再起与失败
    日本政府早就密切注视朝鲜局势的发展，等待出兵朝鲜的时机，然后制造挑起中日战端的借口。如今，这样的时机终于来到了。在全州和议达成后，日本右翼间谍组织“天佑侠”便潜入东学军内部，藉此刺探情报，鼓动东学党再次起义，以挑动中日冲突，不过没有成功。而在清政府出兵朝鲜镇压东学党起义的同时，一万多名日军以保护侨民和使馆为借口不请自来，陆续从仁川港登陆。1894年7月23日，日军突袭汉城王宫，挟持高宗和闵妃，扶植了以兴宣大院君为首的亲日傀儡政府；7月25日，日本未经宣战就突然袭击丰岛海面的清军运兵船，挑起了甲午中日战争。9月底，清军退回鸭绿江，日本完全控制了朝鲜。
    面对日本人粗暴干涉朝鲜内政，各地东学军开始跃跃欲试，试图重新起义。1894年10月8日（阴历九月十日），全琫准将10万名东学军集结在参礼驿再次起义，史称“参礼起包”。东学军的再起首先是由于日本对朝鲜的侵略，全琫准被捕后日本领事内田定槌问他：“更起包何故？”全琫准回答：“其后闻则贵国称以开化，自初无一言半辞传布民间，且无檄书，率兵入都城，夜半击破王宫，惊动主上云。故草野士民等忠君爱国之心，不胜慷慨，纠合义旅，与日人接战。”[15]  后来又问：“然则日兵与各国人留住京城者欲尽驱逐耶？”全琫准回答：“不然。各国人但通商而已，日人则率兵留阵京城，故疑讶侵掠我国境土也。”[16]  可见东学党第二次起义的矛头直指日本。除此之外，东学军的再起与当时朝鲜的执政者兴宣大院君密切相关，他不甘心做日本的傀儡，表面上以“汝等若幡然感悟，释兵归田，断无一毫加罪之理……如或不遵告戒，恣行犯法，蜂聚蚁屯，观望不解，是自取大祸”[17]  等言辞晓谕东学党解散，而暗中在9月下旬命三南招募使李建永向东学党传达其密旨称：“方今倭寇犯阙，祸及宗社，命在朝夕，事机到此，尔若不来，迫头祸患是若奈何？”要求其立刻起兵，驱逐日本人及亲日派。[18]  全琫准透过姻亲宋喜玉等了解大院君的想法，曾将该密旨轮示部下，并附上“自大内有密教，送招募使李建永到此边同义。而此说泄于倭，则祸及玉体，慎之，秘密”的一行字。[18]  此外大院君还曾派密使郑寅德、朴东镇、朴世纲等人在东学军各部中活动，大院君及其党羽相信“东学以上奉国太公（大院君）之说倡起者也，若使挥动几十万众，卷土而来，真所谓人众胜天。日兵虽动，亦无奈何也”[18]  ，因此东学军的再起与大院君不无关系。
    “参礼起包”后，全琫准打出“辅国安民”的旗号，决定兴师北上，直捣汉城，推翻亲日傀儡政府，驱逐日本侵略者。甲午农民战争进入第二阶段。1894年10月15日，全琫准首战告捷，攻占忠清道论山，并在这里用谚文传檄四方。然而就在此时，东学道上层领导集团发生分裂，其中以东学道教主崔时亨为首的“北接”系便说全琫准等“南接”人士“借道酿乱”，指责他们是“国家之罪人，师门之逆贼”[19]  ，在东学军中散布投降主义和不抵抗思想，对东学军产生了非常消极的影响。经过全琫准与崔时亨等人的谈判，南接和北接终于达成一致举兵的意见。直到11月18日，东学军才正式开始北进汉城的军事行动。
    镇压东学军本来就是日本出兵朝鲜的目标之一。日本驻朝公使井上馨在11月10日的报告中说：“东学党曾切断我军用电线，袭击兵站部，并虐杀了商人和人夫等”，而且“朝鲜兵究竟是无用之物……遇贼后反而逃走，不能起任何作用”[20]  ，因此日本决定出兵剿灭东学军。此时日军已攻入中国辽东半岛，清军节节败退，11月22日，日军攻破要塞旅顺，便可腾出手来镇压东学军。日本派白木诚太郎中尉、宫本竹太郎少尉率领2000名士兵（两个大队）前往镇压起义，朝鲜政府也起用申正熙为两湖巡抚使，率李斗璜、成夏泳等部共3200名官军配合日军围剿东学军。11月底到12月初，十万东学军与日军和官军在忠清道首府公州激战6天6夜，日军和官军拥有装备和训练上的绝对优势，东学军则人数众多，战斗勇敢，因此公州会战异常激烈。尽管东学军在利仁驿等地挫败了日军和官军的一些进攻，但双方实力悬殊，未能攻下公州。在1894年12月5日的牛金峙战役中，日军凭借机关枪等优势武器打败东学军。东学军损失大半，向南撤退。全罗道各地的官僚地主纷纷组成“民包军”、“守城军”，与日军和官军合力围歼东学军。与此同时，黄海道和忠清道的东学军也相继失败和解散。
    1894年12月28日，全琫准在全罗道淳昌为叛徒金敬天出卖而被俘，被押解到汉城受讯。他面对日本人和朝鲜官吏的威逼利诱，宁死不屈，公然在法庭上控诉日本暴行，终于在1895年4月23日与孙华仲、金德明、崔景善、成斗汉等农民领袖一起英勇就义。轰轰烈烈的甲午农民战争也在朝鲜内外反动势力的猛扑下失败了。
    甲午农民战争后，东学道徒遭到大规模的屠杀和迫害，据估计有30-40万起义者及其眷属被朝鲜统治者和日本军杀害。[22-23]  其中日军大本营在1894年10月27日下达了对东学党“无条件杀戮”的命令，不仅是起义者，只要是遇见持有东学经传或名帖的人就将其杀害，至少有5万人被日军以“讨平东徒”为名而被屠杀。[24]  其后东学道残余势力发生分化，李容九等起义者放弃了“斥倭斥洋”的理念，转而与日本人妥协，甚至成立“一进会”，彻底投靠日本。更多的东学军继续加入义兵运动及其他反日运动，为国家独立与日本长期进行艰苦卓绝的斗争。
    历史意义
    朝鲜甲午农民战争是在东学道宗教旗帜下进行的反帝反封建的农民起义。它是朝鲜半岛历史上规模最大的一次农民战争，揭开了朝鲜民族民主革命的序幕。甲午农民战争沉重打击了朝鲜王朝的封建统治，加速其灭亡；这次起义将“逐灭倭夷”作为纲领之一，因此是朝鲜历史上第一次大规模反抗外来侵略者的群众运动，促进了朝鲜民族意识的觉醒。之后不少在朝鲜近现代史上叱咤风云的人物，如孙秉熙、金九等，都参与过这次爱国运动。
    这次农民起义爆发的根本原因与历史上历次农民起义相同，都是因为地主阶级和农民阶级的阶级矛盾的激化而引起的。但由于农民阶级的局限性，东学军在战略上孤立、分散，在思想上、行动上的犹豫、散漫，导致多次贻误战机；东学军一直依赖宗教的外衣，不停地念诵十三字咒语“侍天主造化定、永世不忘万事知”以祈求天助，甚至相信贴上符咒便可以刀枪不入；全琫准虽然提
    出了“尽灭权贵”的口号，矛头却并未直指朝鲜王朝的最高统治者和封建专制制度，还在檄文中称：“我圣上仁孝慈爱，神明圣睿”，并对国王生父兴宣大院君抱有幻想，而将所有责任归咎于外戚奸臣、贪官污吏；虽然要求“土地平均分作”，但从未提出明确的土地改革纲领，在其实践中最多只是革除苛捐杂税而已；大量动机不纯的两班和儒生加入起义队伍，使之鱼龙混杂，并且最先投降官军，配合其镇压起义；东学道教义虽然与儒学相悖，但其核心思想并未脱离儒家思想的忠孝观念；其纲领也带有笼统排外的色彩。这些都是甲午农民战争的失败原因和旧式农民战争的属性的体现。
    但是甲午农民战争也不是全然的旧式农民战争，在资本全球扩张的时代，它也同时带有了鲜明的时代特征，在帝国主义的瓜分侵略下，严重的民族危机是加速这次农民战争爆发的重要因素。由于这次农民起义的爆发掺杂了新旧农民战争的不同因素，它的影响和作用也就具有两方面：一方面沉重打击了封建国家的统治，另一方面也间接打击了帝国主义在朝鲜的势力。这次农民战争与越南黄花探领导的农民游击战争及中国的义和团运动，构成了19 世纪末20 世纪初亚洲各国人民反帝反封建斗争的主要内容。