日本吞并琉球，选择了沙皇俄国图占伊犁，在中国北部边疆重兵压境的时机。面对俄日交乘，李鸿章不敢对日本灭琉一事采取强硬态度。恰值美国前总统格兰忒（Grant,U.S.）于1879年5月经中国赴日本游历，李鸿章请其调停中日琉球争端。格兰忒的斡旋并未奏效，仅仅导致1880年日本派宍户矶来华谈判。日本的打算是，以琉球南部的两个荒岛定为中国管辖作为交换条件，修改1871年签订的《中日通商章程》，取消其中关于禁止“内地通商”的规定，给予日本片面最惠国待遇特权，即所谓“分岛改约”。谈判期间，俄国派一支由两艘铁甲舰、13艘快船组成的舰队开赴远东，在长崎购买了价值50万元的日本煤。总理衙门恐日俄要结，采纳一部分人“联日拒俄”的主张，接受了日本的要求，与日本草拟了《球案条约》。
    李鸿章于中日谈判之初，为“不于俄人外再树一敌”（注：《李文忠公全集》，《译署函稿》，第11卷，第29页。），也曾主张分岛以存琉球宗祀，来年再议改约。但后来他逐渐认识到，在中俄、中日关系中，中俄关系的处理更加重要。中俄关系紧张，日本便必然“伺隙而动”，乘机要挟，“日人之诡谲，断不肯助我拒俄。”（注：薛福成：《庸庵文别集》，上海古籍出版社1985年版，第160页。）因而主张赋予与俄国议约的大臣曾纪泽以便宜行事之权，早结俄案。后来，李鸿章得到确切的消息，中俄关系有缓和的希望，“俄人实为自固门户起见，尚未蓄意起衅”（注：薛福成：《庸庵文别集》，上海古籍出版社1985年版，第155页。）。于是对日本的态度转趋强硬。他在11月11日给清廷的奏折中力辟“联日拒俄”之说，认为：“俄事之能了与否，实关全局。俄事了则日本与各国皆戢其戎心，俄事未了则日本与各国将萌其诡计。与其多让与倭而倭不能助我以拒俄，则我既失之于倭，而又将失之于俄，何如稍让于俄而我得借俄以慑倭。”（注：《李文忠公全集》，《奏稿》，第39卷，第4页。）主张暂缓批准《球案条约》，“意在俟俄约定后，决计翻改前说”（注：薛福成：《庸庵文别集》，上海古籍出版社1985年版，第160页。）。1881年2月中俄就伊犁问题签订《改订条约》后，李鸿章立即致信总署，要总署“力持定见”，不要害怕日本的“虚疑恫喝。”（注：《李文忠公全集》，《译署函稿》，第11卷，第45页。）由于清政府拒绝批准《球案条约》，琉球问题被长期搁置起来，实际是不了了之。
    自球案发生后，李鸿章对日本的侵略野心和危害有了比较明确的认识，于是才真正开始为防范日本进行军事准备。1879年7月，他致信驻英公使李凤苞，令其在英国购买铁甲舰，明确要求其购买“于中国海口相宜，能制日本之船”（注：《李文忠公全集》，《朋僚函稿》，第18卷，第31页。）。此后，他不仅一再向朋僚谈及购买铁甲舰以防日本的问题，还于1880年7月间的奏折中向清廷申述：“近来日本有铁甲三艘，遽敢藐视中土，至有台湾之役，琉流之废，……今欲整备海防，力图自强，非有铁甲数只，认真练习，不足以控制重洋，建威销萌，断无惜费中止之理。”（注：《李文忠公全集》，《奏稿》，第37卷，第32页。）在另一次上奏中，他说得更加明白：“日本国小民贫，虚憍喜事。长崎距中国口岸不过三四日程，揆诸远交近攻之义，日本狡焉思逞，更甚于西洋诸国。今之所以谋创水师不遗余力者，大半为制驭日本起见。”（注：《李文忠公全集》，《奏稿》，第39卷，第33页。）由于有了明确的防范目标，中国的海防建设从此进入一个新的阶段。另外，李鸿章自球案开始，意识到日本下一个侵略目标必将是朝鲜，于是开始筹议朝鲜问题，采取一系列措施防范日本对朝鲜的侵占与渗透。
    综上所述，我们可以得出这样的看法：李鸿章早在60年代就对日本抱有好感，萌生了“联日”的思想。调任直隶总督和北洋大臣后，极力主张与日本建交，以为如此可以避免日本与西方勾结，防止日本侵略中国，并组织东方联合战线。日军侵台事件发生后，李鸿章“联日”思想一度动摇，但仍主张对日本采取绥靖方针。日本逼迫朝鲜开国，并未引起李鸿章的足够警惕，此后他甚至受日本愚弄，主张“联日防俄”。直到日本正式吞并琉球之后，李鸿章才幡然醒悟，对日本在亚洲扩张的野心和对中国的危害有了较为明确的认识，才积极进行防范日本的军事准备。