果不其然，在道安师徒离开不久，石勒的养孙汉族将领冉闵发动政变，尽诛石氏子孙，并利用胡、汉之间的矛盾，发起战争。后赵太宁元年（349），冉闵宣布：邺都胡人一律不得携带武器，违者处斩。命令一下，胡人恐慌，纷纷逾城而出。于是冉闵又下令：“与官同心者住，不同心者各任所之。”之后，邺都周围百里以内的汉人纷纷进城，城里的胡人纷纷逃出城外。冉闵看到胡人与自己不同心，下令对胡人大开杀戒，刹那间，邺都城里城外血肉横飞。几天之内，胡人被屠杀20多万人。这场民族大屠杀激起了北方各少数民族的强烈反抗，北方大乱。
    就在冉闵挑起民族大仇杀前后，道安带领徒弟们离开牵口山，进入山西境内护泽（今山西阳城地区）。师徒隐居长达一年多时间，生活极其艰苦。但僧众以苦为乐，每日精进修学，坚持参加每一次的佛法活动。道安利用业余时间，与冒着战乱前来探望他的同仁道友共同切磋，对有关经卷进行详细解析，最后由他执笔写成《阴持人经注》、《大道地经注》、《大十二门经注》等佛学著作，为发展佛教注经事业做出了自己的贡献。
    中原大乱不止，道安师徒无法在护泽山区呆下去，于是北上到达飞龙山（今山西浑源西南）。在飞龙山避难期间，道安在佛学思想上开始和当时在佛学界颇有影响的“格义”学派发生分歧，对用“格义”方式来解释佛经的内容产生质疑。
    格义就是指用中国文化原有的名词，特别是用中国哲学中老庄哲学的概念去解释佛经中的名词、概念。由于佛教是外来宗教，它赖以产生流传古印度社会的历史文化背景，和中国社会存有一定的差异，因而在思想方法、概念范畴方面，同中国社会本身的学术思想范畴不同。一般具有相当文化水准能够翻译、讲解佛经的中国僧人，大多出自封建地主阶级家庭，他们深受中国儒释道传统思想的熏陶，尤其是受魏晋时期玄学思想的影响。这种固有的思想，必然自觉与不自觉地反映到他们对外来佛经的理解上。道安早年饱读儒家经典，研习佛经时也摆脱不了“格义”。但随着他佛学功力日益加深，逐渐认识到“先旧格义，于理多违”（《高僧传·释僧光传》），认为附会老庄思想解释佛家经典，有时会偏离佛教本义。因此，他批评“格义”，认为用这种方式阐释佛经不完全合适。
    其实，一种外来宗教，要在中国社会存在发展下去，就必须适应中国的文化气候，若不与传统的中国文化相结合，便很难在中国长久立足，更不可能长期稳定发展。从这个意义上来说，道安不推崇“格义”，反对站在中国传统文化基石上去理解把握佛教，他追求本源，决定弄清佛经本义，发愿弘扬印度佛教教理本旨。
    公元354年，战乱依然如故。鲜卑前燕政权逐渐攻占了河北大部分地区，氏族人建立的前秦政权也迅速在关中崛起，新起军阀集团连年混战，河北地区又接连发生旱灾、蝗灾，庄稼无收。道安师徒无法在河北地区继续久住。
    公元362年，道安率领数百人的僧团离开河北进入河南王屋女林山（河南济源县西北），在这里停留一段时间后，渡河进入陆浑山区。数百人的僧团，生活饮食没有足够的保障。平日只能吃各种野菜，甚至树皮草根。长期营养不良，身体消瘦。在如此艰苦的环境下， 道安师徒依然坚持修学讲论，绝不耽误佛业。道安由一个年轻的佛弟子，经过刻苦的磨练成为了名扬全国的佛学大师。他弘扬佛法的辉煌事业，正式凭借这20多年的坚实基础，一步一个脚印地发展起来的。
    分遣门徒去吴蜀 独率僧团赴襄阳
    公元364年，前燕军队进攻河南，很快便攻占了许昌、汝南、陈郡等地。第二年，燕军直攻陆浑。为了躲避战乱，道安师徒四百余人决定离开北方，取道南下，投奔东晋统治下的襄阳。
    南下途中，道安反复斟酌这样一些问题：数百人的僧团队伍，到底有没有维持下去的必要？自己的弟子已经逐渐成才，其中不乏出类拔萃的佼佼者，究竟要他们在自己身边呆到什么时候？何时让这些佼佼者独闯天下，自立门户，弘扬佛法呢？考虑再三，道安最终决定：分遣门徒，四出传教。
    行至新野（今河南新野县），道安集合门徒宣布：“今遭凶年，不依国主，则法事难立，又教化之体，宣布广布。”众门徒一致表态：“任凭法师指教。”于是，道安让一部分门徒下扬州，一部分门徒赴巴蜀，自己带领其他僧徒，按原定计划南下襄阳。
    赴扬州的一路徒众，有道安门下杰出的弟子竺法汰带领。竺法汰是道安早年的佛门同学，气宇非凡，精于言辞辩论。在乱世中他追随道安，与道安结下患难情谊。南下襄阳途中，竺法汰支持道安分徒传教的主张，行至新野后，按照道安的吩咐，带领僧徒40余人赴东晋统治下的扬州传教。竺法汰不负所望，他与弟子们在扬州传教活动，在东晋上层社会产生了巨大的影响。
    赴巴蜀的一路徒众，领队的僧人叫释法和。他也是道安早年的佛门同学，对佛经进行过深入的研习，具有相当深得佛学造诣。在他们入蜀之前，巴蜀地区僧人很少，更别说听闻佛法了。释法和率众人入蜀后，行游四方，弘扬教理，造成“巴蜀之士，慕德成群”（《高僧传·释法和传》）的巨大影响。蜀中人士对他极其尊敬与信服。佛教在四川地区逐渐传播发展并日益兴旺起来。
    新野分徒，是道安一生佛教事业的重大转折点。在此之前，道安师徒避乱离俗，长期隐居山林，刻苦钻研佛法。虽然这一阶段的佛事活动规模不大，具有一定的封闭性，但这一阶段却是能量积累的重要时期，道安本人在这一阶段最大的贡献，就是创立和发展了道安僧团。新野分徒后，道安将僧团划分为三部分，走向社会广阔天地。无论是偏远的巴蜀，还是富饶的江南，还是南北交汇的襄阳地区，弟子们把道安作为弘扬佛教的领导人。新野分徒前历经艰辛的传教行动，使道安深有感悟，认识到如果不取得王权的合作与支持，单凭佛教徒的独自努力，要将佛法弘扬四海，几乎是不能实现的。基于这样的认识，道安在新野分徒时提出了“不依国主，则法事难立”的至理名言。这句话既是道安对自己长期从事传教活动的经验总结，同时又是对佛教传播发展原则的高度概括，在方式策略上指明了努力的方向。