清代学术的主流是考据学，或称朴学、汉学。清代考据学是中国学术史上压轴之篇章。有清一代，学者辈出，群星灿烂。考据学素有吴派和皖派之分，吴派以苏州惠栋为代表，皖派以休宁戴震为代表，其后又有扬派，以高邮王念孙王引之、仪征阮元为代表，他们都属扬州人。我还认为：晚清的浙江学者可以自成一军、他们上承乾嘉大师的朴学遗风，下开20世纪之新学术、其代表人物有德清俞樾、定海黄以周、瑞安孙诒让、余杭章太炎、海宁王国维。浙学一派是清代考据学的殿军、又是近代学术的开创者。
    以地域来区分学派，可以大致归纳学者的类型，但界线不能十分清晰。有些学者籍贯相同而学风迥异；有些学者地域不同而学风却很一致。吴、皖、扬、浙四个学派实际上代表清代考据学发展的四个阶段。即：乾隆前期、乾隆中期、乾嘉特期和晚清特期。吴皖扬浙时代先后不同，各为其一个阶段。学术史上通常有两种情形，一种情形是：在同一时期内存在相互对立的多个学派，他们的学术思想不同，方法不同，师承不同，如两汉的今文学派和古文学派，宋明的程朱理学和陆王心学、清代的汉学与宋学。由于彼此的宗旨不同，相互驳辩质难，进行争论，形成各自的营垒，分门角立，旗帜鲜明。另一种情形如宋代理学中的濂、洛、关、闽、清代朴学中的吴、皖、扬、浙，他们的学术宗旨相同，方法接近，而且有前后师承的关系，本属同一个学派。但在不同时段、不同地区所诞生的学者，他们治学的重点有不同、研究的风格有差异，这种不同和差异，是在学派内部总的一致性之中的具体区别，是大同中的小异，而非根本的对立。
    清代考据学或汉学是在反对宋明理学的基础上发展而来。清初学者阎君璩、胡渭、毛奇龄、姚际恒等攻击理学家所据以立论的古代经典很多是伪托或经窜改的古籍。考据学吴源的宗师惠楝认为：要弄清楚经典的原意，第一必须回到汉代，寻求汉人的经说，因为汉儒离开孔子不远，遗说尚存。第二，必须从认读经典的文字入手，弄清其音韵训诂，否则连古文字都不认识，哪里谈得上经典研究呢？故有人说：“乾隆中叶，海内之士，知钻研古义，由汉儒小学训诂，以上溯七十子六艺之传者，定宇先生（惠楝）先生为之先导也”（张澍：《书四世传经遗象后》）。惠楝专治《周易》，实践其学术宗旨，抛开魏晋以后各家注释，专门搜辑和阐发汉代学者的《周易》学说，“约其旨为注，演其说为疏，汉学之绝者千有五百余年，至是而粲然复章矣”（钱大昕：《惠先生楝传》）。
    惠楝治学的特色是尊信和固守汉儒的经说，“凡古必真，凡汉皆好”，希望从遥远的古代去寻找真理，这反映了当时知识界对宋明理学的厌倦心理，努力构筑起汉学的壁垒以与宋学相对抗。惠楝的功绩在于钩稽汉代经说，不遗余力，以求从理学的思想束缚中求得解放，开辟了治学的又一蹊径。然而，汉人说经有精华，也有糟粕，惠栋不加别择，全盘继承，这是吴派学术的弱点。故《四库总目提要》批评惠楝“其长在古，其短亦在于泥古。”惠楝的朋友、学生沈彤、余箫客、江声都是吴派传人。
    继吴派之后为皖派，代表人物是休宁戴震，还有江永、程瑶田、金榜、凌廷堪等，他们都是皖南人。他们和吴派的观点，学风较接近。乾隆二十三年，戴震与惠楝相遇于扬州。时戴震35岁，惠楝61岁。两派宗师年龄相差一代，而相互推重敬服。戴震初到北京，是个落魄秀才，“困于逆旅，粥几不继”。他带着自己的著作去拜访青年学者钱大昕，钱誉其为“天下奇才”，引来了一批新科进士王鸣盛、王昶、卢文弨、纪昀、朱筠等。他们都非常钦佩戴震，“耳先生名，往访其，叩其学，听其言，观其书，莫不击叹赏。于是名重京师，名公卿争相交焉”（段玉裁：《戴东原年谱》）。
    皖派学者和吴派一样，主张治学应从认识古文字入手，戴震说：“仆之学，不外以字考经，以经考字。”但是他不像吴派学者那样固执汉儒经说，吴派的特点是“尊古”，皖派的特点是“求是”，这是两派学术趋向的差异。
    戴震的研究范围甚广阔。他研究音韵学，将古韵分为九类二十五部，以入声韵独立，发现了阴阳对转的规律；他研究算学，从《永乐大典》中辑出已佚失的古算经多种，使中国古代的天算之学复明。他研究《水经注》，发现经注混淆的规律，“故能正千年经注之互讹”（段玉裁语）。他不但博学多闻，而且论据缜密，识断精审，故许多人推崇他是清代学术的高峰。王昶说：“本朝之治经者众矣，要其先之以古训，析之以群言，究极乎天地人之故，端以东原为首”（《戴东原先生墓志铭》）。汪中则说，“国朝诸儒崛起，接二千年沉沦之绪，及东原出而集大成焉”（转引《汉学师承记》）。
    戴震不但是卓越的考据家，而且超越考据学的范围，在注释经籍的外衣下，阐发进步的思想观点，反对程朱理学。他提出理气一元论以取代程朱所主张的天理之性和气质之性，认为“气”是万物的本源，自然界的发展变化是“气化流行”，而“理”仅是“气”运动变化的法则，他是中国史上杰出的唯物主义思想家。
    继皖派之后的是扬州学派。扬派学人都服膺戴震，或则敬佩戴震考据精审，或则赞同戴震学术通博。他们有的受业于戴震，如王念孙、王引之、任大椿；有的私淑于戴震、如汪中、焦循、阮元。刘师培有一段话论述戴震与扬州学派的关系：“戴氏弟子舍金坛段氏外，以扬州为最盛。高邮王氏（王念孙、王引之父子）传其形声训诂之学；兴化任氏（任大椿）传其典章制度之学……皆博综群书，衷以己意，咸与戴氏学派相符。仪征阮氏（阮元）友于王氏及任氏，复从凌氏廷堪，程氏瑶田（皆皖派学者）问故，得其师说。甘泉焦氏（焦循）与阮氏切磋，……时出新说亦戴学之嫡派也”（《南北考证学不同论》），故扬州学派，是皖派戴学的继承和发扬。