由于太平天国运动和基督教会的特殊关系，因此它对清政府的教会政策也产生了重大影响。这种影响可以1861年的辛酉政变为界，至少可分为前后两种。
    （一）
    第一种：1861年辛酉政变以前，清政府因太平天国运动而增加了对教会的猜疑和防范，政教关系更加紧张。
    19世纪50年代，清政府对教会的政策是有限弛禁，这种有限弛禁政策的依据是1844年和1846年被迫发出的两道弛禁上谕。实际上，清政府此时对教会的态度仍是非常猜疑和反感的，总以为它“欲诱我愚民，援入彼教，其居心大不可问”（注：《筹办夷务始末》（咸丰朝，第一册），中华书局1979年版，第32页。）。清政府视太平天国为其心腹之患，知道太平天国信仰上帝，因此愈发加强了对其他信仰上帝的基督教徒的猜疑和防范，以预防这些教徒和太平天国勾结起来，晚清政教关系因此变得更加紧张。如：1853年4月22日， 王朝柱密告钦天监中的贾洵等人暗习天主教，并且“闻逆匪胜举，欣欣然有喜色，闻逆匪败，于伊心有戚戚焉”。清政府对王朝柱的报告引起了警觉，当天就谕令载铨“严密确查该员贾洵等是否习教，并有别项可疑情节”。经调查后，载铨确认贾洵等人并无如王朝柱告密所言的那些“从逆”案情，因此只查处了他们暗地奉习天主教之事（注：朱金甫主编：《清末教案》（第一册），中华书局1996年版，第138-139页。）。
    1853年8月29日，京城天主教民张德顺“因听人传说， 现在广西滋事贼匪，系属天主教，伊恐城内教中人有被贼勾结情事，随赴巡防王大臣（指科尔沁王僧格林沁）处禀诉”，揭发城内有近万天主教徒，并建有教中公所等等。刑部尚书阿灵阿审理了此案，最后因查不到确实证据而作罢（注：《清末教案》，第152-155页。）。
    1854年4月22日， 直隶总督桂良陈上“传习天主教之人应区别妥办折”，报告了他对直隶天主教事务的处理情况。其中云：“自上年到省以来，稔知安肃等县向多习教民人，惟恐与贼匪暗通消息。维时即密派妥员潜行暗访，尚无为匪形迹”。次日，他再次报告捕获潜入内地传教的法国天主教传教士孟镇升，并且说：“此时逆匪未平，难保不互相勾结。惟该民人尚无不法实迹，自应分别办理，毋致激生事端。”（注：《清末教案》，第155-156页。）
    太平天国定都天京后，不断有外国传教士，特别是来自英美国家的耶稣教传教士前往观察访问。太平天国的领袖们称呼这些外国传教士为“洋兄弟”。1860年10月13日洪秀全拜谒习教过的美国传教士罗孝全到达北京，被天王封为义爵，任命为天国外务大臣。他在太平天国一直活动到1862年1月20日（注：顾长声：《传教士与近代中国》， 上海人民出版社1991年版，第73-76页。）。罗孝全等外国传教士和太平天国之间的这种密切交往必然加剧了清政府对基督教会，甚至对所有西方人士的猜疑和防范。1861年3月11日， 总理衙门在一份奏折中报告“查英夷所奉，系耶稣教，与法夷所奉天主教，虽属相似而历询各夷酋，则称微有不同。其金陵所奉之教，与英夷相同。臣文祥曾记上年六月间，有夷人赴金陵传教之事”。因此，总理衙门决定“于接见威妥玛时，旁敲侧击，杜其勾结之念。”（注：（台湾）中央研究院近代史研究所编：《教务教案档》第一辑，第1页。）在这份奏折的前部分， 总理衙门已经提到了照会英国驻华全权公使卜鲁士，“令其约束（英国）兵丁勾结贼匪”。此处在讨论宗教问题之后，又提出在接见威妥玛时要“杜其勾结之念”，显然不仅是要单纯地防止英国军人串通太平军，而且要广泛地防止英国人由于和太平天国共同信仰耶稣教而互相串通起来。可见，太平天国战争已使得清政府不仅增加了对天主教的猜疑和防范，而且对耶稣教也是如此。
    由以上史实可见，这时太平天国运动确实使清政府愈发加强了对全国教会的猜疑和防范，政教关系因此更加紧张。但同时必须注意，由于外国政府的压力依然存在，清政府这时期对全国教会的猜疑和防范都是在有限弛禁范围内进行的，并没有因此废止有限弛禁政策。对那些守法信教的教民，清政府依然承认并保护了他们的正常活动。当时亦有少数官员发现教民并没有勾结太平天国之事，特别是基督教国家并没有给太平天国大力支持，就主张政府应以镇压太平天国叛乱为头等大事，减少干预教会，以免再添事端。如直隶总督桂良的前任纳尔经额早在1853年就提出了这种建议。4月27日， 他报告处理安肃县天主教事务的两条原则，第一是要加强对天主教的防范，第二是不宜过分苛求教会，以防激起事端，破坏大局。咸丰帝有强烈的华夷观念，对外多持排斥政策，对教会亦有相当偏见，他根本不赞同纳尔经额的这种变通措施。他审阅过纳尔经额的此份奏折后，加以朱批：“饬属严速查办，不可使委员等积习相沿，不敢据实具禀”（注：《清末教案》，第144-145页。）。 6月19日，纳尔经额又上“奏陈目前宜缓办天主教折”，再次明确提出“当此贼氛未靖之时，攘外先安内，惟有暂示羁縻，俟南省逆焰消灭，民情安定，然后再行徐图设法办理，缓急之间，似不可不权其轻重也”。此时，咸丰帝仍然没有同意纳尔经额的意见，只对其批复“另有旨”（注：《清末教案》，第150页。）。 当时象纳尔经额这样主张变通之法的人还很少，也没有被咸丰帝所接受，因此清政府继续因太平天国战争而加强着对天主教会的猜疑和防范。