发展与高潮
    不久，官军被东学军打败的消息传到汉城，朝鲜统治者惊恐万状，一来是因为全罗道首府全州号称“三南重镇”，地理位置极为重要，二来是全州供奉有朝鲜太祖李成桂的祖庙庆基殿和丰沛楼。朝鲜国王李熙（朝鲜高宗）急派壮卫营正领官洪启薰为两湖招讨使，率800名京军携枪炮弹药乘坐清朝北洋水师的平远舰和朝鲜的苍龙、汉阳两火轮从海路开赴全州，又命200名京军从陆路攻打东学军。金文铉见大批京军来援，以为东学军即将崩溃，便抢先发动进攻，却没占什么便宜。1894年5月10日拂晓，东学军趁天还未亮，便在黄土岘组织一场袭击，官军大败，死伤800余人，领兵官李璟镐被击毙。东学军在黄土岘战斗中缴获枪支600多杆，武器装备得到改善，士气也大大提高。
    洪启薰在南下途中先向东学军发出招降书，威胁利诱。但全琫准不但拒绝投降，还率军偷袭灵光县，生擒守城军官黄万基。洪启薰一看招降不成，决心用武力镇压。他的部队经过了美国教官的新式训练，是当时朝鲜唯一配备西方新式武器的军队。然而此时洪启薰率领南下的800名京军，一路上士气低落，军心涣散，开小差不断，到1894年5月11日抵达全州城时，只剩下470余人。洪启薰感到东学军声势浩大，便密奏国王，建议借外国兵镇压。朝鲜高宗害怕引狼入室，不敢轻易借兵，只派黄宪周督带300名壮卫营士兵与200名江华火枪兵支援。援兵还未到达，两军已在长城郡月坪洞交火了。原来洪启薰到达全州后，全琫准采取避实就虚的战术，不与官军正面交锋，拖着官军从灵光到兴德，从兴德到咸平，然后转进长城郡。东学军在城南月坪洞扎营。官军长途追击，疲于奔命，士气更为低落。
    1894年5月27日，洪启薰率军追至月坪洞，只见丛林密布，郁郁葱葱。洪启薰害怕埋伏，便先派小部队试探虚实，自己躲在后面观察动静。官军哆哆嗦嗦地走进树林，只听喊杀声起，吓得回头就跑。洪启薰一看，从林中冲出的东学军老的老、小的小，大多拿着大刀、长矛。他顿时壮起胆来，跳起来大叫：“冲上去！”官军无奈，只得掉头冲锋。东学军却仿佛不堪一击，纷纷逃散。这一下洪启薰意气风发，指挥官军全力追击。不料，洪启薰中了计。原来全琫准早已知道官军武器精良的优势，便决定将主力部队埋伏在黄龙江一带，另派小股军队诱敌深入。官军追入树林后，行至黄龙村，无数埋伏已久的东学军从四面八方冲了出来，顿时杀声震天。官军猝不及防，大败而逃，武器扔得满地都是。官军伤亡200余名，洪启薰抱头鼠窜。长城郡会战，东学军大获全胜。
    东学军乘胜进军全罗道首府--全州城。5月31日，东学军占领完山，逼近全州，以缴获的野炮向全州城内轰击。此时，全州的军队全部被洪启薰调走，城内无兵驻守。观察使金文铉弃城而逃。6月1日（阴历四月二十八日）全琫准率军入城，没收官衙及土豪财富分给贫民，并严禁伤害百姓，受到百姓的热烈欢迎。当时一名叫金允植的政府官员曾这样描述东学军的军纪：“每于对敌之时，兵不血刃而胜，首功；虽不得以而战，切勿伤命为贵。每于行阵所过之处，勿害人物，孝悌忠信之人所居之村，十里内勿为屯住。”[12]  全琫准占领全州后，忠清道和庆尚道的东学道徒群起响应，东学军控制了朝鲜南部三道。不久全朝鲜各地的东学道徒也纷纷揭竿而起，东学军规模空前盛大，已席卷了朝鲜全国五分之三的土地、拥有十多万武装力量了。
    全州媾和
    东学军占领全州后，洪启薰曾多次猛烈炮击全州城，东学军虽然遭到严重损失，但也抵挡了官军的攻击，战事陷入胶着状态。面对声势浩大的农民起义，朝鲜政府无力镇压。根据兵曹判书闵泳骏的建议，国王高宗一面急忙向宗主国清朝求援，于是清政府派遣叶志超和聂士成率淮军精锐2500人于1894年6月8日左右陆续在忠清道牙山登陆，准备镇压东学党起义；一面将金文铉、赵秉甲、李容泰等人革职查办，任命严世永为三南廉察使，金鹤镇为全罗道观察使，向东学军求和。
    东学军领袖全琫准等人鉴于继续对抗会引起外国武装干涉，便放弃了“驱兵入京”的计划，同意和朝鲜政府谈判，“相议官民相和之策”。[13]  严世永、洪启薰等人被迫答应东学军提出的12条改革方案，其中包括严惩贪婪暴虐的官吏、两班和富豪，取消封建等级制度，废除苛捐杂税和公私债务，废除奴婢和贱民制度，严惩私通日本者，平均分配土地等，史称全州和议。[14]  同时，政府还“许置执纲于各郡”。[13]  6月11日，东学军撤出全州。东学军在其控制区内的53个郡县建立执纲所，作为自己的政权机构，以贯彻执行全州和议的12项改革方案，管理当地一切事务。史载“ 于是东徒割据各邑，设执纲所于公廨，置书记、省察、执事、童蒙之名色，宛成一官厅，日以讨索民财为事。所谓邑宰只有名位，不得行政，甚者逐送邑宰”。[13]  全州和议达成标志着甲午农民战争第一阶段结束。