笔者注意到，上文所述编者于李星沅等折内虚构的内容，尤其是“惟探闻逆首韦政、韦元炌、洪秀泉极为凶悍”一句，长久以来在研究太平天国前期历史中常常被作为重要史料引用。如周衍发《关于评价韦昌辉的几个问题》一文内，在对韦昌辉历史作用的研究中，曾用此句作为佐证之首，用以说明韦政（即韦昌辉）是金田起义的著名领导人（注：茅家琦等编著《太平天国史研究》第一集，第179页。）。此外， 史学界还有人利用这一虚假材料，来说明李星沅是较早地向皇帝报告过金田起义领导人姓名的官员。甚至在《太平天国史辨伪集》中也曾引用这段伪史，以此做为《方略》将洪秀全姓名改为洪大全的考辨依据之一，并称之“尤为重要”，因为它可以证明清前方将帅在咸丰元年二月时，就“已经知道太平军中首领之一为洪秀全了”（注：罗尔纲著《太平天国史辨伪集》，商务印书馆1950年11月版，第258页。）。 殊不知这一被史学家做为珍贵史料而多方引用的论据，居然是出自编纂者之手。此例足以证明，《方略》中的不实之词为史学研究提供了误导。
    再如同治二年十月初七日，清督办江北军务都兴阿奏报“水师拿获洪逆亲族船只解送大营”折，文中叙述了洪秀全派出曾超等四名将员，前往广东原籍访接亲属。他们一行十三人，在前往天京途中，遇到清军水师追捕，最后洪秀全堂兄洪仁尚等九名眷属被俘丧生，护送者四人“弃船登岸，黑夜潜逃”（注：馆藏宫中朱批奏折农运类，第237卷。）。这是份经办官员发自军营的报告，由《方略》断章取义地删改后，仅存原文的1／3，其中只有被俘者全力争脱时的情节，逃脱者幸免于难的描述被取消，而且接送人员仅录三名（注：《方略》卷355。）。 这样一篇经过选辑的报道，很容易使读者认为全部人员被一网打尽。果然，在《太平天国史事日志》中对这段史实的记载，与《方略》给人的错觉恰相吻合。其中如是写道：洪仁尚及其眷属八人，由广东到上海偷渡，“为水师总兵吴全美部所擒，自天京往迎之曾超、李四、黄亚二亦同被擒”（注：郭廷以著《太平天国史事日志》（下），上海书店1986年9 月版，第1025页。）。此结论与亲历官员的原奏对比有所出入，即误把曾超等人划入被俘行列，而且护送人员应为四人，不是三人。作者显然为《方略》的片面节略所惑，因而做出与原奏史实不符的判断。可见《方略》中材料收录不完全，导致了史书记载的错讹。史学研究者应以此为戒，在使用《方略》时，务必多加谨慎。
    由于《方略》编纂中带有清统治者强烈的政治意图和倾向，处处为其利益服务，所以它注定具有以上诸多不可避免的弊端，大量重要史实被删弃，不能与世人见面，读者所见，大多不是档案原貌。该书实为封建最高统治者的御用品，其史料价值大为逊色，这不仅在太平天国历史学，而且在史料编纂学、考据学领域都应引起注意。因此，尽管已有《方略》一书，原档仍应重新公布。
    中国第一历史档案馆所编《清政府镇压太平天国档案史料》（以下简称《史料》，共26册）一书，在各方面弥补了《方略》的缺陷与不足，编者以科学的态度编选档案原件，使该书成为一部优越于《方略》的大型档案史料汇编。在数量上，《史料》收录档案约14000件，1300 余万字，与《方略》相比，件数是其3倍，字数是其4倍。在文种上，除录载臣工上行的奏折及朝廷下发的谕旨之外，还编入其它平行文书及太平天国政权的文献等。在内容上，不仅涵盖清政府镇压太平军的历次战役活动的文件，而且还择录这一时期与之相关的档案史料，使材料更加多元化、立体化，丰满而翔实。在编辑方法上，《方略》所录档案，该书全部收载，而且所辑各件均予全文公布，编者不做任何修改，恢复了历史档案的本来面目，客观真实地再现出在《方略》中被湮没、扭曲过的历史。可以说，《史料》一书的问世是史学界的一件幸事，它必将取代流世一百多年的清代官书《方略》，为太平天国史研究提供真实、系统的第一手资料。