五行阴阳灾祥之说虽不可信，但历史上还是有很多人自愚其心目，俯首以受笼罩，所以郑樵愤怒地指出“五行之绳人甚于三尺”，并正言奉告世人，“国不可以灾祥论兴衰”、“家不可以变怪论休咎”。他明确表示自己写《灾祥略》“专以记实迹，削去五行相应说”，其资料虽然是根据从前的《五行志》《符瑞志》而来的，但是他对于这个问题所持的观点与态度却与旧史上的神学偏见，显然有很大不同。后来清代史臣在他们所修《续通志》的《灾祥略》中也认为“郑樵《灾祥略》尽斥形象休咎之占验，一归于实迹”。
    郑樵清醒地认识到“民事必本于时，时序必本于天”。他批判“欺天之学”，但并不反对对天文、灾祥做科学的研究，摆脱迷信思想的羁绊，还之以客观真实的面目，使之成为对人类有用的知识，他做《天文略》正是抱此目的，“欲学者识重象以授民时意，而杜绝其妖妄之源焉”。作为封建史家，有如此认识水平是难能可贵的。
    在《天文略》《灾祥略》中，郑樵坚持纪实迹去妖妄的原则，并表示过要贯彻到纪传中去，删掉旧史中的荒诞记载，《三皇纪》中说：“臣今纪采诸家之言，而以雅训者为经，其不典之言，则列于篇后，以备纪载，非传信也，其诞而野如盘古者，则亦不书。”但是，他根本就没有做到，在三皇纪中就把一些怪诞的传说列入正文，如“伏羲者，燧人氏之子，母曰华胥。履大人之迹于雷泽而孕，因风而生，故为风姓”。“伏羲德合上下，天应以鸟兽文章，地应以河图洛书，仰则观象于天，俯则观法于地，中则观万物之宜”。又如“女登有神龙之感而生神焉，长于姜水，故为姜姓，以火德王天下，故为炎帝”（35）。这些记载与他反对灾祥怪异思想是矛盾的。胡应麟曾讥笑郑樵：“若三皇之说，世自渔仲外亡信者，叶梦得、马端临已极讥郑之好怪，我何暇为辨哉！”（36）问题不在于信不信三皇，而在于怎样记载上古历史，怎样区别历史之真实性与传说之怪诞性。
    郑樵的矛盾何在呢？如果用他修《通志》匆忙，未来得及删除灾祥怪异来解释，似乎不能说明，因为这方面的记载还是不少，如记汉高祖时则说：“太公母曰刘媪，媪尝息大泽之陂，梦与神遇，是时雷电晦冥，太公往视，见蛟龙于其上，已而有娠，逐产高祖。”（37）在记南朝宋刘裕时也说：“三月壬寅夜生，神光照室尽明，是夕甘露降于墓树，……尝游京口竹林寺，独卧讲堂前，上有五色龙见，众僧见之惊。”（38）他的这些记载主要在帝王本纪中，后汉光武帝、东魏孝静帝的纪中也充斥这些祥瑞之兆。这反映郑樵并不反对“君权神授”，而是维护和宣传这套理论，这与他恪守君臣父子之道和封建名教思想是一致的，从而决定了他对灾祥迷信的批判是不彻底的。
    三、崇尚创新
    史贵创新乃是中国古代史学大家们治史的准则，司马迁的“成一家之言”和刘知几的“貌异而心同”即是此意。郑樵继承前人的优良传统，并在理论和实践上发展了一步。
    郑樵主张“凡著书者，虽采前人之书，必自成一家言”。自成一家就是事事都得重新研究，出己胸臆，自成体系，不因袭别人。在这方面，他比较推崇孔子和司马迁，认为“仲尼取虞、夏、商、周、秦、晋之书为一书，每书之篇，语言既殊，体制亦异，及乎《春秋》则又异于书矣。袭《书》、《春秋》之作者，司马迁也，又与二书不同体，以其自成一家言，始为自得之书”。他说自己修史“虽曰继马迁之作，凡例殊途，经纬异制，自有成法，不蹈前修”（39）。事实正是这样。
    《通志》全书体现了他不蹈前修的创新精神。纪传部分均按时代先后秩序编纂，虽即其旧文，但做了不少别裁划一工作。对于二十略，他最为得意，自称：“皆臣自有所得，不用旧史之文”；“凡十五略出臣胸臆，不涉汉唐诸儒议论”。其余五略“虽本前人之典，亦非诸史之文也”（40）。这是因为郑樵曾花过三、四十年的功夫对它们做过分门别类的深入研究。正如他自己所说：“观《春秋地名》，则樵之地理志，异乎诸史之地理；观《群书会纪》，则知樵之艺文志，异乎诸史之艺文；观《分野记》、《大象略》之类，则知樵所作字书，非许慎之徒所得议，……以此观之，则知樵之修书，断不用诸史旧例，明验在前，小人岂敢厚诬君子。”（41）可知他做学问一直是崇尚创新的。