十三世纪前期，教皇权势如日中天。奉行世界主义神权政治的罗马教廷，在西欧到处打击“在混乱中代表着秩序，代表着正在形成的民族”（《马恩全集》第21卷p453，人民出版社，1965年）的各国王权。在教廷淫威下，欧洲多数君主被迫称臣纳贡。然而，作为世俗君主“同列之首”的皇帝腓特烈二世，以其桀骜不驯的鲜明特性，同盛期教廷的五任教皇进行了周旋。他初则貌似恭顺，继而针锋相对，终致兵戎相见，展开了霍亨斯陶芬王朝与罗马教廷最后一轮的残酷决战。尽管他的事业最终化为泡影，但他同时沉重打击了罗马教廷的嚣张气焰，使之由盛而衰，在客观上有利于西欧各国王权的伸张。
    腓特烈二世于罗马教廷的矛盾，最初是围绕德意志皇权与西西里王权，是结合还是分离这一要害问题。当英诺森三世将西西里国王腓特烈二世扶上神圣罗马皇帝的宝座时，就曾担心过“皇帝的权杖和西西里王的权杖……同操于一人之手”（波特金主编《外交史》第一卷（上）p205，三联书店，1979年）可能给教皇国带来的危险。因而，英诺森三世曾以要求腓特烈二世放弃西西里王位，立即进行十字军东征为先决条件，以便将他的力量引向东方，避免对教皇国的危害。然而，腓特烈二世却以种种借口避不践约。英诺森三世只得以拒绝为之正式加冕相报复，并带着他的忧虑而升入“天国”（扎波洛夫《十字军东征》p240，三联书店，1959年）。
    随后，继任教皇霍诺里厄斯三世，原是腓特烈二世的老师钦奇奥·萨维利，为人宽厚，易于相处。腓特烈二世采用牺牲自己对德意志教会的控制权的方法，不仅换取了教皇老师对自己皇位的正式加冕，而且保留了西西里王位，并且还摆脱了教廷附庸的身份，开始了对西西里王国的真正统治。但由于他忙于西西里政务，仍然避不东征，致使第五次十字军在埃及因孤立无援而失败，引起教廷不满。1221年，性格随和的教皇老师也指责他犯下了玩忽“神圣事务”的罪过。
    腓特烈二世不知疲倦的天性，使他在对西西里王国大胆改组、初见成效的同时，又沉迷于其先辈们未曾实现的席卷近东的“超级帝国”的构想之中。1225年，作为将其势力伸张到近东的重要步骤，腓特烈二世娶耶路撒冷王国公主约兰妲为妻，成为耶路撒冷国王。为了在圣城耶路撒冷加冕，腓特烈二世一反常态，1227年组织大军启程东征，但因军中疫病流行而被迫折回。
    恰在这时，英诺森三世的侄子格雷戈里九世（Gregorius IX，1227-1241在位），入主教廷。格雷戈里九世声称，他早已洞悉腓特烈二世的计划对教廷的威胁。因此，他一登上教皇宝座，就将教廷与皇帝的矛盾公开化。他宣布，腓特烈二世此次东征是“为了窃取在圣地的王国”（扎波洛夫《十字军东征》p241，三联书店，1959年），并立即颁布破门令，开除其教籍，取消其东征资格。然而，腓特烈二世“毫不在乎”（马克思语）。1228年夏，腓特烈二世以“绝罚”之身，率军进行了一次近乎荒诞的“和平十字军东征”。“由于他善于外交计谋，他同埃及苏丹缔结了反对大马士革总督的盟约，同时他得到了耶路撒冷和其他一些巴勒斯坦城市”（科列斯尼茨基《中世纪史》p190，莫斯科，1986年）。前此，欧洲十字军尽管曾多次以极端残忍的暴力手段夺取圣城，但耶路撒冷仍然得而复失。此次，腓特烈二世兵不血刃，用谈判方法轻而易举地就得到了耶路撒冷，因而使他成为圣墓的和平解放者。
    但是，心胸偏狭的教皇格雷戈里九世，将圣墓的解放置诸脑后，继续责令耶路撒冷总主教不准给腓特烈二世加冕，并鼓动在近东的欧洲骑士团反抗腓特烈。与此同时，教皇在意大利也不顾什么“上帝的和平”，打破惯例，首次组成教皇国的武装“钥匙军”，攻入南意，蹂躏阿普里亚，企图摧毁腓特烈二世初具规模的改革成果，史称“教皇战争”。
    然而，腓特烈二世在德意志条顿骑士团的支持下，于1229年3月顺利进入圣城。他从圣坛上取下耶路撒冷王冠，带在自己头上，举行了一次别开生面的世俗加冕礼。然后，他回师南意，一举击败教皇军。随后，腓特烈二世乘胜以入侵“圣彼得的世业”（罗马）相要挟，迫使教皇格雷戈里九世与之签订和约，恢复其教籍，并承认了他对耶路撒冷王国的统治权。这样，腓特烈二世与罗马教廷的公开武装冲突，首战告捷。
    此后数年之内，政教双方各忙己务，似乎相安无事。但在实际上，各自都在为下一个回合更为激烈的较量进行准备，特别是双方都在伦巴底积蓄力量，寻求同盟者。早在1226年，腓特烈二世在克里莫纳召开的帝国会议上，就重申了皇帝在伦巴底的宗主权（威尔·杜兰《世界文明史》第12卷p439，台北幼狮翻译公司，1974年），意在使它与西西里王权结合起来，以图建立统一的意大利政权。
    与此同时，伦巴底同盟在教皇鼓动下重又恢复。这一同盟的成员多半是意大利北部工商发达、实力较强的大城市，如：米兰、布里西亚、曼都亚、维罗纳、维钦查、帕多瓦和特雷维佐等。在托斯坎纳地区，由于佛罗伦萨在亲教皇的韦尔夫派统治下，亦投入教皇的怀抱。但是，皇帝腓特烈二世在伦巴底和托斯坎纳两大地区，并非是孤立无援的。他得到伦巴底的克里莫纳、贝加莫、帕尔马、勒佐、特伦托，托斯坎纳的比萨、锡耶纳的支持。这些城市或因封建贵族占统治地位，天生倾向于中世纪皇权；但多数却因力量不足，处于弱势状态，无法抵抗米兰的侵略和佛罗伦萨的排挤，因而依附皇权，寻求庇护。
    十三世纪30年代中叶以后，腓特烈二世以德意志诸侯武装力量和强大的西西里王国为后盾，为建立统一的意大利政权，同罗马教皇和伦巴底同盟展开了殊死决战。
    1237年，腓特烈二世镇压了亨利在德意志的起义以后，率大军突然袭击伦巴底，得到意大利大贵族奥波尔多·佩拉维奇诺和皇室驸马埃兹利诺的积极配合。腓特烈二世以迅雷不及掩耳之势，在米兰北部数十公里处的科尔泰努瓦战役中，一举歼灭伦巴底同盟军队（参见：巴勒克拉夫《泰晤士世界历史地图集》p123，三联书店，1982年）。继而，夺取维罗纳和曼都亚，复又摧毁维钦查，占领帕多瓦，迫使伦巴底同盟军队无条件投降。然后，他兵分三路，分头出击。1238年，皇室驸马埃兹利诺率军驰骋于伦巴底东部，征服特雷维佐边区，兵临教皇国边境城市菲拉拉，与教皇军队对峙。与此同时，佩拉维奇诺借助于皇帝军队的威势，纵横于伦巴底西部，攻占布里西亚，并使米兰再一次遭到了屈辱。
    这时，腓特烈二世则率领帝国主力挺进托斯坎纳地区，所到之处，望风披靡，直达比萨。不久，他又从比萨派遣舰队攻入教皇领地萨丁尼亚，采用缔结婚姻手段立其子恩齐奥为萨丁尼亚国王。至此，伦巴底和托斯坎纳合为一体，置于皇帝的统治之下。腓特烈二世在占领区移植了西西里中央集权的统治模式，将意大利北部和中部，分为五个行政辖区，下属若干城市，分别由皇帝任命其亲信担任辖区或市政长官。其中，与皇帝友好结盟的城市仍然保有自治权利（H·赫德、D·P·韦利《意大利简史》上册p96，商务印书馆，1975年）。这样，腓特烈二世便以咄咄逼人之势，从四面八方对教皇国形成包围态势，使它龟缩于亚平宁半岛中部一隅，使中世纪的意大利第一次出现政治统一的端倪。