《方略》一书的编纂有以下三个方面的特点。
    第一，有关文种选择。材料来源全部取自各路统兵大臣、将军、督抚及在京各衙门所报有关军务之奏折及朝廷下发的谕旨。实质是把取材范围局限在少数上层决策者之间的正式官文书内，其他诸如各衙门之间或内部的平行文书、各类供词单等，均被轻视而不予收录。其中包括京城巡防处有关太平军北伐将士的供词；各地的捐厘、团练章程清单及有关清廷对外关系的照会等。这些珍贵材料往往可与折、谕的内容互为参佐。可见《方略》的取材范围相对单一，致使材料内容多有缺憾。
    第二，有关编辑方法。在对原档的编选过程中，纂修官采取的是择要筛选和逐件修改的手法。奕炘等人在《纂修方略凡例》中（注：馆藏军机处录副奏折文教类，第4995卷。），对材料的取舍制定了一系列原则规范，归纳起来可以分为三类：即节省篇幅，择要录选；显示谋略，迥避分岐；突出恩德，弘扬战功。根据既定原则，纂修者首先对原档进行了收集和筛选，从上万件档案中仅选取5000余件成为《方略》的素材，其余半数以上的文件均被割弃。对于入选各件，《方略》也并未全文采用，而是进行更加细致的删改。这些工作都记载于中国第一历史档案馆馆藏方略馆全宗中的《纂辑剿平粤匪方略草本》内，共369册。它是编修中形成的底稿，也是《方略》的雏形。编者对已选定并誊录在簿册中的原档内容逐页进行加工。通过文内的浓圈密划我们不难看到，几乎所有文件都被做了不同程度的处理，一般删除幅度为原档的2／3。所发史料经过压缩、改造后，大多失去生动、具体、详实的内容，仅成为极简单的报告。
    第三，有关内容结构。编者往往要在皇帝发布的某些重要政令之后添加一段述评，内容多是赞扬皇帝的施政方针，主调皆是为其歌功颂德。如道光三十年十月谕内阁，著林则徐查明“被贼滋扰及官兵经过各地方”，分别蠲缓钱粮。在此谕后，编者加注了140余字的按语（注：《方略》卷2。），把道光帝的爱民圣德视为治国安邦之典范。 再如咸丰元年四月谕，“所有守御得力及平日治民出色之员”，即“破格给予恩施”。在其后有150余字的编者按（注：《方略》卷4。），为咸丰帝一经当政便采取逾格奖擢，劝诱出力的举措唱赞歌。这些内容为该编注入了浓厚的忠君色彩。
    三
    鉴于一切为皇权服务的思想，及为统治者树碑立传的宗旨，《方略》编者为迎合当权者的利益，将大量档案文件做了删除、修改和添加，其中的用意有许多是正式颁布的《凡例》所不得言喻的，它使该书的史料价值因而带有很大局限性，主要表现在以下几个方面：
    第一，《方略》将原奏中有关清军贪生怕死、畏缩后退及官员昏庸无能、弃城溃逃的内容大加删除。在统兵大员的战报中，有许多是战场上的写真，而在编者笔下，则要进行选择，删除那些不可传诸后世的内容。如李星沅等奏报都司临事逃避折内，叙述了当太平军进攻广西龙州城时，都司谭永德“于贼匪尚未入境之先”即“闻风逃避，事后捏词粉饰”（注：《史料》第1册，第148页。）。这是咸丰帝登极后最早的官员被参劾的奏章，其内容反映出地方守将的劣迹，显然不成体统，有损当权者的尊严，故《方略》史官对此件弃而不录。又如福建陆路提督李若珠在奏报丹阳、常州相继失守折内，描写苏常战局时写道，“苏城兵勇寥寥，溃散者胆已寒，新募者情更怯，江南全局岌岌可危”（注：《史料》第22册，第270页；《方略》卷239，第268页；《方略》卷238，第227页；《方略》卷236，第94页；《方略》卷235，第262页；《方略》卷237。）。这段文字足为圣武之羞， 若流传于世，会使清朝军队丧失体面，因而被编者删去。
    第二，该书对官员的某些不光彩行为刻意加以修饰。咸丰十年四月太平军攻克常州，清督办江南军务·钦差大臣和春丧命。对于来自前线的战报，凡奏谓和春自缢身亡之说，在编辑过程中均予删除。如江南河道总督庚长在奏折中报告和春已自尽之处（注：《史料》第22册，第270页；《方略》卷239，第268页；《方略》卷238，第227页； 《方略》卷236，第94页；《方略》卷235，第262页；《方略》卷237。），及两淮盐运使乔松年探闻和春“在苏州城外浒墅关自尽”的奏折全文（注：馆藏方略馆簿册卷1，《纂辑剿平粤匪方略草本》包18。）。 在清廷下发的上谕中，却一律称和春“因伤身故”（注：《方略》卷238、239。）。伤亡有别于自尽，前者系战殁殉职，例予优恤建祠；后者为畏罪穷蹙，实属无能轻生。编者在此所做的处理，显然是经过精心策划的。当时，清江南大营部队连失数城，节节退守，咸丰帝对此十分恼怒，一再谕令和春“力赎前愆，毋得再有疏虞，致干重咎”（注：《史料》第22册，第224、244页。）。当常州继而又失时，身为诸军统帅的和春督师失律，罪责难逃。把他的死因一致称为伤亡，掩盖了自缢的情节，这是编者秉承统治者的意图，人为地替这位狼狈的钦差大员设计了一个圆满壮烈的结局，用以维护和树立清朝满官要员的公众形象，由此也淡化了和春在经营江南大营中日久无功，贻误战机的罪责。此外，在同年闰三月山西道监察御史朱潮的一份奏片中，曾披露提督周天受在驻守浙省时营防废弛，连失要隘，“身为大员，与其麾下同入妓馆，又逞忿专杀”（注：《史料》第22册，第270页； 《方略》卷239，第268页；《方略》卷238，第227页；《方略》卷236 ，第94页；《方略》卷235，第262页；《方略》卷237。）。这句描述军务大员营伍丑闻的文字， 亦被编者视为有伤风化而被删弃了。
    第三，对于奏折原件中关涉清军投降或暗通太平军的情节，编者往往避而不载。咸丰十年二月，李秀成部进攻杭州城时，利用城内投诚的清军兵勇做内应，清军正在接仗，“无如城中兵勇皆贼，八门大开”，清军溃败，城中“民人均已归顺”。这段清兵私通太平军，里应外合献出杭城，及城内百姓积极响应的真实场面，在当时杭州将军瑞昌的折件中描绘得颇为具体。这篇史实却令清统治者感到难堪，故被史官删削得支离破碎，只剩下一份杭城失陷的简单报告（注：《史料》第22册，第270 页；《方略》卷239，第268页；《方略》卷238，第227页；《方略》卷236，第94页；《方略》卷235，第262页；《方略》卷237。）。