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    在变法的步骤上，维新派主张速变、全变，尤其是康有为见变法阻力太大，力主“横扫一切”。从当时民族危亡的严重急迫情况来看，维新派这种急切愿望是可以理解的，但在“门户水火、新旧相攻”的情况下，速变不可能，全变也万难做到。“同龢处新旧交哄之中，虽倾向变法，而实主持重。”（注：金梁：《近世人物传·翁康关系》，华东师大图书馆藏本。）力主变法“宜慎”，认为“变革太骤，亦恐贻忧”（注：翁同龢《致张啬庵手书》、《致文卿》，1926年上海有正书局影印。）。变法必须“平和”、“稳妥”，认为只有“以平和剂群嚣”（注：金梁：《近世人物传·翁康关系》，华东师大图书馆藏本。），才能减少及至扫除反对变法的阻力，使变法最终得以实现，一切操之过急的作法都无济于事。及见康有为“行动操切，铺张过甚”，很不以为然，故“不敢用驰突不羁之才以行改革”（注：金梁：《近世人物传·翁康关系》，华东师大图书馆藏本。）。翁同龢的稳慎主张对实现变法无疑是对的。对于康氏的操切过急的变法作法，不只翁同龢不赞同，甚至连维新派中不少人也表示反对。军机四卿之一的杨锐就曾指责过康有为的变法步骤“固多谬妄”。康有为的弟弟康广仁说得更具体：“乃兄规模太大，志气太锐，包揽太多，同志太孤，当此排者、忌者、挤者、谤者，盈衢塞巷，而（皇）上又无权，安能有成？！”（注：《戊戌六君子遗集》（六），第1页。） 这种操之过急的变法步骤，直接导致了后来变法的失败。当时就有人指出：“一般人虽都赞成康的变法，但是指责他的轻率，不论宗旨怎样美好，原则怎样崇高，是注定要失败的。”“皇帝的方向是正确的，但是他的顾问康有为和其他人等都缺乏工作经验，他们简直是以好心扼杀了进步。”（注：《中华帝国对外关系史》，中译本，第三卷，第161页。）翁同 龢后来所说的“若臣在列，决不使其灭裂至此”（注：《翁文恭公日记》第三十七册，第23-24页。），也是指的这个意思。
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    国是诏的颁布，正式拉开维新变法的帷幕。由此，统治集团内部变法与反变法的斗争也随之达到炽热化的程度。守旧官僚日益担心光绪帝在翁同龢的秘密指导下，“起用年轻人从事改革，不但危及他们的权利，甚至危及他们的地位”（注：《戊戌变法》（四），第380 页。）。西太后也认定翁同龢继续留在政坛，对她将是一个威胁，决定除之而后快。顽固守旧官僚先是唆使他们的亲信党羽于荫霖、王鹏运、文悌等上奏弹劾翁同龢“误国无状”，“结党乱政”，“狂悖揽权”；继又诬陷他在与外国借款谈判交涉中，与户部侍郎张荫桓“朋谋纳贿，狼狈为奸”（注：参见《于中丞（荫霖）奏议》，台湾文海出版社影印本，第125-27页。王鹏运：《权奸误国， 请立予罢斥以弭后患折》，中国第一历史档案馆藏、军机录副，光绪二十四年戊戌变法卷。），将他声名搞臭。继而削其权力。6月12日（四月二十四日 ），西太后任命荣禄以大学士、兵部尚书兼管户部，削去翁同龢户部尚书的权力。西太后的“这一决定客观上也削弱了帝党和维新派的实力，直接导致了后来变法的失败”（注：《晚清宫廷与人物》（二），台湾文史新刊之十二。）。三天之后（四月二十七日），即翁同龢生日这一天，西太后又强令光绪帝颁谕将其开缺回籍。
    “变法身为导，罹灾公遂先。”（注：《饮冰室诗话》，第119-121页。 ）翁同龢的开缺显然是维新变法事业的一个重大损失。梁启超在1898年5月17日致徐佛苏的信中说：“常熟去国， 与变法成败为最大关键。”（注：《梁启超年谱长编》，第122页。） 康有为对翁同龢因举荐他与其他维新派、支持光绪帝变法竟遭革逐深表歉意。1904年，他流亡瑞典时，从报端得知翁同龢去世消息，特作哀诗十四章，对翁同龢在戊戌维新变法中的历史功绩给予了高度的评价，称翁同龢为“中国维新第一导师”，赞颂他引导光绪帝变法是“密勿谋帷幄，艰难救国民”，支持维新变法是“凿空辟乾坤”之举，其才望不在“司马萧望”（注：《饮冰室诗话》，第119-121页。）之下。
    1898年10月（九月），西太后发动政变，推翻新政，幽禁光绪帝于瀛台，诛杀谭嗣同等“六君子”。在追剿镇压康梁维新派的过程中，对翁同龢再施残酷打击，将他革职永不叙用，并交地方官编管，这是对他的极大的侮辱。他在精神肉体备受折磨的情况下，于1904年7 月痛苦地离开人世，终年75岁。
    翁同龢的维新变法思想，是三十年洋务运动遭到失败后在上层社会引起波动的产物，是最高统治集团对甲午战争所作的积极反应以及对战后王朝所面临的严峻形势所作的重大抉择，也是翁同龢经世思想发展的主要标志。