三、辨各种伪说、伪书
    刘知几读书、做学问能独立思考，敢于冲破传统思想的束缚。他不仅对经文中的伪事、虚语进行揭露，而且对流行的一些伪说，特别是各种伪书，进行了刻入的考辨。
    据《旧唐书》本传载：刘知几"别撰《刘氏家史》十五卷、《谱考》三卷。推汉氏为陆终苗裔，非尧之后。彭城丛亭里诸刘，出自宣帝子楚孝王嚣曾孙司徒居巢侯刘恺之后，不承楚元王交。皆按据明白，正前代所误"。这段记载说明，他不仅考证出彭城刘氏非楚元王刘交之后，更重要的是推翻了东汉以来一些学者鼓吹的"汉帝本系，出自唐帝"、"汉承尧运"必等伪说，宣告了那些阴阳五行学者费尽心机编造的神语的破灭。
    三国两晋南北朝时期，朝代兴革，战乱频仍，文献典籍损失惨重，随着新建王朝的搜求遗书，便产生了不少伪书，如伪《古文尚书》就是这时出现的，然唐代学者对此书不加怀疑，孔颖达还据之撰《尚书正义》，致使谬种流传。刘知几也未识破伪《古文尚书》，然对《舜典》及其孔传之伪造则有所辨，在《古今正史》中说："晋元帝时，豫章内史梅赜始以孔传奏上，而缺《舜典》一篇，乃取肃之《尧典》，从'慎徽'以下分为《舜典》以续之。自是欧阳、大小夏侯家等学，马融、郑玄、王肃诸注废，而古文孔传独行，列于学官，永为世范。齐建武中，吴兴人姚方兴采马、王之义以造孔传《舜典》，云于大航购得，诣阙以献。举朝集议，咸以为非。及江陵板荡，其文入北，中原学者得而异之，隋学（今按：当作博）士刘炫遂取此一篇列诸本第。故今人所习《尚书·舜典》，元出于姚氏焉。"这段文字辨《舜典》的伪造情况甚明。
    刘知几辨《孝经》郑氏注的"郑氏"非郑玄，指当时俗所行《孝经》郑注为伪托，并列举十二条证据，《唐会要》卷三十七《论经义》载其开元七年四月七日上《孝经注议》全文，今概括如下：据郑玄自序，所注群经，无注《孝经》之文：郑玄弟子追论师著及应对时人，都不言郑注《孝经》；《郑志目录》，记郑之所注甚悉，不言《孝经》；郑之弟子授徒，各述师言，编为《郑志》，其言不及《孝经》；赵商作《郑先生碑铭》，具称其所注笺驳论而不言注《孝经》，《晋中经簿》称《孝经》有郑氏解，无"名玄"二字；《春秋纬·演孔图》云：康成于"《春秋》、《孝经》别有评论"；宋均《孝经纬注》引郑《六艺论》叙《孝经》云"玄又为之注，司农论如是，而均无闻焉"；宋均《春秋纬注》云"玄又为《春秋》、《孝经》略说"，则非注之谓；诸家后汉史，具为郑玄作传，载其所注，皆无《孝经》；王肃《孝经传》首有司马宣王之奏云"奉诏令诸儒注述《孝经》，以肃说为长"，若先有郑注，亦应言及，而不言郑；王肃著书，发扬郑短，凡有小失，皆在圣证，若《孝经》此注亦出郑氏，被肃攻击，最应繁多，而肃无言；魏晋朝贤，辨论时事，郑氏诸注，无不撮引，但未有一言引《孝经》之注。以上十二条证据，言之凿凿，考出郑玄没有注过《孝经》，可谓一篇精彩的考证辨伪之作。
    刘知几同时还辨河上公《老子注》和《子夏易传》也都是伪作。《唐会要》载其议《老子注》云："今俗所行《老子》，是河上公注。其序云：'河上公者，汉文帝时人，结草庵于河曲，乃以为号，所注《老子》授文帝，因冲空上天。'此乃不经之鄙言，流俗之虚语。按《汉书·艺文志》注《老子》者三家，河上所释，无闻焉尔，岂非注者欲神其事，故假造其说耶？"又载其议《子夏易传》云："按《汉书·艺文志》，《易》有十三家，而无子夏作传者。至梁，阮氏《七录》而有《子夏易》六卷，或云韩婴作，或云丁宽作。然据《汉书·艺文志》，《韩易》有二篇，《丁易》有八篇，求其符合，则事殊隳刺者矣。岁越千龄，时经百代，其所著述，沈翳不行，岂非后来假凭先哲？亦犹石崇谬称阮籍，郑璞滥名周宝。"考辨有理有据，令人信服。
    刘知几还指出，《史记》一书，"十篇未成，有录而已"。认为张晏《汉书注》所谓"十篇，迁殁后亡失"之说，非是。他说："元、成之间，褚先生更补其缺，作《武帝纪》、《三王世家》，《龟策》、《日者》等传，辞多鄙陋，非迁本意也。"⑥对于《逸周书》，他也认为有"好事者"之"增益"⑦，真伪相乱。
    刘知几还有辨总集之中某篇之伪者，如《杂说下》辨李陵《与苏武书》之伪，说："《李陵集》有《与苏武书》，词采壮丽，音句流靡。观其文体，不类西汉人，殆后来所为，假称陵作也。迁《史》缺而不载，良有以焉。编于《李集》中，斯为谬矣。"
    刘知几所辨几种伪书，为后代学者所首肯。如对河上公《老子注》，清姚鼐说："《老子》书六朝以前解者甚众，今并不见，独有所谓河上公《章句》者，盖本流俗人所为托于神仙之说，其分章尤不当理。而唐宋以来，莫敢易，独刘知几识其非耳。"⑧近代章炳麟引《史记·乐毅列传》后说："是则河上丈人远在衰周之世，而云汉文就见，必非其实。今之河上公《注》，刘子玄已征其伪矣。"⑨可见，刘知几辨伪书的影响是深远的。