嘉靖万历年间，商役日趋严重。朝廷、地方官府遇有需求，无论大小，即便锱铢小事如笔墨纸张之类，也都召募占籍铺商去买办。商人应召服役，不仅费时费力，更有赔貱之苦。这种买办照例应该是“官给其直（值）”的，可是一是官府所定官价大大低于市价，二是官府常常借故不给其值，三是货物“一入衙门，则胥徒便视为奇货，措抑需索，无所不有”（注：顾起元：《客座赘语》卷二《铺行》，光绪三十年刊本。），以致使铺商难以承受。在这样的重役下，铺商往往占籍才数年，“富者必贫，贫者转徙”（注：张永明：《张庄僖公文集·议处铺行疏》，《钦定四库全书》本，上海古籍出版社1985年版。），几成为当时社会的普遍现象，一些铺商甚至“一挂商籍，其家立罄”（注：王元翰：《凝翠集》《圣泽诞被困商偶遗疏》，引自《云南丛书》集部之七。）。因此，商人们对官府征召，不仅召之不来，而且避之唯恐不及。豪右铺户的做法是以厚贿营求优免。锦衣卫行户则以权营私，略交铺行“协济银”蒙混过关（注：《明世宗实录》卷五五七。）。而一般铺商则只能以逃籍相抗，他们或者逃离占籍地，或者“变易姓名”、“冒合匠户”，或其他职业户，如投充军户中的校尉、力士等。其结果是真正能被应召服役的人数骤然减少。先是朝廷规定全国户籍黄册十年一更造，更造时各地对所在的人户实行清审。城镇铺行在永乐时也规定十年一清审。至时，为使有足够的商人占籍以供差役，嘉靖四十年（公元1561年），朝廷颁发了“应天府各色商人清审编替五年一次，立为定制”（注：万历《大明会典》卷四二《铺行》。）的命令。不久，万历帝又令顺天府及宛平大兴等县参照应天府事例，也实行五年一审制。原先的铺行清审是对确已转业、破产或亡故者除其名，对以前漏登者和新开张铺面者重新注籍、编排在册而已。而此时，清审由“官司密钩，若缉奸盗”（注：《明史》卷八二《上供采造》，中华书局1984年版，第1992页。）般地组织力量，对所居人户“无分军民官舍之家，逐一挨门”（注：汪应轸：《青湖文集》卷一《恤民隐均偏累以安根本重地疏》，转引自《明经世文编》卷一九一。）进行搜查，然后强佥富户为商，实际这是佥民占籍，更是逼商应役。铺行清审已不折不扣地成为官府强敛百姓的一种手段。于是铺商乃至城市中的一些富家大户一闻清审，犹如“牛羊鸡犬赴屠，其觳觫之状，悲鸣之声，直欲使天光尽黯”（注：《明神宗实录》卷四五一。）。这是一幅多么令人触目惊心的图景。
    明中叶以后，铺商占籍制度的变化还表现在对他们的户等划分上。元代将民户划分户等，明代依旧。弘治中至嘉靖初，中央与一些地方州县始有以铺商“赀之丰歉，居货之多寡为差”，分他们为上中下三等，“令各占籍”（注：嘉靖《增城县志》卷九《政事志·民赋类》，天一阁藏明代方志选刊续编，上海书店1990年影印本。）的要求。嘉靖四十五年（公元1566年），明政府采纳给事中赵格的建议，在对铺户清审的基础上，正式据其生理丰约，将在京宛大二县的铺商分为三等九则（即上上、上中、上下、中上、中中、中下、下上、下中、下下），录入册籍，并根据等则征收代役银（注：沈榜：《宛署杂记》卷一三《铺行》，北京古籍出版社1980年版，第103页。）。南京也照此实行。因此，全国一些地区在铺行的册籍上进一步明确了户等，使征派他们有了明细的依据。明代铺商的占籍制度也较前有了发展。但是，当时划分户等，统计不可能达到精确的程度；籍名在官者，不论其资产多少、户等上下，都要征银，它仍然基于铺商所具有的封建劳役义务的身份关系上。因此它徒有赋商货之表（似以商贾资产和赢利为据，确定户等，再以征银），却不脱赋人头之实。而且征银行之不久，官府又责在籍铺户领价买办，继续用其役力，从而达到了对商贾财、力的双重盘制。
    三、“商籍”的设定
    如上所述，明初人户各有定籍，不得随意变乱。然而，明中叶后由于社会发展的根本原因，加上国家长期基本处于安定环境，因此生齿渐繁，户口分合、流移，有脱籍，更有附寄籍者，全国户籍（除民籍户较稳定外）发生了很大变化。明初所定军、匠诸籍，多虚尺籍，其子孙“或耕，或商，或读，或吏，不复知有先世之业”（注：王夫之：《噩梦》，转引自谢国祯《明代社会经济史料选编》第8 章《工商业政策及其他》，第291页。）。由于受“商贾之获利三而劳轻”的影响， 商业成为人们热衷的选择，因此户口流向商者为多。
    同时，经济形势的变化又带来了赋役、货币，包括盐法等方面的变化，行商得到以折色代役（赋）的便利，能安心寓居一地，相对稳定地经营商贸。特别是盐商，自从“开中”制改为“开中折色”后，他们由原来的纳粟边境改为纳银运司以领取盐引，解除了远涉之苦，于是向盐业集中地（尤其是两淮、两浙）麇集，并定居下来。他们积极在当地购置产业，建筑房屋，营造坟地，以求取得附籍或寄籍权。他们及其子孙“婚姻于兹，衣食于兹，与土著世产者非有别也”。而他们一旦返回故里，反遭到指责，“谓其言语不相通，面貌不相习，又无产业可考”。故乡人“群以冒籍攻击之”（注：康熙《两淮盐法志》卷一五《风俗》，吴相湘主编：《中国史学丛书初编》，台湾学生书局1966年影印本。）。显然，他们长期脱离原籍地，祖籍已经得不到承认，原来是军是民是匠对他们几乎都无什么实际意义了。他们真正的位置在职业所在地。明中叶后行商，特别是大盐商在侨寓地普遍土著化的趋势已经相当明显。然而，唯独在参加科举考试中原籍还是有其不可替代的作用的。
    明代科举，不管哪一级考试，应试者都必须填报体现本人和家庭身份的所谓原籍。“明制，设科之法，士自起家应童子试，必有籍，籍有儒、官、民、医、匠之属，分别流品，以试于郡，即不得他郡试。”（注：许承尧：《歙事闲谭》第29册，转引自张海鹏、王廷元主编《明清徽商资料选编》，第486-487页。）明朝政府原则上不承认在原籍所在地以外的地方应试，更有严格的“冒籍之禁”。因此，外寓人员参与科考一不能遗弃原籍，二往往要徒劳往返，去百里千里外赴考。
    明代盐商和历代盐商一样，依然是商人中得利最巨的一类。但他们在财富方面获得巨大成功以后，得到的只是锦衣玉食以及奢侈的物质生活，为了要光耀门庭、提高社会地位，他们寻找的唯一出路是跻身官场。于是他们热衷于科举，希望科举能使商贾改变身份，并为商人子弟入仕提供最佳机会。而政府对盐商参与科举一向采取一种变通的办法。元代，河东盐场就专为盐商设立了“运学”，其受注册学生称为“运籍”，运籍学生允许在所属运司应试。明初运学一度废除，至正统初年，河东恢复“运学”、“运籍”。但有些大盐场如两淮、长芦等仍不设运学，盐商子弟可附籍应试，取得专门额例。当时这种附籍虽未称商籍，但却是为商人设专籍的先导。
    关于两淮、两浙盐商“商籍”的设立，日本学者藤井宏、寺田隆信和中国学者张海鹏、王振忠等先生早就作过详赡的论证。综合他们的学术成果可知，于万历十三年（公元1585年），两淮正式设立“商籍”。不过此“商籍”中“且有西（山、陕）商”，而无“同省地近”的徽商，徽商仍只可附籍应考。两浙盐商及其子弟，于嘉靖四十年（公元1561年）即“比照河东运学事例，具呈巡盐都御史鄢懋卿批提学道议允，行运司录送”，让政府同意他们在盐场“附民籍收考”。两淮设“商籍”后，在两浙引起极大反响。万历二十八年（公元1600年），在徽人吴宪、汪文演的倡议下，两浙盐商及其子弟，极力向“台臣”争取，得到了巡盐御史、徽商之同乡叶永盛的特别关照和支持，也设立起“商籍”，同时又得到朝廷的承认并加以重视。朝廷有令，“在浙行盐商人子弟，凡岁科，提学使者按临取士，照杭州府、仁和、钱塘三学之数，另占籍贯，立额存例”（注：此引主要据日本学者藤井宏的《新安商人研究》（《江汉论坛》编辑部：《徽商研究论文集》1985年版）、寺田隆信的《山西商人研究》（山西人民出版社1986年版）以及中国学者张海鹏主编的《徽商研究》（安微人民出版社1995年版）等著作。）。“商籍”的设定，使两淮、两浙的盐商及其子弟，不必再为上进、科考而徒劳奔波，同时又确保了国家对盐税的征课，甚至增额，真所谓“庶商籍广而世无迁业，赋有常经也”（注：雍正《两浙盐法志》卷一五《商籍》。）。“商籍”既方便于商家，也有利于政府。