第二，在哲学思想方面，严复的历史功绩主要在于两个方面：一是宣传进化论，二是提倡唯物论。从哲学发展史的角度来看，主张进化发展，提倡变法维新，无疑对中国传统哲学中“天不变，道亦不变”的概念做了根本的否定；与进化论相关的“人定胜天”的认识，也在充实、发挥中国古代哲学积极因素的基础上，具有了更多的唯物主义的倾向。关于对唯物论的阐发，严复则多是结合翻译西方著作时对中西方哲学思想的梳理而展开的。他认为，世界是由物质构成的，“物之存亡，系其精气，咸其自己，莫或致亡”，“非人之能为存亡也”。就是说，物之存亡都是它自身的精气所决定的，不以人们的主观意愿为转移。在这一点上，中国古代哲学家老子所说的“道”就是自然，就是以太，“道即自然”。这就坚持了唯物论的基本立场，从而高于康有为等维新派在“以太”问题上的唯心论。基于这一观念，他还明确区分了中国哲学史上所存在的唯物主义和唯心主义两大派别，并结合自己的译书工作，对荀况、刘禹锡、柳宗元等唯物论思想家加以推崇，对孟子、韩愈、程朱陆王等唯物心论哲学家的加以贬斥，并引古希腊唯物主义哲学家德谟克里特的原子论，来佐证唯物论的正确性。
    为了推行维新主张，严复还针对清末流行的“中学为体，西学为用”的主张，提出了“体用为二”的原则。他认为，体与用应是一个问题的两个方面，是不能分开的。“体用者，即一物而言之也。有牛之体，则有负重之用，有马之体，则有致远之用。未闻以牛为体以马为用者也……故中学有中学之体用，西学有西学之体用，分之则两立，合之则两亡。”从理论上看，严复的这种认识并不完全正确，但在当时，却在反对洋务派名为新政，实则妥协投降的“中体西用”观方面，起到了积极的作用；同时也为资产阶级世界观和政治制度在中国的广泛传播，提供了积极的思想基础。
    但与此同时，严复的唯物主义观点并不彻底。当他批判唯心论时，又说外力作用决定着事物的发展，从而陷入机械唯物论；当他自觉地表明自己的哲学观点时，又往往回避唯物主义和唯心主义两条路线的对立，而以一个超然者自居，采取了中间派的态度，说自己是一个不可知论者；当他尖锐地批判陆、王心学并攻击封建主义的旧学时，他要求人的主观认识符合于客观实际；而当他声言自己是不可知论者时，便背弃了这个基本立场，说客观实际虽然存在，但人的主观认识是否最后能够符合于客观实际，那就不是人所能知道的了。所以，尽管他坚持着外物是客观的存在，并且是人的感官意识所由发生的原因，即他所谓“有外因，始生内我”，然而，只要他认可“因果同否，必不可知”，就转向了唯心主义。这表现出严复在反对旧学斗争中的软弱性。
    第三，在经济学方面，严复是介绍资产阶级古典学派经济理论到中国来的第一人，也是介绍资产阶级庸俗经济学到中国来的第一人。他的经济思想，主要体现于《原富》的翻译之中。在翻译这部书时，他加入了多达300余条，共计数万字的按语，系统介绍了西方古典政治经济学的基本原理。并根据这些原理，结合中国进步的经济思想，针对当时的现实，批判了阻碍资本主义发展的各种经济学说和政策，并对中国经济的改造提出了意见，即全盘接受资本主义并发展工商业。为了保证资本主义经济的顺利发展，严复认为必须反对清政府的官办政策及其他经济上的干涉政策，主张“自由平通”，听任民族资产阶级自己发展工商业的民办政策，以促进经济发展。与此相联系，严复反对清政府各种阻碍经济发展的腐朽制度。如他认为不裁减兵额，就不能增强战斗力；不整顿官制，就不能提高行政效率；不增加官俸，就不能禁绝贪污。不仅如此，严复还试图反对帝国主义在中国的种种特权，以从根本上维护资产阶级的经济利益。他反对领事裁判权，反对客卿干政（即帝国主义侵略者干预内政，如赫德担任中国要害部门海关的总税务司），更反对关税协定等等。他还认为，在工业方面，最重要的是“大生财能事”，就是拿最少的工力生产最多的物品，但这决不是减低“庸率”（工资）以求工力的减少，而是应该讲求采用新机器。严复的这些主张，一方面代表了民族资产阶级在政治上争地位，在经济上求发展的愿望，一方面也体现出反对帝国主义对中国进行经济渗透、侵略的爱国主义情怀。但从他的论述过程中，可以看出他所借以论证自己观点的论据，有些仍然是从封建经典中借来，有些则不切实际，体现出他思想上的折衷性与软弱性。而他天真乐观的商业资本主义的想法，在中国半殖民地化日益显著后，也不可避免地要遭到破产的命运。
    第四，在学术研究的方法上，严复对于西方逻辑学最为着意，这就是他所谓“于学术则黜伪而存真”的科学方法。他在自己的著作及译作中对此均有涉及，还专门翻译了约翰·穆勒《名学》及耶芳斯的《名学浅说》两部逻辑学专著，并撰成逻辑学著作《政治讲义》。严复认为：“诸公知学问之事，往往因所由涂术不同，其得果因而大异”（《政治讲义》）。因此，逻辑学才是西方学术的命脉所在。严复在介绍西方逻辑学的过程中，对归纳和演绎同时进行研究，但从思想观念上看，他更重视归纳法，他翻译的《名学浅说》、《名学》，其侧重点也在讲归纳法的理论与方法，他的一些按语与著作中，也明显地表露出对归纳法的赞赏：“吾党之言政治，大抵不出内籀之内”（《政治讲义》）。1900年起，严复在上海开名学会讲演名学，首开讲习逻辑学之风，以《易》、《春秋》之旨比附逻辑，并运用实证的方法来批评中国传统的心性哲学。“一时风靡，学者闻所未闻，吾国政论之根柢名学理论者，自此始也”（王蘧常：《严几道年谱》）。严复所介绍的逻辑学之所以会产生如此大的影响，主要原因就在于它从新的角度，对中国传统学术进行了再认识。严复认为，中国的学术尚在混合的阶段，如中国的经学，就包括有哲学、政治、文学、社会风俗等，此在西方古代本亦如是，但如今其哲学已与神学相离，心理学已与哲学相分。故而中国学术是不严密的，不科学的。与此同时，他又对中国传统经典中的逻辑学因素做了一些研究，并在此基础上对其进行充分肯定。如他十分推崇《易经》，说它是一部数学、力学、逻辑学等学科的综合著作。由此可见，严复依据自然科学的归纳方法论去批判旧学，在当时文化思想领域内，是有贡献的。他开创了近代中国逻辑思想史的研究领域，明确论述了发展逻辑思维能力，掌握科学的逻辑方法的重要意义；并最早从逻辑方法论角度对中国古代学术进行了反思，对中西逻辑学说作了比较研究。但当他夸大归纳法，甚至认为依靠归纳法就可找到社会历史的规律性，他在理论上便走向了错误。例如，在谈到历史研究的目的时，他反对把历史的研究归结为考据与辞章，主张“以前事为后事之师”，又认为应该用“最新最善之涂术”去进行研究工作。这一主张与传统的经世致用观念相较，虽然有其积极意义，但从本质上来说，依据这种方法，是不能找到历史的因果关系的，充其量只能对历史上的某些事实加以排列、分类，或者把某些表面相同的现象设想为“公例”而已。这种理论上不完备性使得严复在运用这些理论解释社会现象与指导实践中屡屡受挫，最后不得不在自己曾激烈批判过的“中学”与极力推崇的“西学”之间寻求一种妥协，从而走向时代的反面。