8月26日，邓小平找胡乔木，专门商谈修改科学院汇报提纲问题。胡乔木谈了对提纲草案的意见，主要是提纲全文太长，思想性不够，文字陈旧等。邓小平说，耀邦、李昌他们的稿子涉及问题太多，不必要地太锋利，站不稳。这个文件很重要，要加强思想性，多说道理。但不要太尖锐，道理要站得住，攻不倒。邓小平要胡乔木同胡耀邦他们一起议论一下，并要乔木亲自动手修改。在此之前，胡耀邦也在8月18、19两日在科学技术规划小组内召集两次会议，听取有关部门对汇报提纲的意见。
    8月26日谈话后，胡乔木就接手主持修改《汇报提纲》。他先约胡耀邦、李昌、王光伟等一起商量修改方案。政研室负责人吴冷西、胡绳参加了讨论。胡乔木传达了邓小平的指示，谈了他设想的修改方案。最主要的是单独增加一部分，把科学院讨论稿上引用的毛泽东关于发展科学技术工作的指示，重新加以编排，并补充征引几条，使之成为较有系统的十条，作为科学院和整个科学技术工作的指导方针。把肯定“二十六年”放到突出的位置，以肯定“文革”前十七年的成绩，并明确科学院和科技工作的发展方向与任务。其他部分大加压缩，以整顿来统率。
    按照这个方案，胡乔木于9月2日就将《汇报提纲》改好。这一稿是第四稿，改题为《科学院工作汇报提纲》，把原来的六部分改为三部分：（一）中国科学院科研工作的方向任务。肯定“二十六年来”中国科学院“取得了很大成绩”，指出科研工作如不加快赶超世界先进水平的进程，就会影响整个国民经济和国防建设发展的速度，提出作为我国自然科学研究的综合性中心，中国科学院今后十年根本任务的三个方面：协同各有关部门，积极承担国民经济和国防建设中若干重大科研任务：开辟一批新兴的科学技术领域；大力发展基础科学研究。（二）坚决地、全面的贯彻执行毛主席的革命科技路线，这一部分从十个方面引用毛泽东关于科学技术工作的论断和指示。还辩征地分析了政治与业务、群众路线与专业队伍、理论与实际、对知识分子的教育与使用、哲学与自然科学等五个方面的相互关系，说明必须系统地、准确地宣传毛主席的革命科技路线，防止和克服任何偏离、割裂或曲解。（三）关于科学院的整顿问题。提出整顿的五项内容：1.结合实际，认识学习，揭露矛盾，开展批评和自我批评。2.认真落实党的知识分子政策和干部政策。3.增强无产阶级党性，批判和消除资产阶级派性。4.调整和健全领导班子。5.整顿机构。
    9月3日邓小平同政研室七位负责人一起读《毛泽东选集》的选篇时，胡乔木把修改后的这一稿面交邓小平。邓看了表示满意，并说：这文件很重要，不单管科学，而且可以适用于文化教育各部门。由此谈到教育工作，邓小平指出：教育方面存在不少问题，现在教师积极性不高，学生也不用心学，教学质量低，这样下去怎么能实现四个现代化。
    这次会后，即将《科学院工作汇报提纲》（9月2日修改稿）印发有关同志征求意见，准备讨论。邓小平对这件事抓得很细致。他在山西昔阳出席全国农业学大寨会议回到北京后，听到有一位负责同志对《汇报提纲》中有关哲学与自然科学关系的那段论断有些意见，立即在9月25早上把胡乔木找去，要他搞一个毛泽东和马、恩、列关于这方面论述的语录，作为《汇报提纲》的附件，以说明《汇报提纲》的论断理论上是有根据的。胡乔木急忙要政研室理论组同志负责组织学部专业人员，连夜编印好一份题为《必须用哲学指导自然科学的研究，但不是有哲学代替自然科学》的材料，9月26日下午开会时发到每个与会者手里。9月26日早上，邓小平又找胡乔木，要他先去找那位对哲学与自然科学关系问题有些意见的负责同志面谈一次，交换意见，以免下午开会讨论时出现不必要的分歧。
    9月26日下午，邓小平主持国务院会议，听取胡耀邦等的汇报，讨论《科院学工作汇报提纲》。政研室负责人胡乔木、吴冷西、于光远参加。会上，邓小平讲了许多重要意见。他强调科研工作要走在国民经济的前面。他说：“如果我们的科学研究工作不走在前面，就要拖整个国家建设的后腿。”他引用马克思关于科学技术是生产力的论点，说：“科学技术叫生产力，科技人员就是劳动者！”他指出，“科研工作能不能搞起来，归根到底是领导班子问题”。“领导班子，特别要注意提拔有发展前途的人。”班子要有管党的、科研的、后勤的三部分人。“科研人员中有水平有知识的为什么不可以当所长？”“要让党性好的组织能力强的人搞后勤工作。”他指出，“要给有培养前途的科技人员创造条件，关心他们，支持他们，包括一些有怪脾气的人。首先要解决这些人的房子问题，家庭有困难的也要帮助解决。”邓小平还论述了教育整顿，强调“后继要有人，这是对教育部门提出的问题。”他还特别提到“要解决教师地位问题”。他还对办好科技大学，办好各种刊物等具体问题作了指示。邓小平要求对《汇报提纲》作一些修改，写清队伍，把国防工业包括进去；把哲学与自然科学的关系写清楚；具体问题增补一点。先送毛主席，印发政治局，批准后用这个文件充分发动群众。
    按照9月26日邓小平的谈话，胡乔木等又对《汇报提纲》修改了一遍。如：队伍，写明全国各专业科研机构五个系统共约二十五万人；明确要选拔科研人员（特别是中年）担任正副所长等职；哲学与自然科学的关系写得更加准确、全面；写上了科技大学应从应届优秀高中毕业生中直接招生；整顿的内容还增加了“整顿科技出版工作”一项。9月28日稿子修改好，这是第五稿，即报送毛泽东审定。
    毛泽东在审阅时表示，《汇报提纲》中引用的“科学技术是生产力”这句话，他不记得曾经说过。邓小平即向胡乔木作了传达。胡乔木一面继续查核（对其他语录的出处也进行了核对），一面要学部编《马、恩、列论科学技术是生产力》的材料。10月中旬学部编的材料上报毛泽东。随后查出，毛泽东听取聂荣臻汇报十年规划谈话是在1963年12月16日，当时在场的韩光、张劲夫、范长江、于光远均有笔记，惟“科学技术是生产力”这句话笔记本上失记，但有“科学技术这一仗一定要打，而且必须打好。不搞科学技术，生产力无法提高”等语。胡乔木即把经过核查的《汇报提纲第二部分中所引用的毛泽东关于科技工作指示的出处》（共26处）印出报毛泽东。关于这一处，引了两句话：“科学技术是生产力。”“科学技术这一仗一定要打，而且必须打好。不搞科学技术，生产力无法提高。”并引马克思关于这一论点的论述（引自马克思《政治经济学批判大纲》第三分册第369页）作为“科学技术是生产力”这句话的注释。以便让毛泽东审定。