五、重返故国
    内战结束前，吴虹玉已决心返华。1864年2月， 吴依依惜别兰镇前往纽约，搭乘美国奥利芬特公司为上海与汉口间航运而造的“九江号”轮船出海。
    5月17日“九江号”抵达上海，吴终于回到阔别已久的故乡。 回沪后的当天，吴便去拜访当时美国圣公会在上海唯一的两名牧师汤蔼礼和黄光彩及老同学颜永京，并经邀在颜家暂住。黄光彩和颜永京均是圣公会在华传教史上的传奇人物。黄光彩是美国圣公会在华第一位受洗者和华籍牧师，曾长期担任该会在华最老的教堂--上海虹口救主堂的牧师；颜永京1861年毕业于美国俄亥俄州的建阳学院，是最早在美获得硕士学位的中国人，曾参与创建美国圣公会的武昌文华书院和上海圣约翰书院。后来黄光彩、颜永京、吴虹玉三人常被并称为圣公会的三位华人先驱。
    在美国九年的生活已在吴身上留下了明显的烙印，他不仅西装革履，对本国语言也颇生疏，因此当美籍牧师汤蔼礼邀他在教会办事时，吴不得不要求推迟就职以便重习母语。在此后的八个月中，吴“就像一个外国人一样学讲道地的本地话”。数年后吴大概仍洋气未脱，以致文惠廉主教的后任韦廉臣主教在1866年4月23 日给他的信中对他作如此告诫：“更有一事，我敢提出者。即君当多用功国文，尤须注重作文，则可助君讲道。更望君改衣中服，则易使人亲近也。”
    吴虹玉参与教务，最初是在北唐家弄的圣公会老闸分堂，除在该处担任讲道并管理男、女小学各一所外，他还跟随汤蔼礼出外传道。1869年，韦主教派吴为汤蔼礼的正式助士。1873年吴升任会吏，1880年5 月25日又升任会长。吴曾进修过神学，但他并未致力于神学研究，“勤于事”则是他漫长教牧生涯的真实写照。
    六、创办医院
    1866年秋，美国圣公会开始在上海创办医院。当时美国费城希而夫人赠款一百美元给汤蔼礼，嘱其用于赈济穷人。汤氏与吴虹玉商议，决定用此款租赁虹口百老汇路和文监师路转角处两间小屋，开设医局。当时美国圣公会在沪尚无传教医师，幸有美国浸礼会传教医师玛高温义务前来诊病开药方，由吴照方合药。未及半年，医局便门庭若市，来就诊者每周不下数百人。于是教会复筹款扩建病房11间，共设24张病床。扩建后医局取名同仁，玛氏为主任，吴任助理。
    1877年美国圣公会中国传道区第三任主教施约瑟上任后，欲出租教会土地，遂令拆去同仁医局房屋，逐年延骋的西籍教士纷纷离去。教会的医院事工，几近放弃。但吴虹玉力主维持，此后一年内医局在一简易租屋内开诊，由吴独任疗病、给药、帐房、经营等事。稍后，教会才费银2,700元购得西华德路唐氏住宅作为医局的新址。1880 年同仁医院正式开张，由文主教长子文恒理医生主持。从1896年起，同仁医院成了著名的圣约翰大学医学院的附属医院。同仁医院是近代上海最早的三所医院之一，其他二所医院为1844年创办的仁济医院和1884年创办的西门妇孺医院（现为上海市妇产科医院）。
    在同仁医院的募捐活动中，吴虹玉的作用极为显著。通过吴多年的努力，1880年初在沪粤商李秋萍捐银万余元建成同仁医院新楼。李原打算捐资重修静安寺，某天大雪，吴为收取李对同仁医院所允诺的五元捐款，从江湾徒步至城中李家，并力劝李将此款移助医院，造福社会，李受其感动，改变初衷。吴虹玉前后与同仁医院保持了三十多年的关系，其中前八年完全办理院务，后来则为兼职，因吴已在教会担任他职。
    同仁医院八年的事工对吴虹玉的后半生有很大影响。他在此八年中掌握了基本的医疗技术，在此后的传教生涯中，吴还逐渐发展了其医药传教的理论。吴认为，中国是基督教传教最困难的地区，因为传统的儒、释、道三教在中国已根深蒂固。中国人过于实际，无论是统治阶级还是普通百姓，平时并不信奉什么宗教，但一旦有病有灾，他们可能什么教都会信，因此说教会的医疗事工“极切合国人务实的心理”。在吴看来，中国的基督教徒，十有八九是所谓“病床头的奉教者”。在每一个新传教点，治病救人均是教会“打动人心的最有效的手段”，而一个好的教会医生在中国可以创造奇迹。吴甚至断言：“宣扬基督福音如果没有医疗事工的辅助，就不会对中国人产生什么影响。”
    七、宣教生涯
    1873年受会吏圣职后，吴虹玉被韦主教派驻江湾，主持江湾教堂凡十二年。吴接手江湾教务后，即在香花桥西首建筑礼拜堂，该堂名圣保罗堂，其图样系吴根据美国乡村教堂式样绘制，但没有尖塔。教堂落成后“听者众，信者寥”，教务未见发达，但吴逐渐通过设药局、特别是种痘预防天花，使教会在当地取得了声誉。作为圣公会早期最成功的华人宣教士之一，吴虹玉一再称种痘是把社会各阶层男女老少吸收到教会来的最好的方式之一。
    在江湾传教的同时，吴虹玉还把布道区域扩展到吴淞和三汀沟一带。他曾与助士蒋某在吴淞设立教堂，但该处三年之中只有一人受洗入教。江湾以北五里三汀沟来吴淞做买卖的乡民，闻知吴的宣教和医术，即请吴等前去设堂布道看病，于是吴便于1874年至三汀沟设讲堂。该处教务一开始便颇兴旺，虽然其时只有35户人家，但1875年11月25日一天就有33人受洗，令教会上层兴奋不已。吴的医道也闻名乡里，他在1874年一年中就收治了百余名病人。
    1879年10月，吴虹玉经多年策划终于建成三汀沟圣士提反堂。圣士提反堂的建成还得益于外商在华修筑的第一条铁路。1874年英商怡和洋行兴建吴淞铁路，1876年7月该铁路上海至江湾段建成通车，获利甚巨。但8月3日因火车压死士兵一人，引起沿途士民反对，迫使怡和洋行将路权售于清政府。翌年铁路被拆毁，铁轨被送往台湾，吴虹玉则通过协商廉价购下了吴淞车站，并通过运河将车站拆下来的建材运至三汀沟，结果仅费银1,050元便建成圣士提反堂。当地教友为建堂不仅出工87 天，另捐银167元，该堂的建立实为中国圣公会自养的发轫。
    1882年，吴携眷至嘉定赁屋设堂，在城中县署前和西门外设讲堂和学校若干，并以嘉定为基地到外冈、南翔、济河等处传道。嘉定传道开始时甚为不易，当地人对教会敬而远之。1884年吴在嘉定创设药局，四方均有来就医之人，甚至包括县令和当地其他文武官员，影响日众。吴在嘉定前后七载，奠定了圣公会在该地的基础。
    1885年底，美国圣公会中国布道区第四任主教小文惠廉命吴回沪协助黄光彩管理虹口救主堂，并兼任同仁医院牧师。数月后黄去世，颜永京继任救主堂牧师，吴仍居沪上，照顾同仁医院和嘉定的教务。
    多年来吴虹玉在圣公会江苏辖境往来奔走开设分堂，颇受教会器重，被视为开辟新堂区的最得力人选。
    八、办仁德所
    晚年吴虹玉把他的精力主要放在开办专事收养贫穷孤寡的仁德所上。吴后来称他创设仁德所的原因有二：一是他先前在各处传道，每见许多寡妇受族人欺侮，穷困无告；二是教会内外个人施善虽由来已久，但无持久效果，缘因受惠之人只能盲目依赖他人施与而不能自立。若教之以各种工艺，更以基督教开导之，不仅能扶助这些无依无靠之人，亦有助于巩固教会的基础。从本世纪初开始，吴一再呼吁江苏教区主教郭斐蔚在江湾为本教会贫苦教友设立仁德所，切盼在其有生之年协助教会建成此所。
    但吴虹玉的呼吁一时并未得到教会的积极响应。直到1906年某热诚之女教友捐银一千元、吴又捐己田四亩作为基地，才推动了各界的赞助，终于在1907年5月费银二万建成仁德所。 仁德所位于江湾东镇周家宅，开始时有地八亩，建二层楼房一幢和若干平房，内设礼拜堂、客堂、教室、工房、宿舍、餐室、育幼堂、厨房等。无依无靠之寡妇及所携幼小子女，不论教中教外，只须遵守堂章，皆可入所。入所者食宿免费，但除无能力者外，均需在工房学习女红或下田耕稼，粗细则悉听其便。所内还开课教授所友读书写字，子女则被送至附近学校念书。所内每日还有早晚两次礼拜，礼拜天所友或去圣保罗堂做礼拜，或请该堂牧师前来领祷。在管理上所内设女管事一人，另设一巡查委办加以监督。到1935年，仁德所已有楼房三幢，占地7亩余，另有耕地40多亩， 常年开支约三千余元，前后所收孤寡共300余人，最多时达92人。
    仁德所开始时几乎是吴虹玉个人的事业。1918年吴已84岁高龄，无力独自支撑所务，遂与江苏教区达成协议，由教会接管仁德所。根据协议，仁德所的所有财产将移交江苏教区常务委办，由该委办指派一个由中国人组成的董事会监管，从此仁德所结束其独立地位而成为教区所属机构。尽管如此，仁德所作为中国圣公会教友在慈善领域中自立和自治的一次成功的尝试，在很大程度上可说是吴虹玉54年教牧生涯的一个里程碑。
    吴虹玉1919年12月18日在沪去世，享年85岁。他的丧礼于12月22日在救主堂举行，吊者千余人之多。吴所创建的江湾圣保罗堂和三汀沟圣士提反堂都为他立碑以志纪念。