但是，好景不长，这种良好的状态大约也只是维持了十年左右。在张居正死后，神宗亲操政柄，并在彻底清除张居正和冯保势力之后，情况就有了极大的改变。
    万历皇帝因为贪恋酒色，身体状况日渐衰退。到万历十四年九月十六日以后，神宗因病连日免朝。到了万历十五年二月，神宗干脆传谕内阁：暂免经筵。当时，沈德符也曾感叹道：“今朝讲久不举行。此典希绝矣。”[5] 补遗卷1，《文华殿》至于“万历末年，帝怠于政事，章奏一概不省”。[6] 卷35“明言路习气先后不同”就连视朝理政也能免则免，更不用说御经筵了。至此，经筵之制几乎形同虚设，直至最终被明令废止。
    经筵发展到明代万历年间，作为一种规范化的制度，它本身具有一套特定的仪式及经筵官员的选拔制度。下面分别作一论述：
    1.经筵制度的仪式
    作为帝王“缉熙圣学”的盛典，经筵有一套繁琐的仪式。特别是新皇帝嗣位后首次开经筵及每季之初开讲日，更是礼仪隆重，为天下观瞻。经筵地点设在文华殿。
    关于经筵制度举行的仪式，《明史》卷55《礼志》及陆深所撰的《经筵词》中有较为翔实的记载：
    经筵仪式通常由鸿胪官来主持，当赞礼官宣布进讲开始，二名讲官分别从东、西班走出来，到讲案前，朝北站立，接着是讲官向天子叩头，叩头毕。展书官上前把所讲之书展开。东班讲官首先报告今天所讲授《四书》中的某一部分内容，西班讲官接着报告所讲授经史中某一部分内容。开讲的顺序是先讲四书，后讲经史，这是明代祖制所规定的。经筵官员们身着大红袍，分东西两边站立，而展书官以下官员则穿青绿锦绣官服。东西两边，还站着御史，给事中及侍仪官各三人。他们的职掌是观察经筵礼仪。讲读结束后，鸿胪官出列跪在中央，赞礼完毕后，东西两班官员皆转身朝北，聆听皇帝的天语纶音。皇帝曰：“官人每吃酒饭”，于是全体官员皆下跪接旨谢恩。这时，光禄寺已在奉天门之东庑设下酒宴，以款待参加经筵的全体官员。
    隆庆元年(1567)定制，经筵前两日讲章进呈御览，前一日告奉先殿，开讲日皇帝先到文华殿左室展礼先圣先师，用羹酒果脯帛设祭，然后再御经筵听讲。所祭有皇师伏羲氏、神农氏、轩辕氏，帝师陶唐氏、有虞氏，王师夏禹王、商汤王、周文王、周武王，九帝面南；东为先圣周公，面西；西为先师孔子，面东。后来在文华殿东特辟传心殿祭孔子等人。
    实际上，经筵制度蕴涵着政治意义，它也是皇权的象征。所以我们所见的并不单纯是皇家讲学的排场和繁文缛礼，更重要的是用此来表示皇权的威重和至高无上，以区别于民间士民的普通讲学。正如当时的大臣形容它：“国家经筵之设，其盛矣乎，天子自正朝御辇文华，公侯九卿大臣盛服侍列，羽林之士皆环列以听，经筵一开，天下欣欣焉，传之以为希阔之典。”[7] 卷155《陈愚见以裨圣学事疏》
    2.经筵讲官称谓及人选
    知经筵事：总领经筵讲读事宜。正统初例定由挂师保衔的公、侯品级勋臣一员和内阁首席阁臣担任。以后，勋臣任知经筵事遂成为一种循例的故事，实际全部由内阁负责。而且知经筵事成了确定内阁首席阁臣身份的唯一法定标志。
    同知经筵事：协助知经筵事总成事宜。由殿阁大学士及兼翰林院学士衔的尚书、侍郎等担任，人数二三员不定。
    经筵官(讲官)：负责经筵讲读。由兼有翰林院修撰以上职衔的各衙门高级官员、国子监祭酒等担任，额无定员，视讲读需要增减。正统初定称“经筵官”，万历初张居正秉国兼知经筵事时，正式改其称谓为“经筵讲官”。
    日讲官：负责日讲。上至大学士，下到翰林院侍讲、侍读均可担任，一般由翰林院各官进讲，额无定员。
    侍经筵官：参与经筵仪式，随值侍班，不负讲读之责。这是经筵官序中较为特殊的职务。他作为一种特殊的“荣典”，由皇帝特旨授予奉诏侍班的公、侯、伯及大小九卿堂上官(讲官由会推)。初为昭显经筵隆重而设，后演变为非翰林院出身的大臣们的一种特殊待遇，额无定员。
    另外还有展书官、书写讲章官、执事官等。
    由此，我们可以看出，经筵官几乎没有专职，皆由勋臣、阁臣及翰林官兼任。经筵官虽是兼任，但是作为皇帝的讲官，被视为是一种殊荣，一般皆由名儒大师、朝廷重臣深受皇帝恩宠者担任。
    3.经筵讲官的待遇和地位
    经筵制度除了重点在于儒臣为皇帝讲经论史之外，在程序上还有一个重要的环节，就是讲完之后皇帝要御赐酒饭。“经”、“筵”两者合而为一才是经筵制度初创时的本意。经筵酒饭规格，据《大明会典》记载：“每桌细茶食四碟，馓子一碟，果子五碟，按酒五盘，点心一碟，攒菜一碟，汤三品，菜四色，饭一分，酒六钟”，饭毕经筵官向皇帝叩头谢恩。明代皇帝赐宴以经筵宴最为丰盛，经筵官在饱餐之后，还允许他们带领家僮、仆人等，拿了饭盒框篮之类，收拾吃不完的酒菜，打包带回。这一点可以在沈德符的《万历野获编》补遗卷1《文华殿》中得到证实。书中记载：
    及讲毕事，又赐酒饭于左顺门，今改会极之北，实奉天门东庑也。光禄官珍馐良酝，二署设宴，惟此为第一精腆。讲官家人，以及隶胥，俱得随入，挈馂余以归。先人每自讲筵返邸寓时，余甫龀亦得尝。