这项制度始起于何时，目前尚不能细考。万历年间北京宛平县知县沈榜在记叙这项制度时说：“铺行之名，不知所始。盖铺居之民，各行不同，因以名之。国初悉城内外居民，因其里巷多少，编为排甲。而以其所业所货注之籍。”（注：沈榜：《宛署杂记》卷一三《铺行》，北京古籍出版社1980年版，第103页）看来这一制度在明初已有雏形， 并且是从两京首先开始的。当时城内外居民要按其所在里巷编排为里甲，但对铺居之民则还要求“以其所业所货注之籍”，并因“各行不同”，给予不同的名称。大体是经营同一货物的归成一行，以行业名命之，如“等秤铺”、“绒线铺”、“笔墨铺”等等；“注之籍”，就是在官方设立的册籍上登记，内容有姓名、年龄、居住里巷、家庭成员等，其中最重要、最关键的则是“所业所货”，即铺商所从事的行业、所买卖的货物要详细登记在册。明代规定铺居之民只有在官府注了籍，才能成为合法铺行，才有在该城市的居住、贸易权利，否则就是“市井无籍之徒”，要被驱逐出城。
    官府要铺商注籍并将其编排为铺行，其目的是要让商贾这一群体为官方服务，强制他们尽封建义务。“遇各衙门有大典礼，则按籍给值役使，而互易之，其名曰行户；或一排之中，一行之物，总以一人答应，岁终践更，其名曰当行。”（注：沈榜：《宛署杂记》卷一三《铺行》，北京古籍出版社1980年版，第103页。）“无论军民， 但买（卖）物则当行。大者如科举之供应与接王选妃之大礼，而各衙门所领之物，如光禄之供办，国学之祭祀，户部之草料，无不供役。”（注：顾起元：《客座赘语》卷二《铺行》，光绪三十年刊本。）这种差役，就是铺商在注籍之后必须承当的封建义务，又叫铺行之役。归纳起来，在嘉万以前铺商之役大致有两种形式：一是向官府交纳实物，一般是本店货物。如南京的一些铺行就是专为“内府成造上用服色器皿而编也”（注：张永明：《张庄僖公文集·议处铺行疏》，《钦定四库全书》本，上海古籍出版社1985年版。），他们的役，就是为内府提供皇帝用的绸缎绫罗和各种器皿。二是铺户领官银为官府买办物料，这是一种役使。铺行之役在万历以后骤然加剧，以致酿为铺商一大劫难（铺行之役，曾有多篇专文论及，兹不赘述）。
    “商贾占籍”做法实施之初，其主要对象是居住在城市并拥有铺面的坐贾（也叫铺户）。对“旋入旋出”的行商，政府并不强求其必须在城市占籍当差，对他们的控制和征索，是通过向行商发放路引来实现的。行商必须持政府发给的路引才能跋涉贩运，沿途住店过关，路引上开有行商姓名、年龄、原籍、所带资金及货物名称、数量，从何处来到何处去等内容。凭此他们过关涉卡，要交纳一定的商税，但与他们相关的职役却不曾负担。这种情况到明中叶以后也有了变化。
    自正德以后，由于国家长期和平稳定，农业、手工业生产水平有了明显提高，产品较为丰富，全国道路交通得到改善，各地来往日益方便，这些都有力地促进了商贸活动的进行。丰厚的商业利润吸引了越来越多人投身于商业活动，商人队伍日见扩大，逐渐成为社会经济生活中举足轻重的一支队伍。活跃的商品经济刺激了统治阶级对物质享受的无休止的追求，与侈靡之风伴行的纲纪废弛、国用渐亏的政权危机也日呈严重。在这种政治经济形势下，统治阶级采取种种措施，逐步加剧了对商业的重征暴敛和对商人的人身控制。如铺商之役从当行买办发展到召商买办，直至佥商买办。铺商占籍制度也是其加强对商贾科派、索取和控制的内容之一。
    铺行之役发展到召商买办时，原不常参于该役的行商也屡屡被征召赴役，原因是当行的铺户一般只能买办和贡纳朝廷、官府日常所用之物，而对大宗物料如木材、石料、粮食及名贵奢侈品如香料、珠宝玩好等则无力为之，非大行商不能办到。行商遂也成为商役征募的对象。这些暂寓城镇的大行商被纳入了市井占籍范围，而那些“居积货物以至佣贱小贩，自军民匠作以至单贫手艺，凡在生理，无弗占籍者”（注：张永明：《张庄僖公文集·议处铺行疏》，《钦定四库全书》本，上海古籍出版社1985年版。）。即使有些生员因生计所迫，而借父兄子弟的铺面进行经营，“以资课业”，被认为是“士人窜身市籍者”，也要“概编之”（注：马歘：《下雉纂》，转引自谢国祯《明代社会经济史料选编》第8章《工商业政策及其他》，福建人民出版社1981年版，第268页。），让其占籍应役。锦衣卫官校经商者也不例外，于是在两京及一些重要的商业城镇，如临清、苏州等地，甚至一些县城，都有了“非占商籍不许坐市廛”的成规。明中叶以后，商贾占籍范围大幅度扩大。
    流民、逃户一直是明政权户籍管理中的一个棘手问题。明前期各朝皇帝都采取过多种措施，使其回故地复籍，但收效不大。进入明中叶后，流民、逃户更成为一个重大的社会问题，并且强令他们回原地复籍的做法也行不通了。于是成化年间，政府对流民逃户实行了变通政策：有条件地允许他们在当时所在地附籍，即允许他们可以不再应承原籍差役而在当地纳税当差。嘉靖初，政府正式颁令：凡流民、逃户在流寓之地“置有产业、住种年久者”，准其在当地“附籍当差”（注：万历《大明会典》卷一九《流民·附籍人户》。）。六年（公元1527年），政府对长期脱离原籍在京师经商者予以同样的待遇：“京师附住各处军民人家，除浮居客商（作者注：有关浮居户后详）外，其居住年久，置立产业房屋铺面者，责令附籍宛大二县，一体当差。”（注：万历《大明会典》卷一九《流民·附籍人户》）这一附籍政策同时也施及于全国其他地区。如侨寓在江南的“其实有田产、坟墓在江南，与入籍之例相符者，准其呈明于居住之州县入籍”（注：周庆云：《盐法通志》卷九九杂记三《两淮商灶籍学额》，鸿宝斋1928年排印本。）。稍降至隆庆万历年间，在扬州的“有祖宗坟墓、邱陇成行，已历数世于此，长子育孙”的各省盐商，“占籍州县者凡数百家”（注：庞尚鹏：《百可亭摘稿》卷二《比例建学养育人才以励风教疏》。）。万历、天启年间有许多徽商在山东临清附籍（注：谢肇淛：《五杂俎》卷一四，事部二记，“山东临清，什九皆徽商占籍，商亦籍也”，中华书局1959年版。）。成化年间对离原籍者还有一种安置政策，叫寄籍，即允许一些在故籍还有产业，或家中有丁力支持原籍所业、而自己经年在外、又不想完全脱离乡土者，可以保留原籍在寓地挂籍寄居。这一政策同样适用于离开乡土的商贾。嘉万年间，山陕、徽州诸大姓商人向两淮纷至沓来，“河津、兰州之刘，襄陵之乔、高，泾阳之张、郭，西安之申，临潼之张”都“兼籍故土，实皆居扬”。歙县的程、汪、方、吴诸大姓，“也累世居扬而终贯本籍”（注：嘉庆《江都县续志》卷一二，转引自张海鹏、王廷元主编《明清徽商资料选编》，第109页。）。特别是徽商， 他们一般都以寄籍的方式在外经商， 其“寄籍者十之五六”（注：万历《歙志》《货殖》： “九州四海皆歙客，即寄籍者十之五六。”转引自张海鹏、王廷元主编《明清徽商资料选编》。）。在前文中有附籍“除浮居客商外”语，明言浮居客商不得附籍，但实际上在有些地方，浮居客商只要置下铺面，当地政府就将他们看作寄籍。明王世茂《仕途悬镜》载：某县按例造册（黄册，当地称烟门册）以备清查，其主要户别依次如下：正户（有田人家）、副户（有田别居者）、佃户（佃人田种者）及浮户。浮户的具体所指是：“凡无田工伴、或别作生理、异籍寄居、或开张铺面者皆是。若无业之人，不列名浮户者，即系流棍歹人，查出另议。寄居有田者，仍入正户之内。”（注：王世茂：《仕途悬镜》卷二，转引自谢国祯《明代社会经济史料选编》第6章《户籍和土地制度》，第9-10页。）浮户的登记内容有姓名、字、号、年龄、住地、房屋、生理、子孙、佣仆等项。可见所谓浮户，也是官方户口登记册上的一项寄籍者的注籍。总之，无论附籍还是寄籍，都是对原先较为疏松的铺商占籍制度的补充和完善，实际也是对商贾人身控制的强化，为进一步盘剥勒索作了前期准备。