当然，清廷对用勇营制度改造绿营并不十分放心。它惧怕勇营的私军特性传入绿营，进而引起经制军的军 权下移。就在下令采用勇营营制后不久，清廷又下令直隶练兵“仍当一切俱从标兵规制”（注：《大清穆宗毅 皇帝实录》第227卷第26页；第69卷第1页；第76卷第14页；第183卷第31页；第66卷第17页；第82卷第52页。） 。由于种种牵制，刘长佑只好放弃用勇营制度彻底改造绿营的计划，只是对各标绿营按勇营营制组编，分散进 行训练。以后总理衙门屡加干预，朝臣多方指斥，刘长佑动辄得咎，不敢更张。他发牢骚说：“以逆料饷项之 难继，顿改严定之章程，朝论二三，下情疑阻，事无大小，鲜能有成。”（注：《湘军人物年谱》第1辑第396 页。）曾国藩接管了直隶练军后也曾受到过种种掣肘，他说：“前奏练军事宜，欲稍参勇之意，以练绿营之兵 ，部议颇加驳斥”（注：《曾文正公全集·书札》第32卷第32页。）。这些都说明了清廷既想采用勇营制度但 又不十分放心的矛盾心理。
    清廷最终作了一些让步，同意采用勇营的一些制度来改造绿营，建立练军。这是因为虽然练军采用了勇营 的一些制度，但是练军制度并非勇营制度，两者间有着本质的区别。第一，兵将来源不同。在士兵来源上勇营 采用营官自招的招募制度，大帅以同乡、故旧等关系延揽统将，统将挑选营官，营官挑选哨官，哨官挑选什长 ，什长挑选勇丁，层层以私人关系挑选成军，谁挑募就服从谁。这样，就造成了全军服从主帅的后果，军队遂 为将领所私有。练军官兵则是挑自绿营，不是世业的兵，在兵部注册备案，营官由兵部在绿营中的现职副将、 参将、游击中遴选铨补。这样仍旧造成将与兵不相习，不会形成勇营的兵为将有的后果，兵权仍然牢牢掌握于 中央兵部。第二，饷银不同。通营采取兵饷自筹制度，自己有一套筹饷机构，可以随时“就地筹饷”，因此不 必听命于中央。这是“兵为将有”的必不可少的基本条件。练军的兵饷则由中央户部掌管，官兵的俸饷虽然比 绿营高出许多，一些省份还设立了专门的“练饷局”，但“练饷局”的任务也不过是每月赴户部领回“练饷” ，按章进行支放。因此，练军的饷权还是操自中央，从根本上掌握了练军的兵权。由于采用勇营的一些制度既 可改变绿营疲弱不堪、不能用命的状况，又不会使其军权下移，所以清廷虽然屡有反复，但最终还是接受了勇 营领袖刘长佑、曾国藩的建议，首先在直隶用勇营营制建立起了练军，继而明令推行全国。
    综上所述，清季练军之所以建立，从主观方面来看，清廷主要为了整顿衰朽已极的绿营，进而加强中央集 权，抑制地方势力。同时，也不排除统治阶级在外患日重情况下的强兵御侮的目的。从客观方面来看，当时盛 行的勇营制度为练军的建立提供了可资借鉴又基本可行的模式。