党的十一届三中全会以来的我国农村经济体制改革，给农村社会经济组织系统所带来的深刻变化，集中表现在以下两个方面：一是废除人民公社，实行家庭承包经营，再造农村微观经济组织；二是突破传统二元社会结构，朝着城乡一体化与城镇化方向迈进。在家庭承包制的基础上推进城镇化，是引导农民群众走向富裕的必由之路。
    一、低效率的人民公社体制
    受50年代中期我国所选择的超前工业化经济发展战略的制约，我国国民经济的运行机制，必然是排斥市场机制的高度集中的计划经济体制。而以高度集中的计划经济为基础的中国传统农业经济体制，是由以下几个支柱来支撑的：一个是政社合一的农村人民公社；一个是带有国家垄断性质的统购统销；一个是城乡分割的二元社会结构。
    实行农产品统购统销，是以强制性的低价收购取代正常的商品交换。由此而引发了这么两个基本问题：第一，如何保证农产品低价收购的实现；第二，如何保证农业在缺乏价格刺激的情况下，可以维持并有所发展。农村人民公社体制，则是通过农村基层经营主体的再造，从微观上为农产品统购统销目标的实现，提供了组织制度的保证。即以强化国家行政干预为重要特征的政社合一的农村人民公社，在国家与农民之间，形成了一个利益缓冲体，它既能够在国家与农民发生利益冲突时，起着缓冲的作用，又便于政府贯彻自己的意图，落实农产品生产与收购计划。这是因为，价格对农产品生产的调节作用，主要是通过农产品价格运行机制，对直接生产者农民的经济利益的影响来实现的。而从我国的实际情况看，降低和削弱价格对农产品生产的调节作用，主要是通过改造农村微观经济主体，弱化微观经济利益在其决策中的地位来实现的。具体表现在，从个体农户转变为公社、生产大队、生产队三级所有，而以生产队为基础，这本身就削弱产品价格和产品收益对其生产决策与销售决策的影响。我国以往长期实行的政社合一的农村人民公社制度，其决策者--生产队长已经不单纯是生产队利益的代表者，同时反映政府的意志和政府的利益，否则，随时都有被撤换的可能。何况，政社合一的农村人民公社，通行的是下级服从上级的原则，当微观经济主体（生产队）的利益与宏观经济利益发生矛盾时，在一定程度上是会通过牺牲微观经济主体（生产队）的利益，来确保宏观经济的利益。当然，从以个体农户作为基层生产经营单位，到以生产队作为基层生产经营单位以及与此相联系的基本核算单位，也使得农民与生产队的利益关系，远不如以往家庭成员与家庭细胞的利益关系那么密切，这就使得生产队的生产经营行为，有可能在较大程度上偏离微观经济利益最大化原则，服从于农产品统购统销任务的完成。
    在农业全盘集体化经济基础上发展起来的人民公社化经济，已经不仅仅是农村社区农户之间的权利合作关系，就其实质而言，它是国家控制农村经济权利的一种形式。这集中表现在国家通过指令性的生产计划、农产品统购统销、限制自由贸易、关闭农村要素市场以及隔绝城乡人口的流动，使国家实质上成为农村人民公社生产要素（土地、劳力、资本等）的第一决策者、支配者和收益者。农村人民公社集体经济在合法的范围内，仅仅是国家意志的贯彻者和执行者。它虽然也占有着经济资源，但却无力抵制国家对集体占有权的侵权。因此，与一般意义上的农民合作经济性质不同，农村人民公社集体经济从一开始就处在国家的控制下。我国农村人民公社集体所有制，并不注定是一种较为宽松的国家控制形式。农村人民公社集体所有制与全民所有制的真正区别，在于国家支配和控制前者，但并不对其控制后果负直接的财务责任。而国家支配和控制后者，则要以财政担保其就业、工资和其他福利。农村人民公社集体经济组织，在很大程度上，并不能独立决定生产什么，生产多少，甚至怎样生产，更无权在市场上签定购买生产要素和出售产品的合约。农村人民公社集体经济组织却要承担这一切自上而下命令的经济后果。
    客观地说，中国传统选择的主要缺陷，与其说是选择了超前工业化的经济发展战略，毋宁说是选择了与高度集中的计划经济体制（是实施超前工业化经济发展战略的体制保证）相联系的低下的微观经济主体运行效率。这两者之间是相辅相成的。因为要实现农村微观经济主体运行的高效率，首先就得把微观经济主体塑造成为对市场供求与价格变化作出及时而又灵敏反应的市场主体，让市场机制充分发挥作用。在与高度集中的计划经济体制相联系的农产品统购统销制和农村人民公社生产队微观组织这样一种体系中，由于强制性购买农产品价格的交换职能，加入了调节收入分配的职能，使收入分配职能与交换职能交织在一起，而价格所固有的资源配置职能则完全为指令性计划所替代。价格职能的这种扭曲，是以政社合一的农村人民公社生产队这种组织制度所具有的行政功能和对价格反应的不敏感性质为前提的，也是以工农产品交换的不平等为条件的。其后果必然是极大地压抑农民群众的积极性。
    确保重工业优先发展的国民经济发展战略，以及与其相配套的高度集中的计划经济体制和没有生产经营自主权的农村人民公社制度，其优点是能够最大限度地动员一切社会经济资源，在较短时间内建立一套较为完整的重工业体系，增强自力更生的能力。它在特定的历史条件和国际环境下，曾经发挥过一定的积极作用。但是，由于它忽视了市场机制与价值规律的调节作用，长期推行的结果，必然在社会总供给和总需求之间、农、轻、重之间、基础工业与加工工业之间、生产资料生产与消费资料生产之间出现严重的不协调，使得经济发展速度难以持续保持下去，微观经济运行长期处于低效率状态。