明英宗9岁即位，在明朝16位皇帝中是为君时年纪最小的一个。 他即位以后，以自己年幼无知，遵照其父宣宗皇帝的遗诏，与宣宗之初“军国大议多禀听（仁宗诚孝皇后张氏）裁决”一样〔4〕， 命朝廷大政仍然奏请（太皇太后）张氏而后行。正统七年（1442年）十月张氏去世之后，杨士奇等“五大臣”或死或年老多病，“不使预军政”〔5〕， 权柄为宦官王振所把持，最后导致土木堡之败，英宗被俘，明军惨败，国家元气大伤，国力从此由强转弱。此次失败，表面上似乎是军事上的失误，实质上是明朝建国80多年来矛盾沉积的爆发。此役还留下了严重的后遗症：明军从此一蹶不振，并产生了一种恐惧心理，遇敌“不敢战”，于是边境日益多事。英宗南宫复辟，继任宦官曹吉祥又致祸乱，政治风气越发腐败。
    进入成化朝，宦官第二次擅权乱政。汪直窃据大权，左右朝廷，横行天下。当时有人说：“今人但知汪太监也”〔6〕。 这是对皇权衰弱最尖刻的批评。至正德初，宦官再次祸国。而后武宗还是耽乐喜游，无心国事，除掉刘瑾，仍用群小。明代从制度上明确规定宦官介入、监控军政各个部门，有相当一部分也是从这一时期开始实行的。内阁在此期间内，则多默默无闻，难以正常发挥作用。
    第二，权力之争与财富之争并行。经济是基础，政治为经济服务。政治的根本问题是政权，即国家的权力由谁掌握。而权力与财富两者之间，并没有不可逾越的鸿沟。拥有财富者，就可能拥有权力；同样，拥有权力者，也可以拥有财富。明王朝的当权者是封建地主阶级。这一时期，他们在激烈争夺权力的同时，在人民群众无权监督的情况下，也肆无忌惮地把权力转化为财富。“皇庄”遍畿内；王府庄田、勋戚庄田、中官庄田大量扩张，遍布各地，都是权力的变生物。统治者从权力之争发展到财富竞争，造成土地兼并盛行，从而引起阶级对抗加剧，两极分化加速。权力转化为财富，财富争夺加深了阶级矛盾。广大农民丧失土地，却依然承受着超负荷赋役剥削，困苦不堪，或纷纷举家逃亡，辗转流浪，或铤而走险，揭竿起义，缴纳赋役的在册人口不断减少，田亩大量流失，成为明朝历史上流民最多、农民起义极为频繁的一个历史时期。农村动荡不安，严重冲击着明王朝的经济基础，社会发展速度因此而放慢。这些也可以说是前一个时期潜在危机的继续和发展。
    第三个时期：经过第二个时期的徘徊、反复和缓慢发展，社会秩序渐趋安定，政治改革不断深入，并由此成为明朝历史上经济、文化等发展最富有活力、整个社会风貌变化最深刻的时期。究其在政治上的主要特点，有以下两个显著变化：其一、社会秩序逐渐由动荡转为基本至治。其间，外患曾一度影响国家安定。先是，嘉靖中北边蒙古俺答多次发动进攻，边境不得安宁，直至发生“庚戌之变”，京师戒严。后来由于高拱、张居正等人采取与邻为善的政策，实现了民族和睦，各族人民友好相处，边境安定。到了嘉靖末年，东南地区“倭寇”的破坏活动，亦由高潮而告基本平息。及万历初年，政治更加安定。“纪纲法度莫不修明”、“政体为肃”，四夷咸服，内外晏然。史称：“自正、嘉虚耗之后，至万历十年间，最称富庶”〔7〕。政治为经济服务。 这一时期国内政治环境的改善，为当时农村经济结构的变革、新兴工商业市镇的迅速兴起、市场网络的形成扩大、商品货币经济的繁荣、资本主义萌芽的诞生提供了有力的保证。其二，“祖宗成法”大变，内阁权重至极。明世宗即位之初，力除一切弊政，天下翕然称治。而后“议大礼”，引起舆论沸腾，遂兴大狱，实行镇压。继而崇尚道教，一意修仙，长期深居大内，朝廷大政听任阁臣处置，加之于时“阉宦敛迹”。于是造成权力结构改变，阁权由此日重。《明史·职官志》曰：“至世宗中叶，夏言、严嵩迭用事，遂赫然为真宰相，压制六卿矣”。祖宗制度为之一变。
    隆庆朝，穆宗在位6载，从未接见大臣， 国家大事还是由阁臣处理。至万历初，大学士张居正主持阁政之日，为了复兴民族，富国强兵，置生死于度外，不计个人荣辱得失，以伟大政治家的气魄，积极推行政治经济综合改革，把周忱以来所进行的各项社会改革推向高峰，轰动一时，影响后世。张居正在实行章奏考成法时，明确规定：各地巡抚、巡按办事有误者，由六部和都察院负责举劾；六部和都察院有误者，由六科举劾；六科有误者，由内阁举劾。于是在相互关系上，就形成了如下管理系统和操作运转程序：从监控上说，形成内阁─→六科─→六部与都察院─→各地抚按官体系。从职责隶属关系上看，形成各地抚按官─→六部与都察院─→六科─→内阁体系。总之，是一切听从内阁，一切由内阁总揽。这个规定，显然和祖宗成法完全不同。《明史》曰：“明制，六部分莅天下事，内阁不得侵。至严嵩，始阴挠部权。迨张居正，部权尽归内阁，逡巡请事如属吏，祖制由此变”〔8〕。
    自明祖废除中书省和丞相制以后，六科亦直属皇帝管辖，与内阁没有隶属关系，各自向皇帝负责。张居正改以内阁监控六科，六科监控部院，部院监控地方抚按，由上而下，一通到底，最后权归内阁。实质上，是把原来属于皇帝的权力转移到内阁，亦即转移到张居正本人手里。这是张居正对祖宗成法的一个重大变革，也是此时阁权至极的突出标志。如前所述，封建国家的权力，归根结底只有一个，那就是皇权。内阁的权力越大，就意味着它从皇帝那里转移过去的权力越多，皇帝手里的权力越少。祖制大变，部权尽归内阁，在张居正说来主要是为了便于进行改革，以达到富国强兵。当时万历皇帝由于年幼，对祖制还不甚明白，不懂得其中的利害关系，故未见他有反对意见。后来他渐渐长大、成熟，感觉到张居正的权力过大，“几于震主”。张居正手中的权力，既是他得以推进改革，又是引发这次改革和张居正本人演成悲剧的主要原因。