本儒学在上述三方面的特点是相互关联、密不可分的。如今日本的右翼势力仍然在利用日本儒学这些互为表里的特点，希求从意识形态的层面左右国民对战争的认识。于是，在二战期间沦为军国主义精神支柱和宣传工具的日本儒学，在战后则顺理成章地成为右翼势力歪曲历史、推脱罪责的思想渊源和理论武器。如前所述，儒学与神道的结合大大加强了皇权神化的观念。而日本国民对天皇强烈的崇拜情感和敬畏态度，追根溯源，正是出自皇权神化观念。这种国民心理恰好成为民族主义、军国主义以及当今右翼势力实施其政治计划的最为便利的借口和条件。许多逃避战争责任、美化战争罪恶的行为都是在皇权神化观念的庇护之下，借助上下等级意识和“忠”的伦理思想而加以实施的。如，对所谓“东京审判史观”的批判和颠覆，将进步人士对侵略战争的反省说成“自虐史观”等等。
    近年来波澜不断的教科书问题，从某种意义来看，与明治时代儒学伦理旗帜下的《教育敕语》异曲同工，都是试图通过教育的途径控制国民的思想意识。安倍晋三出任首相之后，日本国会众议院在四个在野党集体缺席投票的情况下，仍于2006年11月16日强行表决通过了“教育基本法修正案”。“修正案”倡导“尊重传统和文化”、“热爱国家和乡土”，甚至还提出要由政府官僚，而不是教职员工来管理和决定学校教育。这种强制性的“爱国主义”教育，很容易令人联想起战前儒学“美德”包裹下的军国主义教育。这种种倒行逆施已经遭到了日本有识之士的反对。
    在日本的国旗问题上，非常典型地体现了皇权神化观念和忠君思想。同样是法西斯主义侵略国家，同样在二战中被正义的力量所击败，然而日本和德国在对待国旗的态度上却截然不同。二战期间，希特勒将有{K5R519.JPG}字图案的纳粹党旗作为德国国旗，这一旗帜成为暴力恐怖的象征。二战结束后，尽管先后成立的民主德国与联邦德国在国家体制和意识形态上存在巨大的分歧，但都永远废除了{K5R519.JPG}字国旗。而日本却不顾日之丸旗在二战期间沾染了无数无辜者的鲜血，最终将这面曾经作为日本侵略军标志、已具有军国主义象征意味的旗帜定为国旗。实际上，日之丸旗正是皇权神化的象征。日本自认为是“日出之国”，所谓“日本”就是日之本，亦即太阳出来的地方，这一称谓本身就蕴涵着以本民族为中心的国家主义意识。“天照大神”就是日本的太阳女神，其子孙世世代代统领着日本，显然，“日之丸”那一轮红日所辉映的正是被神化的皇权。
    任何一种文化的传递都是以“不正确理解”的形式进行的。当一种文化向另一种文化传递时，在其初级阶段，总是被最初的接受者根据自身的状态和需求加以理解和解释，接下来的阶段，在接受方强大的文化语境之中，原文化的一些组成成分便作为可利用的材料，经过加工、重塑而最终融入新的文化语境。因此，文化传递的内容完全取决于接受者的现实需要。这就是为什么中国的儒学，在经过西方启蒙主义者的解释之后，成为了启蒙文化中的活跃的理性因子，而经过日本德川时代儒学者的解释之后，却成为了江户意识形态的组成部分。由于儒学进入日本之后在与本土文化相融的过程中所发生的变异，其形态和内核都极为复杂。不可否认，在历史进程中，日本儒学对于日本社会文化的发展起到过积极的推动作用。但同时也必须看到，由于本土神道和武士道精神已深深渗透到日本儒学之中，甚至主宰了它的发展方向，使日本儒学日益与国家政治融为一体，成为统治阶级的意识形态。特别是在近代以后，日本儒学与民族主义、军国主义相结合，不仅在二战期间充当了对外扩张侵略的思想武器，而且在战后仍作为右翼势力掌控国民意识的一个有力工具，使“皇国史观”阴魂不散。而正是在“皇国史观”的支配下，军国主义的侵略战争被解释为“解放亚洲”的“大东亚圣战”，为侵略战争卖命则被粉饰为“效忠天皇”和“为国捐躯”。