以上这些人，除个别的在“坑儒”前已“升天外，大多数人安然无恙，似“坑儒”事件从未发生过一样。这是疑点之二。
    第三，据《说苑·反质》载：“坑儒”事件过后，逃走的侯生被秦始皇捉住，始皇“升阿东之台，临四通之街”，打算在拷问他一番后车裂之。不料侯生不但泰然，反把秦始皇骂了个狗血喷头，骂他“奢侈失本，……黔首匮竭，民力单尽，尚不自知”，还骂他“淫万丹朱而千昆吾桀纣”，“上侮五帝，下凌三王”，最后说秦之亡徵久见，想改也来不及了。这番话简直是给秦始皇送终发丧，与在他逃跑前所说的“妖言”相比，真是过之而无不及，始皇听后无疑会罪上加罪。出人意料的是，始皇不但未恼怒，反而感动得“喟然而叹”，最后竟大发仁慈，把侯生放走了。这件事，经郭沫若分析，认为“也怕是事实”。那么，对暴虐成性的秦始皇来说，这样处置与他敌对到底的“逃犯”究是为何？这是疑点之三。
    以上疑点若不弄个明白，我想“坑儒”云云，是很难肯定下来的。
    这里我想提一下汉初的贾谊。他是文帝时人，出生在公元前201 年，上离“坑儒”仅十三年，秦亡五年。对秦的历史非常熟悉。他写的《过秦论》严厉地批评了秦始皇的过失，分析了秦立国十五年即亡的原因。实际上是当代人记当代事。可信程度胜于《史记》。秦史研究者均知，自汉以后，凡讲“焚书”，无不是连“坑儒”一起说的，所谓“焚书坑儒”。而贾谊在文中只讲了秦始皇“废先王之道，焚百家之言，以愚黔首”，而对于比“焚书”更残暴的“坑儒”却未涉一言，故意讳言，当然不可能。那么这又作何解释呢？
    还要一提的是，秦末陈胜、吴广领导农民起义，“而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王……何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”（注：《史记·儒林列传》。）可见他们是抱着对秦始皇“焚书”的报复之心参加起义队伍的；而对“坑儒”也无一句指责的话，更未像“焚书”一样，成为他们参加起义队伍的动因。这又是为什么？
    那么如此说来，秦始皇又为什么在“坑儒”时因扶苏谏言不合他的意而使扶苏去长城监蒙恬军呢？关于这事，我以为颇有斟酌之处，我在下一节中将作较详细的分析和回答。
    现在有学者认为，秦始皇是古代君主中比较守法的，他不“做事乱来”。以法家为治，刑罚依科，不像武帝那样滥刑。以此证明“坑儒”是依法办事。其实，若如此，则按照秦律“诽谤者族”，方士“妖言”惑众，犯了“诽谤”罪，“依律灭族”就够严厉的了，为什么要用无法可依的“坑”的手段呢？这种不合秦法的暴行，如果秦始皇确是不“做事乱来”，不“滥刑”，那么不恰好反证“坑儒”是子虚乌有的吗？
    秦始皇何时使扶苏监蒙恬军？
    秦始皇是在什么时候使长子扶苏任戍边长城的秦将蒙恬的监军的？有学者说：“焚书坑儒”……秦始皇实行李斯的主张，皇位的当然继承人扶苏，替孔孟派儒生说话，秦始皇发怒，使扶苏到上郡（治膚施西延安县）监蒙恬军。
    由此可知，扶苏北监蒙恬军是在坑儒事件发生之后，即最早不会早于始皇三十五年。这说法系根据《史记·秦始皇本纪》中的关于秦始皇于始皇三十五年“坑儒”时扶苏谏秦始皇的如下一段记载：
    始皇长子扶苏谏曰：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶苏北监蒙恬于上郡。
    那么这段记载可靠吗？是值得一辨的：
    一，“坑儒”纯因方士批评秦始皇“刚戾自用”，“以淫杀为威”等而被秦始皇加上“诽谤”罪而导致的。当时除主犯方士外，不管哪家哪派，经互相揭发，凡犯有这种罪的人，都在被坑之列，而并非是专坑孔孟派儒生。这情况，扶苏不会不知道。因此他怎么会不合实情地说被坑“诸生皆诵法孔子”呢？
    二，秦始皇本来对孔孟派儒生并无好感，所以此前“焚书”，而扶苏偏以“诸生皆诵法孔子”为由来为被坑人开脱，这样的理由，岂不是火上加油？对扶苏自己也是不利的。显然，扶苏不可能幼稚到这个地步。
    我以为，扶苏向秦始皇进谏之事容或有之，但由于我在上面说过的，坑儒事很可疑，因而未必是因坑儒而“替孔孟派儒生说话”并由此触怒秦始皇，使他到上郡监蒙恬军的。须知，监军代表皇帝监督军队，与军中最高统帅并起并坐，可与统帅分庭抗礼，是一个极为重要的军职。人选非常严格，特别是蒙恬当时“统兵三十万，其势足以倍畔”（注：《史记·蒙恬传》。）。秦始皇自然得选自己绝对信任的人，而不可思议的是，他却把这一职务交给了一个因谏“坑儒”而触怒自己，实际上被自己所贬的扶苏去担任。这在情理上似难说得通。
    其实，扶苏任蒙恬监军的时间在《史记》中还有另一说。这记载在《李斯传》中。传中二世、赵高、李斯密谋后矫诏赐扶苏死时写道：“今扶苏与将军蒙恬将师数十万以屯边，十有余年矣……”那么这记载可信吗？我认为是可信的。第一，矫诏是在始皇三十七年秦始皇死后发出的，如果扶苏是始皇三十五年秦始皇“坑儒”后才监蒙恬军，那么他监军的时间至这一年只不过二年，何来“十有余年”？马非百《秦集史》有条自注说：“《蒙恬传》“恬暴师于外十余年，而以扶苏为监（注：中华书局1982年出版的第二版《史记》蒙恬列传只载蒙恬“暴师于外十余年，居上郡”，无“以苏为监”句。马非百此引不知据何本。录之备考。）。又《李斯传》胡亥为书赐扶苏，亦云：扶苏与蒙恬将师数十万以屯边，十有余年矣云云。则扶苏之监上郡，决非三十五年事。”注文尽管只提出了问题，而未进一步求个水落石出，但所说还是值得注意。第二，二世矫诏的内容是赐扶苏死，事关重大，赐死理由必得正确，不能露出破绽被扶苏抓住把柄生疑，否则必会败事。这点二世、赵高、李斯不会不事先考虑到，因此没说他监蒙恬军“三年”，而是“十有余年”，那肯定符合事实。第三，据《史记》载，蒙恬是在始皇二十六年秦始皇灭六国后被派去戍边长城的，上面已说过，当时蒙恬统帅的三十万军队力量强大到足可畔秦。我想秦始皇决无可能对这支军事力量毫无戒备，让监军一职在始皇三十五年前出现空缺。那么早于扶苏的监军是谁呢？史书上未提到。这好像是个谜。其实这个谜不难破解。人所共知，扶苏是秦始皇的长子，是“皇位的当然继承人”，秦始皇到始皇三十七年死，未另立太子。在临终前，还以书赐扶苏嘱“与丧会咸阳而葬”，把后事托付与他。这说明秦始皇对扶苏是既“宠”且“尊”并信任他的。这就使扶苏具备了任监军一职的资格和条件，因此我们把上引矫诏说的“今扶苏与将军蒙恬将师数十万以屯边，十有余年矣”的话往上推，那么十分清楚，始皇二十六年蒙恬“屯边”，秦始皇即已派扶苏监蒙恬军了。因为从这时起到始皇三十七年发出矫诏时止，计十一年，正合“十有余年”之数。是一点也不错的。扶苏任蒙恬的监军与坑儒不发生一点关系，也就是说不是因“坑儒”而向秦始皇进谏，使秦始皇发怒而贬去的。