出现这种变化的根本原因在于卫所制度的破坏。卫所制破坏的一个表现是军卒逃亡。在内忧外患严重的情况下，不得不募兵。募兵的粮饷较卫所军高出一倍左右（注：嘉靖年间，戚继光在南方的募兵是1日3分银，月为9钱，而隆庆，万历时戚继光在北方募的南兵月饷1.5两。当时军卒月饷谷1石，约值0.5两。），这本身就增加了军饷。而这些费用在卫所屯田破坏的情况下是不能支持的，只能是一出自当地筹款，一出自京运年例。如山西“嘉靖二十一年，广武站募军，增年例银三万两。二十二年，太原石隰等四营募军，增银九万九百二十四两。二十三年，北楼口募军，增银四万八千五十两。三项共计一十六万八千九百七十四两”（注：万历《明会典》卷二八《户部》一五《会计》四《边粮》。）。在南方的军饷则出自“提编”，加在当地老百姓的头上。卫所制度的破坏还表现在军屯制度的破坏。明初的军屯占有大量土地。而土地是当时的主要生产资料，是王公贵族、各级军官、豪强地主极力要占有的东西。他们采取种种手段夺取、侵占这些屯田，致使屯田锐减，屯田子粒到嘉靖年间只有永乐时的1/3。屯田不能供给军饷的所需，而派民粮，民粮不足，就只好靠朝廷拨款。
    军饷变化的另一个重要原因是嘉靖之后，内忧外患严重，战争频繁，使军饷大增。战争使军队调动频繁，客兵大量出现，一个军士出征其饷额要比驻在军营增加40%以上（注：出征士兵除月粮外，要增加“行粮”。士兵的月粮一般为1石，而行粮一般为4斗，有的甚至是4斗5升。），另外还有犒赏银、抚恤费以及增加武器装备等等，使军费大幅度增加。万历中期3次大的用兵，军费就达到1100多万两（注：万历二十年（公元1592年），平定宁夏副总兵哱拜的叛乱，费饷187.8万余两。二十至二十六年，援朝抗日战争，费饷782.2万余两。二十四至二十八年，平定播州杨应龙叛乱，费饷200.3万余两（见五德完《稽财用匮竭之源酌营造缓急之务以光圣德以济时用疏》，载《明经世文编》卷四四四；曹于汴《遵例盘库敬报空虚之状仰乞圣鉴亟图长策以济国用疏》，载《明经世文编》卷四一二）。）。
    一方面是屯田破坏，屯田子粒锐减，一方面是军饷增加，这就使过去主要依靠卫所屯田收入支付的军饷制度逐步嬗变成以京运年例和民运粮为主的军饷制度。
    军饷制度的变化增加了明廷的财政困难，加重了百姓的负担。以辽东为例，明初边饷充足，根本不需要朝廷拨款。正统六年（公元1441年），朝廷开始拨款，也只给1万两，为数不多。但到万历初年，朝廷给辽东的年例银竟达30万有奇（注：万历《明会典》卷二八《户部》一五《会计》四《边粮》：主兵京运年例银307925.418两，另外客兵京运年例银102058.95两。），比正统时增加了近30倍。明廷财政收入一般每年入太仓者不过200万两多一点（注：《明史》卷七八《食货》二《赋役》。），但嘉靖后期九边年例银已达270万余（注：王德完：《国计日绌边饷岁增乞筹画以裕经费疏》，《明经世文编》卷四四四。），到万历初年则达到300万余两，万历中期则为380余万两（注：王德完：《国计日绌边饷岁增乞筹画以裕经费疏》，《明经世文编》卷四四四。）。明廷财政入不敷出，发生了严重困难。
    明廷财政困难反过来影响了军队建设。嘉靖年间，明廷给宣府的年例银是181250两，因太仓银库空虚，三十六和三十七年只给9万两，而三十八年只给3万两（注：《宣府镇志》卷一六《军储考》。《皇明九边考》载：“年例银八万两。”万历《明会典》卷二八载：“国初不过五万两，……嘉靖元年始增六万，四十五年始定一十二万。”）。地方供给宣府的粮饷，不但愆期，也常拖欠六七十万（注：《宣府镇志》卷一六《军储考》引《管粮郎中褚实查处兵粮议》。），军饷严重不足。在南方，福建漳州卫官军月粮少派3个月，铜山等所缺支20个月，泉州高浦等所缺支10个月，当时无一卫一所不缺支者（注：朱纨：《阅视海防事》，《明经世文编》卷二○五。）。士兵穷困、逃亡，甚至鼓噪哗变，严重影响战斗力。无怪乎许论对榆林镇的情况发出感叹说：“呜乎！此镇将士怀忠畏法，死无怨言，敢勇善战，虏所素惮，乃令年年枵腹，不得一饱，伤哉，伤哉！”（注：许论：《九边图论·榆林》，清刊本。）这样的军队欲其御敌取胜，难矣。
    明廷为解决财政困难，千方百计搜刮百姓钱财。嘉靖三十年（公元1551年），向“南畿、浙江等州县增赋百二十万”（注：《明史》卷七八《食货》二《赋役》。）。万历中期，神宗朱翊钧实行开矿榷税，8年时间搜刮300万两。万历四十六年，努尔哈赤反明，明廷辽饷骤增300万两，明廷赋税“亩加三厘五毫，天下之赋增二百万有奇。明年复加三厘五毫。明年，以兵工二部请，复加二厘。通前后九厘，增赋五百二十万，遂为岁额”（注：《明史》卷七八《食货》二《赋役》。）。崇祯三年（公元1630年），在9厘外亩又增加3厘，后又征“助饷”、“练饷”，而且，征收赋税时，贪官污吏大饱私囊，致使广大农民无法负担，不得不加入到农民军起义的行列中。明王朝也随着军费增加步步走向灭亡。
    五
    有明一代军制在不断变化着。募兵制在很大程度上代替了世兵制，卫所制为营制所代替，文官成了军队的主宰，军费负担以军卒为主变成了以百姓为主。这种变化概括起来沿着两个方向运动：一个是沿着提高军队的战斗力，增强国家对军队的控制方向前进；一个沿着不断提高老百姓的军费负担方向前进。兵役制度的募兵制、组织编制的营哨制，中央领导体制的渐趋一元化，地方领导的总督、巡抚、总兵的体制，都属于前者。这在某个时间、某些文臣武将身上显示了它的效果。谭纶和戚继光在南方抗倭和在北方御“虏”就是一个例子。在南方，谭纶和戚继光都以募兵，实行营哨制，建立了能征善战的军队，打败了入侵的倭寇。在北方，谭纶和戚继光合作又建立了强大的边防军，保卫了北京地区的安宁。这显示了明代后期军制是可以建立一支既有利于中央集权统治，又有较强战斗力的军队的。但从整体来讲，明代的军队不是随着军制的变化而增强，而是不断衰弱。这不能归究于军制本身。任何制度都要人去执行。明代军队衰弱根本的原因在于执行制度人的腐败。募兵招来的不是好兵，建立了营哨制却不对士兵进行训练，文武将不和，上下之间有隙等等，都是人在作祟。由此可见，由于政治腐败，想要增强军队建设的各项措施都是空的。
    而老百姓对军费负担的增加确是实在的，但这种增加并没有达到老百姓不能负担的程度。万历年间，全国军队不过150万左右，不到人口的1%，老百姓本不会因负担军费而无法生活。但事实上，百姓确实到了无法生活的地步。究其原因，主要是这些军费负担都加在普通老百姓的头上，而那些皇亲贵戚、官僚豪强、地主军官等侵吞大量土地屯田，不纳税或很少纳税，再加上皇帝奢靡，挥霍无度，千方百计搜刮钱财，故而使百姓无法生活。可见百姓负担过重也是人为造成的，是统治阶级腐败的结果。
    明朝军制沿着两个方向运动的结果是一虚一实。这种虚实的结果都是人为造成的。虚者使军队衰败，实者使百姓造反。明朝也就在这一虚一实中必然走向死亡。