从十二世纪起，由於苏非派哲学家辈出，又被纳入正统派行列中，所以，苏非派有了比较大的发展，於是学派林立，支系很多，广布於穆斯林社会中。到十二世纪末，在不少国家已有各种不同的苏非派教团相继出现，虽然他们都各有自己的教旨和崇拜仪式，但他们的教阶制度和教团的下级成员完全服从上一级，特别是服从教团的首领--穆尔什德，却是共同的。十三世纪以来，曾以建筑工艺别致的修道所和礼拜寺为活动中心的苏非教团，为了供养修道所和礼拜寺修持人的生活，进行着自己的经济事业。后来修道所的财富和物质福利有了较大的增长，穆尔什德手中也集中了大量财富，於是“各教团之间和教团内部产生并发展了经济分化，由此而引起了社会政治分化。禁欲主义的苏非派从此只具有象征的性质，失去了其以前的社会对抗的意义”。⑥这时的教团首领成了财主，并与世俗统治者合流，成为统治者和剥削者。
    伊斯兰教在七世纪中叶就开始东渐中亚。屈底波、萨马尼德和布格拉汗是在中亚推行伊斯兰化的主要人物。屈底波不但是阿拉伯扩张主义者的著名将军，而且也是一个积极传播伊斯兰教的穆斯林先驱。他在被征服的地区，不仅强迫当地人民信奉伊斯兰教，而且还将大批阿拉伯人迁来中亚，并与当地妇女通婚而定居下来，这就成为他们的后裔中一些人自称为圣裔的一个重要历史依据。由于屈底波为哈里发征服中亚和传播伊斯兰教打下了基础，受到阿拉伯人的尊敬，被誉为依麻目·筛海·屈底波，又由于萨马尼德建立的萨马尼德王朝，在政治上比较开明，允许各种文化和学术交流活动存在，中亚一度呈现出经济繁荣、文化昌盛的局面，使都城布哈拉成为阿拉伯世界的文化中心。因此，九世纪以来，苏非派就借助这个历史条件传入中亚的布哈拉、撒马尔罕和卡桑等地，但这时还没有苏非派团体出现。十三世纪成吉思汗的进攻破坏了中亚地区的波斯--阿拉伯文明。十四世纪末，帖木尔把撒马尔罕作为他的首都，开始重建这个城市，一些大清真寺、经学院和陵墓就是在这个时期建造的。十五世纪，苏非派在中亚乌兹别克王朝取得了政治上的统治地位，同时在经济上形成了强大的封建领主集团。⑦十六世纪，著名苏非派神学家买克杜米·艾扎木把巴哈丁的学说传遍中亚的土库曼、乌兹别克、塔吉克等地。到十八世纪时，当土耳其奥斯曼帝国的封建统治更趋腐败，对被征服的阿拉伯各地区人民进行更加残酷的压迫和剥削，使庞大而松散的奥斯曼帝国境内的阶级矛盾和民族矛盾交织在一起更加激化时，整个中亚也被布哈拉·希瓦、浩汗·希萨尔和巴达克山等几个罕国所分割，并且时常兵戎相见。这时，有反抗奥斯曼帝国色彩的苏非派，不仅在阿拉伯各地区如雨后春笋般地发展起来，就是在中亚的布哈拉等地，也同样处於狂热时期。十九世纪中叶，俄国人东向扩张，进抵中亚，与来自印度和阿富汗的英国扩张势力相遇。“俄罗斯人一靠武力征服，二靠谈判订约，于公元1867年设置了由他们实行直接军管的俄领突厥斯坦。布哈拉于1868年、希瓦于1873年相继成为俄国的被保护国。1876年，浩罕沦为突厥斯坦的费尔干纳省；1884年，土库曼人战败降服。英俄两国划分势力范围的结果，帕米尔之色勒库尔山脉以西、喷赤河以北的地区入于俄国的势力范围”。⑧在俄国统治下，当地穆斯林则继续生活在世代相传、基本上业已僵化了的社会结构之中，与俄罗斯人基本上没有什么接触，也与二十世纪初期正在高涨的革命运动很少联系，整个社会为伊斯兰传统势力和苏非派活动所占据。1917年十月革命胜利后，这个地区的政治、经济和思想领域都发生了深刻变化，但伊斯兰教传统势力和苏非派的活动仍然存在，并未立即消失。现在苏非派已由布哈拉向里海周围伸展，它阻止与非穆斯林民族互相通婚和进行社交活动，仍然起着一种妨碍民族进步的消极作用。所以历史学家把中亚，特别是布哈拉和撒马尔罕视为推行苏非派的大熔炉，甚至誉为“苏非派的故乡”，是有他的深刻意义的。
    有组织的苏非教团于十二世纪在巴格达出现后，不久在中亚也有了苏非派教团，但在中亚较有影响的教团，并非第一个苏非教团嘎德忍耶，而是要算花剌子模的库布拉维教团、突厥斯坦的雅萨维教团和奈格什板底耶教团，嘎德忍耶和沙孜里耶也有一定影响。而后来对我国西北穆斯林产生深远影响的，主要是奈格什板底耶和嘎德忍耶。
    我国穆斯林曾把中亚和南疆地区称之为西域，把自己所信仰的伊斯兰教又往往称之为“西域古教”。所谓古西域，一指葱岭以西的阿拉伯帝国属地，也就是我国历史上所称的大食帝国；另一说，即指汉时西域三十六国（后分为五十国），当时汉宣帝置西域都护府为最高军政长官，故此而有其名。本文所涉及的西域，仅仅是中亚地区，主要是指历史上的突厥斯坦、布哈拉、希瓦、浩罕和卡拉卡尔帕克等地域。这个地区在历史上与中国有着密切的联系，它是著名“丝绸之路”的必经之道。西北伊斯兰教主要是经这条通道传入的。
    当苏非派在中亚的布哈拉和撒马尔罕等地盛行以后，它对我国西北穆斯林就产生了深远影响，我国新疆的依禅，甘宁青的门宦，都直接或间接地与它发生过关系。十世纪时，随着布格拉汗建立的喀拉汗朝（即黑汗王朝）的侵入和田，其中心东迁喀什后，伊斯兰教也就传入了新疆南部，喀什成为中国伊斯兰教主要传统文化与学术中心之一。苏图克·布格拉汗（912--993），是我国新疆最早信仰并推行伊斯兰教的一个权威人物。他二十岁时，接受从布哈拉萨马尼德王朝来的伊斯兰教学者阿布纳斯尔·萨马尼的宣传，改信了伊斯兰教，取名阿拉杜·克里木。他利用其权力使王公贵族和属民先后信仰了伊斯兰教，其子孙继承可汗位后，与喀什、于阗等地佛教展开战斗，使喀什、叶尔羌地区人民最早信仰了伊斯兰教。他死后葬于阿图什，至今受到当地人的崇敬。十六世纪以来苏非派传入了新疆，总称曰“依禅”。十七世纪末，苏非派教团又经新疆传到了甘宁青穆斯林地区，于是循（化）、河（州）地区成为中国“门宦”的发源地。