可见，东京审判期间制定的日本和平宪法对日本政治、军事产生了重要影响，在政治上改变了过去以天皇为权力核心的封建体制，建立了民主制政府；在军事上限制战争权力，控制日本武装力量的规模，使日本丧失了发动侵略战争的法理依据。由此，战后日本获得了数十年的和平稳定，创造了日本历史上连续数十年没有一位战死者的记录。
    东京审判又是一场不彻底的审判。我们在肯定其积极成果的同时，也应看到它的局限。东京审判的不彻底，也深刻影响着战后日本，直至今日。
    (一)东京审判不彻底的主要表现
    第一，它没有追究日本天皇的战争责任。战争期间，日本天皇是日本的“唯一最高统治者”，也是“日本军队的唯一最高统帅”[9]7，他“参与了制定国家政策，并向陆海军将领们发布大本营命令；他在制定日本战争战略方面发挥了积极的作用，并指挥了对中国的所有军事行动”[10]10，“无论是1931年日本侵占中国东北，还是1937年日本对中国发动全面侵略战争，抑或对日军在中国犯下的暴行--南京大屠杀、三光政策、虐待俘虏、屠杀平民、开发使用化学武器等，裕仁不仅未采取任何阻止行动，反而嘉奖了犯罪者”[10]522。因此，有学者指出，关于日本天皇裕仁应当承担的战争责任，远东国际军事法庭明确广田弘毅、东条英机等为甲级战犯，以此标准裕仁应该算“甲A”[11]，但是由于多方面的原因，日本天皇最终没有受到远东国际军事法庭的审判。
    第二，它对战犯罪责追究不彻底，受审人数少，而且除少数被处决以外，其余人员很快被减刑释放或无罪释放。东京审判对于战犯罪责的审判过程可谓虎头蛇尾，一共只审判了28名主要战犯，只有25名被判刑，其中东条英机、广田弘毅等7人被判处极刑，荒木贞夫等16人被判处无期徒刑，另有2人被处有期徒刑。1948年底，盟军最高统帅部把岸信介等17名甲级战争嫌疑犯“全部不起诉释放，而且公布说，不再进行甲级战犯的审判”[12]205。战争期间日本国内的几大垄断财阀都是推动侵略战争的重要力量，但东京审判未对他们加以一丝一毫的追究。更为重要的是，日本战犯的服刑都很快草草了事，自1950年10月开始，日本政府在不到两年的时间里，先后对18万左右战时军国主义分子解除肃整，至1958年4月7日，全部战犯都被特赦[13]。
    第三，它没有追究日本战犯的反人道罪，在处理日军南京大屠杀问题上，同样忽略了反人道罪。东京审判的“反人道罪”直接援自纽伦堡审判。纽伦堡审判中处以极刑的12名战犯全部被判“反人道罪”。《远东国际军事法庭条例》虽然明列“反人道罪”，但55项诉因中的第54、55项，即“普通战争罪及反人道罪”中“反人道罪”的含义，却只有“普通战争罪”。因此东京审判的“反人道罪”等于只是个空名，也因此给历史“留下了不能自恰的话柄”[14]。有学者研究指出，侵华日军的反人道罪，至少包括在中国实施最野蛮的“三光政策”，制造出的包括南京大屠杀在内的数以千计的惨案和对城市平民的轰炸，以及强征“慰安妇”、强征劳工等一系列罄竹难书的罪行。但是这些问题都“没有被摆到审判的正面”[13]。东京审判中被判刑的25名甲级战犯，起诉的罪名没有一个是反人道罪，其中包括被判处死刑的对南京大屠杀惨案负有直接责任的松井石根，也不是以反人道罪被处决的[15]。
    第四，它没有追究日本发动细菌战、化学战的罪责。细菌战与化学战是被国际社会所明确禁止的战争形式。日军在侵华战争中投入了臭名昭著的细菌战和化学战，其中代号为731的细菌战部队更是以中国人为实验对象，大肆抓捕中国普通公民以及使用战俘进行试验，产生了极其惨痛的后果。战争结束的时候，“日本军队将化学武器遗弃在中国境内，继续危害中国的居民与环境”[16]。近年来我国齐齐哈尔、哈尔滨、呼和浩特等地相继挖掘到日军细菌战炮弹，并有一定的人员伤亡，日军细菌战、化学战武器贻害至今。然而，在东京审判的所有判决中，并没有追究日本发动细菌战和化学战的罪责。
    (二)东京审判不彻底对日本的主要影响
    上个世纪80年代，日本跻身世界经济强国以来，逐渐刮起了所谓批判“东京审判史观”的风潮，主要内容是全面否定东京审判的积极成果，妄图全面推翻东京审判的判决结果，否认日本在侵略战争中所犯下的累累罪行，美化日本的侵略战争。出现这种状况的原因复杂，可以从日本的地缘政治环境、日本的民族思想文化底蕴、日本国民的宗教信仰、日本的政权基础、日本政要的普遍经历等诸多方面加以总结。但这种状况并非短时间内形成，实际上东京审判结束之后不久，类似的状况就已初现端倪。这与东京审判的不彻底有着密切的联系。
    第一，东京审判的不彻底，为战后日本军国主义思潮死灰复燃埋下了伏笔。东京审判没有把日本天皇列为被告，等于承认日本天皇无罪。日本民众很容易想到，既然战争的最高决策者裕仁天皇都没有战争责任，那么效忠与诚服于天皇的广大国民不必承担战争罪责。因此，虽然远东国际军事法庭惩处了25名甲级战犯，但因为赦免了日本天皇，以及对战犯罪责追究不彻底，大量战犯被减刑释放或无罪释放，而导致了日本大部分民众缺乏广泛深刻的罪恶感，很难在道义和良心上作深刻的反省和认罪。东京审判由于“实际未以‘对人道之罪’作为控诉罪名”[14]，这应该被看作日本“历史修正主义团伙肆意抵赖日本战争犯罪事实，推卸战争责任的重要原因之一”[15]，日本右翼势力有意“将错就错”[14]，进而系统否定其历史上铁一般的侵略事实。他们篡改历史教科书，否认远东国际军事法庭已经确定的南京大屠杀，致使《南京大屠杀的虚构》《南京大屠杀之幻》等颠倒黑白的著作在日本长期畅销[17]191。他们辩称日本军国主义战争是为了实现大东亚共荣的“正义之战”，妄图掩盖其侵略战争的罪恶事实。日本右翼分子甚至以东京审判未追究日军细菌战与化学战为借口，大肆否认日军细菌战事实，反而大肆宣扬日本作为遭受原子弹袭击的“受害国”弱者形象，煽动民众的复仇情绪，为军国主义复活大造群众基础。诚如有学者指出，“那些逍遥法外的战犯们继承军国主义的衣钵，不断煽动狭隘的民族主义，兴风作浪”[18]。可见，东京审判的不彻底由此导致了日本军国主义没有遭到毁灭性打击，这也是军国主义思潮在战后死灰复燃、沉渣泛起的主要原因之一。
    第二，东京审判的不彻底，为战后日本右翼势力抬头提供了便利。战后70年来，日本一些重要的政界人士在对待侵略战争的性质和战争责任问题上，采取含糊其辞甚至公开否定的态度。不能正确对待战争责任，更不肯承认战争罪行。如前所述，因为东京审判不彻底，让一些本应对侵略战争担负重大责任的重要人物逃脱了历史的审判。这为战后日本右翼势力的抬头提供了便利。战争罪犯重返日本社会并继续发挥重要影响的标志性现象，莫过于重返政坛。以两个具有代表性的甲级战犯为例。一是曾任近卫文磨和东条英机内阁大藏大臣的贺屋兴宣，作为甲级战犯曾被判无期徒刑。1958年被特赦出狱的当年即被自民党提名当选为众议员，1963年任池田勇人内阁法务大臣。二是在战时担任东条英机和小矶国昭内阁外务大臣的重光葵，曾被远东国际军事法庭判处有期徒刑7年。重光葵于1951年11月被特赦出狱后很快重返政界，1952年6月当选为改进党总裁，之后顺利进入议会。1954年起，重光葵更是出任内阁副总理与外务大臣。此外，被盟军总部释放的包括岸信介在内的17名甲级战争嫌疑犯，很多人迅速在日本政界和其他领域担任要职，其中任内阁总理与副总理的2人、内阁大臣4人、国会议员6人、政党及政治团体负责人4人、驻外大使1人……[19]可见，在侵略战争中担负主要或重要责任的战犯和战争嫌犯逃脱了应当受到的惩处，甚至很多人还继续在战后日本政治生活中扮演了重要角色。很多被释放后重返日本社会的战犯根本来不及也没有深刻反省与谢罪，纷纷转身成为战后日本右翼势力的发起人。