第三阶段，思想解放阶段（1979年至今）。
    进入新时期以来，思想解放的潮流，极大地促进了史学的繁荣与发展。其中一个表征便是随着学术氛围的日益正常以及胡适研究的逐渐升温，有关胡适和“整理国故”的论题遂再次引起一些学人的关注和重视，并在诸多方面予以了重新的审视。
    首先，由于根本观点上的亟待“拨乱反正”，这一阶段的研究必然选取“评价”问题为首要的突破口。1979年5月，在纪念五四运动60周年的学术讨论会上，胡适作为“新文化运动的著名领袖”的历史地位得到了充分肯定。以此为契机，关于胡适和“整理国故”的再评价，也逐渐在学术界辅陈开来。1981年出版的《鲁迅全集》，其新注释中即改为：“‘整理国故’，当时胡适所提出的一种主张。”（注：鲁迅：《鲁迅全集》第1卷，人民文学出版社，1981年，第169页。）此前所谓“反动”等字眼，已然去除。此后，随着研究心态渐趋客观，更有论者进一步彰显了“整理国故”的正面意义，强调它“不仅撕破了守旧派的，‘保存国粹’的旗子，而且也在一定程度上纠正了许多人否定一切民族文化遗产的虚无主义倾向”（注：魏绍馨：《“整理国故”的再评价》，《文学评论》1983年第3期。），并进一步肯定说：“整理国故确是吸收外来文化，再造中国的新文化的一项极为必要和极为重要的准备工夫。胡适整理国故的另一个主要的意义，是通过这项工作启示做学问的方法。而他的方法确实影响了一大批后起的学者”（注：耿云志：《胡适整理国故平议》，《历史研究》1992年第2期。）；“历史地看，胡适的‘整理国故’的口号在现代中国文化史上的客观效果是积极的，他本人的大量实践也是成功的，具有开创风气的榜样作用与学术层面的样板价值。‘整理国故’作为一段时期内广泛推行的一个实践运动，对于我国民族文化遗产的发扬光大，尤其在去芜荐精、推陈出新方面涌现出的创造价值具有深远的积极意义，对全盘否定中国文化传统的民族虚无主义思潮也起了重要的阻遏作用”（注：胡明：《胡适传论》上册，人民文学出版社，1996年，第506页。）。近年有学者又辩证地提出：“胡适系统提倡的‘整理国故’的理论和实践，是五四新文化运动的一个组成部分，……其功绩是主要的咽”（注：李妙根：《胡适与“整理国故”》，安徽大学胡适研究中心编《胡适研究》第1辑，东方出版社，1996年，第173—174页。），“‘整理国故’虽有偏差，但其本质与主流同五四新文化是一致的”（注：罗检秋：《“整理国故”与五四新文化》，《教学与研究》2000年第1期。）。
    不过，在肯定“整理国故”积极意义的同时，一些学者也并不讳言其中有消极流弊的存在，如认为“就整理国故本身而言，它是在历史文化领域里着手对封建糟粕加以清理的活动，具有反封建的性质，同时它又是反对革命的改良主义产物。……这就是胡适‘整理国故’的双重性质”（注：刘筱红：《胡适与整理国故》，《华中师范大学学报》（哲社版）1988年第1期。）；“对胡适来说，他的‘整理国故’的理论主张也是有相当的片面性的，即只看到它的反封建的意义的一面，而完全忽视了在当时的情况下作如此提倡，客观上会带来的严重的消极现象”（注：欧阳哲生：《自由主义之累——胡适思想的现代阐释》，上海人民出版社，1993年，第168页。）；以至于“后来有些学者陷身故纸堆里而自娱，实在脱离国计民生和社会实际，这不能不说是胡适这句话所产生的流弊”（19）。龚书铎先生在其《怎样评价胡适？》一文中，全面论述了胡适和“整理国故”，他深刻地指出，胡适所揭橥的“整理国故”，“一方面对于清理中国古代的历史文化遗产起到了某些作用，另一方面也产生了诱使青年脱离社会、钻故纸堆的负面影响，并在客观上对当时的封建复古思潮起到了推波助澜的作用”（注：龚书铎、宋小庆：《怎样评价胡适？》，《中流》1999年第5期。此外，关于这一问题，尤文科在《胡适与“整理国故”》一文中，也曾有较为全面的论述，收入丁晓强、徐梓编《五四与现代中国——五四新论》，山西人民出版社，1989年。至于其同名之硕士论文（中国人民大学中共党史系，1988年），则惜未见。）。
    上述重新评价“整理国故”的文章，主要侧重于文化史的视角。随着研究的不断细致深入，有些学者渐次注意到与“整理国故”有关的一些学术史问题。如郑师渠教授所著《晚清国粹派——文化思想研究》一书，就揭示了晚清国粹派之于“整理国故运动”的先导意义，认为它开创了“近代国故研究之新运动”的先河（注：郑师渠：《晚清国粹派——文化思想研究》，北京师范大学出版社，1997年，第329页。）。欧阳哲生也在《自由主义之累——胡适思想的现代阐释》一书中，从研究的范围、目的、态度、方法等角度，对“整理国故”与乾嘉考据、晚清国粹派之间的异同，进行了详细的辨析（注：欧阳哲生：《自由主义之累——胡适思想的现代阐释》，第171—172页。）。
    “整理国故运动”近年来为更多的学者所关注。罗志田教授便将此作为一个主要研究课题，先后发表了一系列论文。在《走向国学与史学的“赛先生”——五四前后中国人心目中的“科学”一例》一文中，他具体探讨了五四后“科学”实践一度落实到“整理国故”、“古史辨”和“社会史研究”上的原因，认为其中“既有中国学人对考据方法相对熟悉而能有所为这一技术层面的因素，也因国人隐显不一的民族主义情绪在起作用”（注：《近代史研究》2000年第3期。）。在《古今与中外的时空互动：新文化运动时期关于整理国故的思想论争》一文中（注：《近代史研究》2000年第6期。），他又从毛子水与张煊的论争这一事件切入，通过“回向原典”式的解读，从思想史视角考察了“整理国故”口号初起时知识分子的观念异同。而在《从治病到打鬼：整理国故运动的一条内在理路》一文中，他敏锐地发现一个以往研究大多忽略的问题，即胡适本人关于“整理国故”的认知前后并不一致；概言之，“整理国故的主要倡导者胡适，在最初论证其正当性和必要性时，基本不存‘打倒旧文化’之意，但他自己在北伐时期却转变了态度，将整理国故与‘打鬼’联系起来”（注：《中国学术》总第6辑，商务印书馆，2001年5月。值得一提的是，洪峻峰在《胡适整理国故思想寻绎》一文中（《厦门大学学报》哲社版1997年第4期），已注意到此问题，他并且对胡适思想演变的脉络做过一番梳理；另外，霄颐也曾对胡适这种内在矛盾心态予以解析，参见其撰《胡适与“整理国故”运动》一文，载《开放时代》2000年7月号。）。此后，在《新旧能否两立：二十年代<小说月报>对于整理国故的态度转变》一文中，罗志田教授结合文学研究会前后两次的态度转变，深刻分析了这一逆转与世风的变迁密切关联，并指出“后一次很可能与北伐造成的政治权势转移带来的思想倾向转变相关”（注：《历史研究》2001年第3期。）。而在《民国趋新学者区分国学与国故学的努力》、《西方学术分类与民初国学的学科定位》、《国学不是学：西方学术分类与民初国学定位的困惑》等文中（注：分别发表于《社会科学研究》2001年第4期、《四川大学学报》（哲社版）2001年第5期、《社会科学研究》2002年第1期。），他则较详实地介绍了民国学者对“国学”与“国故学”的不同诠释，以此说明“国学”与“国故学”在当时就是一个受到广泛关注而又充满歧义的概念。同时，他还在《民初趋新学者眼中的国学之“资格”与排他性》、《难以区分的新旧：民初国学派别的异与同》二文中（注：分别发表于《福建论坛·人文社会科学版》2001年第5期、《四川大学学报》（哲社版）2001年第6期。），指出了这样一种奇异现象，即民初一些趋新学者一方面极力否定“国学”或“国故学”的正当性；另一方面则又希望通过对研究“资格”的强调来确保“国学”或“国故学”的清纯性。此外，他又在《留学生读什么书：20世纪20年代的一次讨论》、《机关枪与线装书：从“国学书目”论争看民初科学与国学之间的紧张》等文中（注：分别发表于《开放时代》2001年9月号、《四川大学学报》（哲社版）2002年第5期。），就当时社会上对胡适、梁启超开列所谓“国学书目”的反响与争议，进行了一番深入探析（以上诸文，大多已汇编入其《国家与学术：清季民初关于“国学”的思想论争》一书中国（注：罗志田：《国家与学术：清季民初关于“国学”的思想论争》，三联书店，2003年。））。