从否定孔孟开始，新知识分子们把斗争的矛头接着指向儒家文化的核心--儒家伦理思想。在儒家伦理思想中，忠、孝、仁、义、礼、智、信等观念是以人际之间的服从为其内涵。这些观念的发展，就是儒家所提倡的“君权神授”、“三纲五常”和“存天理，灭人欲”等一系列道德伦理准则。这些儒家伦理道德准则对封建社会的发展起着思想维系作用，因而它受到近代有识之士的猛烈批判。在义和团运动以前，对儒家伦理批判最为激烈的当是戊戌变法运动。在批判中，维新志士们以西方民主自由思想为武器，发出了“平等”的呐喊。但是，他们把实现“平等”的希望寄托在清王朝的改弦更张、实行君主立宪制上，从而使他们的批判失去更为锐利的锋芒。随着维新派的爱国变法和义和团爱国排外相继失败，在经过一阵短暂的沉寂之后，中国的知识分子又掀起了一场更大规模地反儒家伦理思想的斗争。
    他们揭露仁义礼乐的实质就在于更加有效地维护封建统治，他们说：“仁之实为事亲，义之实为从兄，胥此道也，则犯上作乱之事息矣。礼以缚民者，乐以和民气，胥此道也，则人人自由之言息矣。我压之以猛兽盗贼之道，彼不服也，我压之以仁义礼乐之道，彼胡敢不服也”〔12〕。他们指出“儒者日日言礼义，非欲以繁文缛节杀其活泼之气者乎？儒者日日言孝悌，非欲以低声怡气，养其儿女之态者乎”〔13〕？在探讨中国君权之所以发达的原因时，他们认为是由于“圣人”教忠之学说、倡君尊臣卑之说所致。他们以更加激烈的态度指出：“礼立于中国三千年矣，而中国之文弱也几千岁”〔14〕，从根本上否定封建的礼教和伦理观念。二十世纪初期的新知识分子以他们所掌握的西方民主、自由、平等、博爱之说为武器，大声疾呼“去礼法、复权利”〔15〕。有的知识分子甚至宣称“唯我独尊”，他们说：“古来儒者立说，无不以利己为人道之大戒，此不近人情之言也，剥夺人权，阻碍进步实为人道之蟊贼。”他们认为“有人而后有世界，人人有利己之心而后有世界。宗教也、学术也、社会也、国家也，推其所由始，察其所由起，迹其所以发迹变迁之故，无不基于人类利己之一心。惟利己故不得不竞争，竞争剧斯进化速矣；惟利己故不得不排外，排外力斯合群固矣；惟利己故不得不求助人，求助于人斯不得不有以助人矣。世之所谓道德，察其实际，敦非自利己之心而后生者乎？”所以，“惟我独尊，此自由独立之真谛”〔16〕。这种带有近代色彩的利己主义思想，在当时是非常激进的，尽管它的局限性很明显，但在当时反儒家伦理的服从关系上是重大突破。可见，二十世纪初的知识分子已不再象戊戌维新思想家们那样心平气和地去进行民主自由和君权谁前谁后的推理，也不希望封建统治者施舍一点民主自由之权力，而是直陈封建伦理及其它所维护的封建统治的不合理性，并提出用革命手段去扫除封建的伦理观，实现民主自由。
    其次，批判传统的“尊王法祖”观。中国传统文化的封闭性加以儒家思想的束缚性，使得中国人失去追求和理想，于是只好回头看，“尊王法祖”成为中国人的思维归向和精神寄托，这也是中国传统文化的一大特点。尊王法祖使中国内在前进的动力大大减弱，为此要想使中国社会发展就必须打破传统的“尊王法祖”观念，这是近代中国社会的一大思想主题。自从鸦片战争以后，恪守祖制的原则随着西方列强的侵略、中国的对外交往的失败而受到人们怀疑。到戊戌维新运动时期，维新志士们明确提出并付诸实践对中国政治进行大变革，这是对“尊王法祖”观念的直接挑战。但这场运动仍然打着“托古改制”的旗号，难以从根本上冲击这个观念，甚至许多维新派人物的思想中尚有西学源于中学的观念，康有为就曾说：“凡西人所号长技，我中人千数百年皆已有之”〔17〕。义和团运动后，清政府完全成为“洋人的朝廷”，恪守祖制已不可能，以此为契机，新知识分子们举起变革的大旗，从思想上对尊王法祖观念进行更加猛烈的冲击。他们指出：“中国之所以不能随世运而进，好落人后者，以尊古薄今也”〔18〕，这是中国人最大的劣根性。他们说：“吾中国人服从之劣根性，于学术上尤为深固，一言一事，辄引数千年前之古人为印证，甘以其极灵活之脑筋，为古人纳糟粕之筐箧”〔19〕。他们讽刺一些中国人常常“每受一新理新学，必附会古人，妄用典礼，乱引陈语”的好古思想。他们说：“帝国主义膨胀，则成吉思汗而为东亚拿破仑矣；复仇主义昌盛，则朱元璋而为中国真德矣；民族思想发达，而黄帝轩辕氏为汉族之鼻祖矣；革命风潮普及，而洪秀全为失败之加里波的矣；景教流行，而孔子为教主矣；民权之说入，而黄黎洲奉为卢梭矣；无政府主义盛，则老子为发明家矣；大同博爱主义兴，则墨子为首倡矣；理化薄为戏法，共产疑为井田。总之，西人之新理新学，皆中国古人所已道者矣”〔20〕。在这些知识分子看来，“尊王法祖”是由于人们崇拜古人，崇仰旧学所造成，这就窒息了中国文化发展的生机。与此相反，西方文化之所以日新月异，就在于“欧西名哲大贤著书立论，必求合天演界之公理，不惜与古人挑战，故论理愈演愈复杂，愈复杂愈当于的当，不至以偏言狭义，播毒种于后人。”为此，他们提出，只有“灌输路索、孟德斯鸠、达尔文、斯宾塞诸儒学说”，才能使中国学界不至于“长沦于黑暗之中”〔21〕，才能适应时代的要求，寻得救国救民的方案。
    再次，对“轻武重文”观念的冲击。在中国传统文化中，历来不提倡尚武精神，信奉的是“仁者天下无敌”、“制梃以胜甲兵”，认为文质彬彬方为君子。虽然在中国曾涌现了一批杰出的军事家，如孙子、孙膑、尉缭子、岳飞、戚继光等等，但历来每个朝代只是在打天下、或者遭到外来侵略时，才重视军事。鸦片战争中，数千英军竟能轰开中国大门，这使中国的军事弱点暴露无遗。从林则徐、左宗棠到戊戌维新思想家，他们都曾重视过国防问题，但还不足以突破传统的轻武重文观念，因为他们还局限于编练新式军队以保护封建国家的认识。义和团运动后，战争失败的痛苦，使更多的人认识到中国尚武精神澌灭的危害。二十世纪初，年轻的学子们指出“我国以重文轻武故，五十年来，与英战而败，与法战而败，与日本战而败，与八国联军战而大败，乃至一落为三等国”〔22〕。他们认为，在人类社会发展过程中，战争是不可避免地，战争固然破坏文明，但也推动文明的发展，而中国欲在世界上争存，亦须准备战争。在二十世纪初，有的学子甚至提出“武力救国”的思想。他们指出：“近世之号文明称强国者，虽不可尽归功于治兵，而其实又何尝不可归功于治兵。……强权唯兵所能有，而一切公理文明之说不足信也。兵乎，兵乎，为立国之根本，为文明之标帜”〔23〕。他们强调“中国惟一之救亡政策维何？曰武力。武力维何？曰强大之海、陆军”〔24〕。为此，他们主张普及军国民教育，提倡全民皆兵，建立军国民社会。陈独秀主办的《安徽俗话报》上有一幅“拷打文人”漫画，其图解说：“我们中国读书人，都是斯斯文文的，没有一毫屁用，庚子年洋兵进军的时候，到处捉人去当修路的苦工，拿着读书的文人，没有气力去做苦工，便要吊起来拷打，这就是文弱书生的下场啊！”因此，实施军国民教育势在必行。在这种思想的影响下，二十世纪初期不少青年学子投身于军校学习，立志以武力救国。如1903年在日本留学军校的学生就达二百余人，占留日学生总数的百分之二十。同时，这一时期，不少宣传“尚武”精神的书刊陆续出版，如《军华》、《武学》、《南风报》、《武备杂志》等。
    此外，这一时期的新知识分子对传统文化中轻视科技、重虚轻实、华夏夷狄等观念，都从不同的角度进行了抨击。