20世纪90年代以来，随着西路军问题研究的新进展，西路军的历史真相越来越为学界和公众所广泛接受。这表现在：
    1、新版《毛泽东选集》注解作了修改。1991年6月，经中央批准的《毛泽东选集》第二版出版发行，新版《毛泽东选集》第一卷所收入的《中国革命战争的战略问题》一文中，就对西路军的注释作了重大修改；修改后注释这样写道："1936年7月，红四方面军和红二方面军会合后，由于中共中央的积极争取，并经过朱德、刘伯承等以及四方面军广大指战员的斗争，张国焘被迫同意与二方面军共同北上，于同年10月到达甘肃会宁。10月下旬，四方面军一部奉中央军委指示西渡黄河，执行宁夏战役计划。11月上旬根据中共中央和中央军委的决定，过河部队称西路军。他们在极端困难的条件下孤军奋战4个月，歼敌2万余人，终因敌众我寡，于1937年3月失败。"
    2、2001年11月7日，在徐向前诞辰100周年座谈会上，党中央为西路军作出了公开结论；江泽民代表党中央发表讲话，指出："1936年10月三大主力红军会师后，他（指徐向前--编者注）奉军委命令，任西路军军政委员会副主席兼西路军总指挥，指挥部队与敌人血战四个多月，有力地策应了河东红军的战略行动。"
    3、新版《中国共产党历史》第一卷中对西路军作出了全面的评价和肯定；关于西路军问题，新版党史中有这样一段表述："西路军所属各部队，是经过中国共产党长期教育并在艰苦斗争中锻炼起来的英雄部队。在极端艰难的情况下，在同国民党军队进行的殊死搏斗中，西路军的广大干部、战士视死如归，创造了可歌可泣的不朽业绩，在战略上支援了河东红军主力的斗争。西路军干部、战士所表现出的坚持革命、不畏艰险的英雄主义气概，为党为人民的英勇献身精神，是永远值得人们尊敬和纪念的。"这是新世纪权威党史对西路军问题作出的全面而充分的肯定。
    4历史争论
    陈旧定论
    1937年3月，中央政治局在延安召开扩大会议，会议深入揭发和批判了张国焘分裂党和红军的严重错误，并做出了《关于张国焘同志错误的决议》，指出张国焘的错误是战争中的右倾机会主义，其内容是退却路线、军阀主义和反党行为的综合。
    在这样的政治背景之下，毛泽东在1937年12月接见西路军所剩部分领导人时说："红西路军的失败，主要是张国焘机会主义错误的结果。他不执行中央的正确路线，他惧怕国民党反动力量，又害怕日本帝国主义，不经过中央，将队伍偷偷地调过黄河，企图到西北去求得安全，搞块地盘称王称霸，好向中央闹独立。这种错误的路线，是注定要失败的。"
    其实，毛泽东的这种观点，早在一年前就已提出。他在1936年12月所写的《中国革命战争的战略问题》一文中说："为敌人吓倒的极端的例子，是退却主义的'张国焘路线'。红军第四方面军的西路军在黄河以西的失败，是这个路线的最后的破产。"1951年出版的经毛泽东本人审定的《毛泽东选集》第一卷中针对这段文字的注释为："一九三六年秋季，红四方面军与红二方面军会合后，从西康东北部出发，作北上的转移。张国焘这时候仍然坚持反党，坚持他一贯的退却主义和取消主义。同年十月，红二、四方面军到达甘肃后，张国焘命令红四方面军的前锋部队二万余人，组织西路军，渡黄河向青海西进。西路军一九三六年十二月在战争中受到打击而基本失败，至一九三七年三月完全失败。"
    从这里，我们不难看出毛泽东对西路军问题所持的基本看法：其一，西路军在黄河以西的失败，是退却主义的"张国焘路线"最后破产的产物。其二，组织西路军渡黄河西进，是"张国焘命令"的。
    争论突破
    历史事实本是客观存在的。然而，当西路军因兵力悬殊寡不敌众而兵败河西走廊之后，真相就被模糊和湮埋了起来，历史被改变了模样。党的十一届三中全会后，事情出现了转机。
    20世纪80年代初，朱玉奉组织之命，帮助徐向前元帅整理回忆录。他从文献史料中惊异地发现了毛泽东下令四方面军人马西渡黄河和成立西路军的电文，以及其他一些人们所不知晓的情况。
    毛泽东电文的发现，说明部队西进是领受了党中央的命令肩负打通国际路线重大使命，以接应共产国际给予党和红军的物资接济，并策应河东红军和友军的战略行动。
    根据新发现的档案资料，朱玉在史学界首次提出了西路军问题的现有定性、定位很不妥等看法。1980年12月2日，朱玉以"竹郁"笔名写成了《"西路军"疑》一文，就西路军西渡黄河、建立永（昌）凉（州）根据地、拒绝东返等问题提出疑问，向传统观点发起了挑战。不久，这篇文章被报送到邓小平那里。邓小平对西路军问题极为重视，他将此文批给李先念研究。
    随后，朱玉于1981年3月写出了自己的初步研究成果--《把历史的内容还给历史--西路军问题初探》一文，用当时大量的事实和电报论证：红四方面军的渡河，完全是根据中央的要求和中革军委的命令。他把这篇文章寄给了有关业务部门，希望在其内部文稿上刊载，以引起专职部门的专家学者们研讨思考。由于受西路军问题的传统说法年深日久的影响，该部门担任研审任务的人员写出长篇文章，作出了不接受新观点的反驳回答，即仍然坚持原传统观点的基本说法。于是，朱玉又写出了观点鲜明的论文《被否定的历史和被历史的否定》，进一步详谈了自己的论点和论据，来捍卫自己的观点。
    这样，在李先念组织研究西路军问题的同时，史学界的一部分学者也开始撰写向传统观点提出挑战的文章。西路军问题的盖子被悄然地揭开了。