第四，在材料的选辑上，编者常常采取择喜不择忧，或夸大史实的手法。在原档案中有些反映清军作战失利的文件，如两广总督徐广缙奏报提督向荣进剿金田受挫一折（注：《史料》第1册，第213页。）。文中描述了太平军英勇善战，节节获胜，及清军出师不力，失败惨重的情景。象这类反映清军战败的极不光彩的历史，多被视为不可昭示后世而被打入冷宫。相反，此后不久李星沅等奏报官兵进剿金田叠获胜仗一折，因属前线捷报，故被当作重要文件选入《方略》（注：《方略》卷 3。）。在辑录奏报战事的折件时，编者还有故意将清军战绩扩大的作法。如福建水师提督杨载福奏报清军水师在池州附近与太平军交战获胜情形折内，汇报此次战役“斩首九十八级”，生擒敌官“八十七名，讯明正法”（注：《史料》第22册，第255、171页。）。《方略》中将其改为“此次毙贼约数百名”（注：《方略》卷239。）。这笔改动， 显然是对原奏战果的夸大，它说明编者的好大喜功思想浸透于《方略》的字里行间。
    第五，为维护朝廷政令谕旨的尊严，《方略》将原始上谕中前后矛盾的内容加以掩饰。咸丰十年三月，李秀成以围魏救赵之计使清江南大营分兵南下，即而进占皖南，目的是进逼苏常。此时清军督办皖南军务张芾，奏请朝廷饬命正在皖北围攻安庆城的曾国藩，督军赴援皖南。清廷这时并未意识到李秀成的计谋，于闰三月十四日发谕，“曾国藩现在安庆剿办贼匪，皖北情形吃重”，“毋庸轻议更张”（注：《方略》卷235。）。将张芾的奏请驳回，执意仍令曾主攻安庆。事隔一月， 局势骤然变化，清军围困天京的江南大营分兵空虚，军队溃散，将帅乏人。这时清廷方知中计，不得不将挽回败局的希望寄托在曾国藩湘军身上。四月十八日清廷急谕曾国藩等，“为今之计，自以保卫苏常为第一要务。”命其统领所部，“赴援苏常，以顾大局”。在这道上谕内另有一段文字被编者删除，即“曾国藩规取安庆，顿兵坚城，即使安庆得手，而苏常有失，亦属得不偿失。全局糜烂，补救更难”（注：《史料》第22册，第270页；《方略》卷239，第268页；《方略》卷238，第227页； 《方略》卷236，第94页；《方略》卷235，第262页；《方略》卷237。）。这句谕文恰恰是对以前令曾仍攻安庆旨令的否定。纂修官将此抹削，给人的感觉是两道谕文中先留曾主攻皖北，又令其东下以援苏常为主，这不过是清中央政府战略上的转变。史官所作的删削，巧妙地掩盖了清廷作战部署上失误的痕迹，从而得以维持最高旨令的正确统一。
    第六，《方略》将侧重太平军方面的报告弃而不录。在清宫所存档案中，有一些是清军前线将领缴获而得，然后随折呈给皇帝阅览的，反映太平天国政权内部情况的档案文件，如《杨秀清致林凤祥李开芳吉文元诰谕》（注：《史料》第6册，第589页。）、《林凤祥等关于北伐战绩禀文》（注：《史料》第7册，第518页。）、《刘丽川致洪秀全信函》（注：《史料》第10册，第460页。 ），及部分太平天国被俘人员的供词等。这些重要历史文献都被史官作为无端异己的“败寇伪书”而不得入经典史册。至于着重报告太平军活动的官员正式奏折，往往也遭到《方略》的屏弃。如太平军金田起义后不久，李星沅有一份访闻洪秀泉即洪秀全的奏片，文中称洪秀全和他的部队“贼令极严”，“甚有贼智，非奇兵不能破之”（注：《史料》第1册，第316页。），流露出对太平军及其领袖的畏惧。这份奏片在当时本应是件很重要的情报，但鉴于清统治者对起义军的蔑视及排斥而被删弃。此外，在臣工奏疏中有涉及到太平军的内容，编者也大多做了局部删削。
    第七，《方略》素材中有编者添加的内容。在删改原档的同时，为了弥补史料的不足，纂修官往往要在有关文件内添写部分史实。如咸丰元年二月十一日李星沅等奏报清军进剿桂平金田叠获胜仗折（注：《史料》第1册，第218页。），原件结尾一段《方略》并未录载，取而代之的是几行编者捏造的内容，共99字。其中写道“惟探闻逆首韦政、韦元炌、洪秀泉极为凶悍，而贼股分踞各属者亦尚不少，彼此暗通消息，互为救援，我军专驻金田未能分投剿办，恐有顾此失彼之虞”（注：《方略》卷3。）。笔者曾对照原件做过细致地校勘， 发现原档内均无此段文字记载，而且李星沅原奏的结尾部分只是一段蒙恩指授机宜，激励将士乘胜亟攻的官样套词，并无实际内容。在《纂辑剿平粤匪方略草本》中可见一纸附贴在李星沅该折抄件之前，上段内容的草拟手稿，以及将确定的文字誊入李折结尾的笔迹（注：馆藏方略馆簿册卷1， 《纂辑剿平粤匪方略草本》包1。 ）。按《方略》编纂惯例，凡属编者拟写的内容，均用单独纸笺书写，而后粘贴在簿册内各该件相应之处。这些迹象足以表明，此文是后人在编辑过程中擅自杜撰而成，实系编者伪造。史官在此所做的添加，实际是别有用意的。太平天国金田起义之后，在相当一段时间内，对于起义军领导人确系何人，清方官员的探报是较为模糊混乱的。李星沅在同日的另一份奏片中称洪秀全为洪云山，把他划为金田大股中的“东匪”首领（注：《史料》第1册，第223页。），以后又探闻洪泉即洪秀全（注：《史料》第1册，第316页。）（此二件《方略》均未收录），清廷也曾发谕饬查。总之，在这个时期关于太平军的内部组织情况及洪秀全的地位身份，在清军将领的报告中是含混不清，说法不一的。编者在官员奏折中添加的部分，把史实中尚属疑惑的内容明确化，给世人造成此时清方已获悉太平军首领的组成及真实姓名的假象，将真相明了的时间提前。这实际是通过编造历史来补充不尽如意的史实。
    总之，《方略》编者对原档的删改不外乎两种意图，一是出于语言文字上的精炼加工，二是为了维护统治者自身的政治利益。前者受篇幅所限而为之，尚属情有可原。后者为铺张圣武，将一些有损皇朝尊严，无益于光宗耀祖的内容予以杜绝，添加了夸耀不实的成份，使该编的材料失去原始性、真实性，从而贬低了其史料价值。这是史料编纂中之大忌，是当事者政治局限性的产物。
    经过精心加工的《方略》，呈现给读者的史实并不可靠和完整，它往往会给读者提供不实之据，或使人从中得出错误结论，为史学研究带来难以弥补的后患。